对于某些特殊vcf，想去除没有变异的基因型（主要形式为0|0或者0/0），则需要用到GATK的--excludeNonVariants参数，命令行如下：

java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T SelectVariants -R GRCh37.fa -V 1000Genomes.vcf --excludeNonVariants -o 1000Genomes_onlyvariants.vcf

　　参考链接：

https://www.biostars.org/p/203809/

https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_variantutils_SelectVariants.php

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