Bika LIMS 开源LIMS集—— SENAITE的安装

安装环境

• 操作系统 Ubuntu 18.04 LTS
• Python 2.x.
• Plone 4

安装步骤

Ubuntu等Linux、Mac系统一般安装有Python的环境，但由于需要安装Python扩展库，集成安装的在权限方面可能遇到问题，因此建议使用虚拟Python环境。

相关工具：

• Virtualenv: https://pypi.org/project/virtualenv
• Miniconda（推荐）: https://conda.io/miniconda.html

操作系统创建用户senaite

$ sudo adduser --home /home/senaite --shell /bin/bash senaite

切换用户

$ sudo su - senaite
$ whoami
senaite

下载并安装Python2.7

$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash /home/senaite/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$ source /home/senaite/.bashrc

创建Python环境

$ conda create --name senaite python=2.7

激活

$ conda activate senaite

检查当前会话是否使用了正确版本的Python

$ which python
/home/senaite/miniconda2/envs/senaite/bin/python

出现如下提示则正确

$ python
Python 2.7.17 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 21 2019, 19:04:46)
[GCC 7.3.0] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

安装LIMS系统依赖

$ sudo apt install build-essential
$ sudo apt install python2.7 python2.7-dev
$ sudo apt install libxml2 libxml2-dev libxslt1.1 libxslt1-dev
$ sudo apt install libffi-dev libcairo2 libpango-1.0-0 libgdk-pixbuf2.0-0 libpangocairo-1.0-0 libgdk-pixbuf2.0-0
$ sudo apt install zlib1g zlib1g-dev

安装Plone

下载Plone

$ wget --no-check-certificate https://launchpad.net/plone/4.3/4.3.19/+download/Plone-4.3.19-UnifiedInstaller.tgz
$ tar xzf Plone-4.3.19-UnifiedInstaller.tgz
$ cd Plone-4.3.19-UnifiedInstaller

安装Plone

$ ./install.sh standalone --target=/home/senaite --instance=senaitelims --password=admin

账号admin，密码admin，安装目录/home/senaite

修改buildout.cfg配置文件

$ cd /home/senaite/senaitelims
$ vim buildout.cfg

使用vim或nano等编辑器编辑cfg配置文件

添加senaite配置

[buildout]
...
eggs =
    ...
    senaite.lims
    simplejson
zcml =
...

修改版本

[versions]
zc.buildout =
setuptools =
Pillow = 5.1.0
cssselect2 = 0.2.2
soupsieve = 1.9.5

buildout.sanitycheck = 1.0.2
collective.recipe.backup = 4.0
plone.recipe.unifiedinstaller = 4.3.2

升级 pip, setuptools 和 zc.buildout

创建requirements.txt，定义依赖版本

$ cd /home/senaite/senaitelims
$ cat << EOF > requirements.txt
setuptools==39.2.0
zc.buildout==2.13.2
pip==19.3.1
EOF

使用pip安装依赖

$ which pip
/home/senaite/miniconda2/envs/senaite/bin/pip

$ pip install -r requirements.txt

重写运行buildout脚本

$ which buildout
/home/training/miniconda2/envs/senaite/bin/buildout
$ PYTHONHTTPSVERIFY=0 buildout

运行SENAITE

前台运行

$ bin/instance fg

后台服务运行

启动：

bin/instance start

停止：

bin/instance stop

访问8080端口

使用admin\admin登录系统，输入系统名称、UI语言后，创建LIMS

创建好后的LIMS系统如下：