neighbor和neigh_modify（转载）

（转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4mg.html###）

以下取自：http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=11368&jdfwkey=cnypw3

收集1：neighbor选取的大小对实际的计算结果影响很小，但对计算速度应该会有一定影响。
neighbor  2 bin 意思是每个原子在所取对势（即pair style）的截断半径以外，计算机还会在2 bin的额外范围每一时间步检测其原子间的相互作用力。而bin是与N／P线性变化（N原子总数，P是cup数）。总之，这个设定的大小并不是十分重要。

收集2：由于neighbor-list的计算比较耗时，多数MD代码都是在一次build之后的接下来若干步之内都使用这个neighbor-list，而不是每一步都更新。因此，在build是选取的实际截断半径是r_cut+skin，只要在若干步之内原子位移小于skin/2就是安全的（lammps可以检查这个，Dangerous builds就是指在某次build时发现此时刻原子相对上一次build时的位移超过了skin/2）。build的频率需要和skin大小结合起来使用，这样达到最佳的运行速度（不同系统需要自己试，但很显然的道理是较小的skin需要较高的更新频率）。 理论上，skin的大小对最终的结果是没有影响的，但对计算速度有。
neighbor  10 .0 bin 没必要取这么大，这样neighbors太多，内存占用增大和速度下降。甚至超出lammps预定的极限就会溢出。unit real情况下，skin一般2-3，配合使用 neigh_modify delay  5就可以了。 如果使用neigh_modify delay  3 还有很高比例的Dangerous builds，应该是你的积分步长太大，应适当减小积分步长。

以下取自：http://www.360doc.com/content/12/0106/01/8275160_177586409.shtml

收集3：用来设定计算邻位列表的频率。

Delay： never build a new list until at least N steps after the previous build 在建立一次邻位列表后，至少要经过N steps才能建立下一次的邻位列表。

Every：在delay经过之后，每经过M步建立一次邻位列表。个人感觉lammps中这点写的有点混乱。个人理解：每建立一次列表后，经过N+M才能建立下一次列表。如果N不为零，必须为M的倍数，否则没有什么意义了。这里为什么非要这种设置呢，如果设置频率的话只需要一个参数就够了啊？http://simulation.5d6d.scom/viewthread.php?tid=8245&page=1#pid52602

Check：如果值为no，则只需要满足以上两者的设定后就可以重新建立邻位列表了。如果值为yes，则只有当某个原子的位移大于皮肤半径的一半才重新建立列表。

Exclude：用来取消某些原子之间的相互作用。对于以下几种情况很重要：裂纹模拟；冰冻处理；原子被设定为刚体时；这中处理方式可以节约计算时间。这个只影响原子间非键结的相互作用。

Page and one：关于邻位列表的存储问题。

恩，仔细看了下你写的分析过程，结合原始程序，基本上明白了这两个参数的作用。其实，建立邻位列表的频率是由delay every check三个参数共同确定的。
  if (ago >= delay && ago % every == 0)//这是最基本的条件
{
    if (dist_check == 0) return 1;//当dist_check==0的时候，邻位列表定期更新
    else return check_distance();//当dist_check！=0的时候，就是标签更新，只有当列表中某个原子的位移大于skin的一半的时候才建立
  }
else return 0;
    其实首先要明白，更新列表有两种方式，一种是定期更新，另外一种是标签更新。
    因此，如果delay为零，则不管dist_check如何取值，只要当时间步是every的倍数就可以更新列表
    如果delay不为零，every==1，并且dist_check==0，则更新列表的频率与every没有什么关系，只要距离上次更新列表的时间步达到delay就更新。
    而如果delay不为零，every不为1时，手册中有要求，“如果delay不为零，他的值必须是every的倍数”。因此，如果 dist_check==0，则时间步达到delay+every，则列表就开始更新。而如果dist_check不为零，则只有当时间步为 delay+N*every（N=0,1,2……）的时候，邻位列表才更新。

结论：由于neighbor-list的计算比较耗时，多数MD代码都是在一次build之后的接下来若干步之内都使用这个neighbor-list，而不是每一步都更新。因此，在build是选取的实际截断半径是r_cut+skin，只要在若干步之内原子位移小于skin/2就是安全的（lammps可以检查这个，Dangerous builds就是指在某次build时发现此时刻原子相对上一次build时的位移超过了skin/2）。build的频率需要和skin大小结合起来使用，这样达到最佳的运行速度（不同系统需要自己试，但很显然的道理是较小的skin需要较高的更新频率）。 理论上，skin的大小对最终的结果是没有影响的，但对计算速度有。
neighbor取系统默认值即可。neigh_modify取 delay 0 every 5 check yes