对于某些特殊vcf，想去除没有变异的基因型（主要形式为0|0或者0/0），则需要用到GATK的--excludeNonVariants参数，命令行如下：

java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T SelectVariants -R GRCh37.fa -V 1000Genomes.vcf --excludeNonVariants -o 1000Genomes_onlyvariants.vcf

　　参考链接：

https://www.biostars.org/p/203809/

https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_variantutils_SelectVariants.php

vcf文件去除非变异的基因型（use GATK exclude nonvariant in vcf format,0|0,0/0）的更多相关文章

  1. 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

    vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...

  2. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  3. iOS开发- 生成/解析.vcf文件

    vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 ...

  4. python通用读取vcf文件的类（可以直接复制粘贴使用）

    前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但 ...

  5. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  6. VCF文件处理工具PyVCF

    vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...

  7. dede 替换后台两个文件去广告

    A:替换后台两个文件去广告  dede/templets路径下两个文件 1.index2.htm <!--This is IE DTD patch , Don't delete this lin ...

  8. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  9. plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

随机推荐

  1. linux audit审计（7-1）--读懂audit日志

     auid=0 auid记录Audit user ID,that is the loginuid.当我使用lbh用户登录系统时,再访问audit_test,此时记录的auid为1001,具体日志如下: ...

  2. zsh & tree & macOS

    zsh & tree & macOS https://unix.stackexchange.com/questions/22803/counting-files-in-leaves-o ...

  3. python数据结构算法学习自修第一天【数据结构与算法引入】

    1.算法引入: #!/usr/bin/env python #! _*_ coding:UTF-8 _*_ from Queue import Queue import time que = Queu ...

  4. window.location.href ie 不兼容问题

    今天再做项目演示的时候,用的是ie浏览器报错404,项目都运行好久了,第一次用ie就这样了悲剧,贴下解决方法吧 function getContextPath() { var pathName = d ...

  5. codeforces157B

    Trace CodeForces - 157B One day, as Sherlock Holmes was tracking down one very important criminal, h ...

  6. hdu-2087（kmp）

    题意:模板题,在第一个串中有几个第二个串 解题思路:板子题,拿来练手的: 代码: #include<iostream> #include<algorithm> #include ...

  7. Centos安装python3

    安装环境 系统:阿里云服务器centos7.5系统 看见好多博客对centos安装python3的方式各不相同且都不完整,今天我来完整的演示安装python3 1.下载python3源码包 命令 wg ...

  8. qss 的使用

    //设置样式表 QStringList qss; qss.append("QFrame{border:0px solid #00BB9E;}"); // qss.append(&q ...

  9. JVM是如何处理异常的

    JVM处理异常 异常处理的两大组成要素是抛出异常和捕获异常.这两大要素共同实现程序控制流的非正常转移. 抛出异常可分为显式和隐式两种.显式抛异常的主体是应用程序,指的是在程序中使用throw关键字,手 ...

  10. SQL审计 Yearning 介绍(SQL审核平台)

    yearning SQL 是一个成熟的SQL审计平台