将fasta文件线性化处理

awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa

cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n":"\t"));}' | less -S

curl -s  "ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz" | gunzip -c | awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}'  | less -S

cat input.fasta | paste - - | less -S

将fastq文件线性化处理

cat Rmh.fastq | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%4==1?"\n":"\t"));}' | less -S

cat input.fastq | paste - - - - | less -S

将fasta fastq文件线性化处理的更多相关文章

  1. 利用kseq.h parse fasta/fastq 文件

    在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时, ...

  2. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  3. seqtk 一款快速处理fasta/fastq 文件的小程序

    seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqt ...

  4. 利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件

    测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好 ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastq文件基本信息统计工具

    之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里 ...

  7. perl 截取 fastq文件

    #!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = ...

  8. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  9. perl练习——FASTA格式文件中序列GC含量计算&perl数组排序如何获得下标或者键

    一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACG ...

随机推荐

  1. springboot 解决Jackson导致Long型数据精度丢失问题

    代码中注入一个bean即可: /** * 解决Jackson导致Long型数据精度丢失问题 * * @return */ @Bean("jackson2ObjectMapperBuilder ...

  2. 【转】西门子PLC以太网 通讯协议 解析

    一直想把三菱和西门子这两个使用频率最高的PLC上位通讯,融合到WCS系统的框架里: 现在三菱主流使用Q系列,使用的是MC协议, 前一段时间也写过一个入门介绍: 三菱Q系列通讯方式设计说明 去年8月份, ...

  3. 一款神器，批量手机号码归属地查询软件，支持导出Excel表格

    很多人查询手机号码归属地,还在一个一个百度去查太慢了,如果有几万个那么是不是要百度很久 有一款软件很多人都不知道,可以吧号码复制进去,即使里面有汉字也可以把手机号码挑出来,然后查询归属地,还具有号码去 ...

  4. python 多进程并发demo

    outline 下午需要简单处理一份数据,就直接随手写脚本处理了,但发现效率太低,速度太慢,就改成多进程了: 程序涉及计算.文件读写,鉴于计算内容挺多的,就用多进程了(计算密集). 代码 import ...

  5. WebSocket实现Web端即时通信

    前言 WebSocket 是HTML5开始提供的一种在浏览器和服务器间进行全双工通信的协议.目前很多没有使用WebSocket进行客户端服务端实时通信的web应用,大多使用设置规则时间的轮询,或者使用 ...

  6. 开发技术--pandas模块

    开发|pandas模块 整了一篇关于pandas模块的使用文章,方便检查自己的学习质量.自从使用了pandas之后,真的是被它的功能所震撼~~~ 前言 目前所有的文章思想格式都是:知识+情感. 知识: ...

  7. EHLIB 安装方法

    Ehlib安装方法  路人甲 2010-05-05 23:01:37 安装文件自带的Readme.txt中的安装过程如下: 1. Delphi 5.x - 7.x, Delphi 9.X Win32, ...

  8. Width Height -- (2)

    上回说到,宽高对于块级元素和行内元素发生的改变,结果是块级元素会接受宽高属性所发生的改变的,而行内元素不接受宽高属性所发生的改变. 但是,事无绝对 —— CSS属性display 通过上回进行的测试我 ...

  9. 开机注册联通2G网络

    2/3G PLMN LIST 在MM_RATCM_PLMN_LIST_CNF或NWSEL_MM_PLMN_SEARCH_CNF消息中可以查看2,3G搜到的PLMN LIST 内容如下: RAT:Rad ...

  10. JavaWeb 使用Filter实现自动登录

    思路 使用cookie存储账号.密码,使用Filter拦截,从cookie中取出账号.密码.若用户要注销|登出.不再想使用自动登录,将cookie的有效期设置为0即可. 浏览器可以查看Cookie,不 ...