###https://www.biostars.org/p/195758/

Left reads:

          Input     :  49801387

           Mapped   :  46258301 (92.9% of input)

            of these:   1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20)

Right reads:

          Input     :  49801387

           Mapped   :  45542088 (91.4% of input)

            of these:   1680180 ( 3.7%) have multiple alignments (103887 have >20)

92.2% overall read mapping rate.

Aligned pairs:  44100265

     of these:   1622622 ( 3.7%) have multiple alignments

                  261400 ( 0.6%) are discordant alignments

88.0% concordant pair alignment rate.
1、解释计算原理：(44100265 - 261400) / 49801387 = 88%` ；1622622/1622622 = 3.7% ；
2、If I needed to report a number, I'd report the 92.2% overall alignment rate. You can probably get something similar with samtools view -c -F 260 accepted_hits.bam.（得到输入left和\
right的比对数目）/49801387 *2 
3、samtools flagstat accepted_hits.bam

2、Tophat align_summary.txt and samtools flagstat accepted_hits.bam disagree的更多相关文章

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