scRNA-seq测序的两种技术[转载]

转自:http://www.ebiotrade.com/newsf/2017-9/201795172237350.htm

1.综述

哈佛大学的两个团队将微流体技术引入单细胞RNA-Seq方法中，分别开发出Drop-seq和inDROP。

2015年，这两种方法发表在同一期的《Cell》杂志上。它们的出现，让快速、低成本地分析数千个单细胞的基因活性成为现实。

众所周知，大脑是一种复杂的结构。它包括近860亿个神经元以及数十亿个其他类型的细胞。

单细胞的基因表达分析能够揭开细胞之间的差异，帮助绘制复杂组织的细胞多样性图谱。不过，如果每次只分析一个细胞，那显然不现实。

这两种技术都利用微流体装置将带有条形码的微珠和细胞一起装入微小的液滴。

这些液滴在一个小型设备上生成，沿着一根头发宽的槽道流动。条形码附着到每个细胞的一些基因上，因此科学家们可以一次测序所有的基因，追踪每个基因的来源细胞。

2.Drop-seq

3.In-drop

Drop-seq的微珠库中有1600万个条形码，而inDrop方法只产生约15万个条形码，这意味着它每次运行处理的细胞数较少。不过，当研究人员想分析极少量的组织样本时，inDrop可能更有优势。因为它捕获细胞的比例高于Drop-seq。

4.测序技术比较

德国慕尼黑大学的研究人员比较了几种常用的几种单细胞RNA测序方法，包括Smart-Seq、CEL-Seq、SCRB-seq以及Drop-seq。他们生成并分析了479个小鼠胚胎干细胞的RNA-Seq数据。

研究人员发现，尽管所有方法的准确性相似，但是Smart-seq的灵敏度最高，CEL-seq最为精确，而SCRB-seq和Drop-seq最为高效。