下载地址：http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

1）运行:

win+R然后输入cmd，然后cd进入muscle目录

2) 比对:

muscle3.8.31_i86win32.exe   -in four_mioto.fasta   -out   four_mioto.aln

其中 -in是输入文件， -out  是输出文件。本次输入文件是四个线粒体全序列数据。

3）构树

构建UPGMA树：

muscle3.8.31_i86win32.exe   -maketree  -in seqs.aln  -out seqs.tree

构建 Neighbor-Joining 树：

muscle3.8.31_i86win32.exe  -maketree  -in seqs.afa  -out seqs.tree   -cluster neighborjoining

4）构树

用figtree打开上述树文件，进行美化调整

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