外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.
Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:
/path/to/your/samtools index file.bam
外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章
- 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...
- 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...
- python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法
locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...
- Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it
在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...
- Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决
之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...
- IAR Build from the command line 环境变量设置
http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...
- Cookies with curl the command line tool
w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...
- How to deploy a Delphi OSX project from the command line
Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...
- 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma
方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA Error running 'Test': Com ...
随机推荐
- M1事后分析汇报以及总结
一.设想和目标 1. 们的软件要解决什么问题?是否定义得很清楚?是否对典型用户和典型场景有清晰的描述? 我们的软件主要是为了提供周边美食和菜谱查询功能,为“吃货”们提供便利.对典型用户和场景有清晰的描 ...
- 访谈:BugPhobia’s Brief Communication
0x01 :采访的学长简介 If you weeped for the missing sunset, you would miss all the shining stars 梁野,北京航空航天大学 ...
- 《linux内核设计与分析》内核模块编程
内核模块编程 一.准备工作 虚拟机:VMware Workstation 12操作系统:ubuntu当前内核版本:linux-headers-4.4.0-22-generic 二.有关于内核模块的知识 ...
- Linux内核分析第八周总结
第八章 进程的切换和系统的一般执行过程 进程调度与进程调度的时机分析 第一种分类: I/O密集型(I/O-bound):频繁的进行I/O,通常会花费很多时间等待I/O操作的完成 CPU密集型(CPU- ...
- 第一次Sprint
项目刚开始做的话,离客户的需求应该,蛮远的. 用的是eclipse加安卓模拟器在弄. 目前主要弄APP的界面和一些主要的功能算法,各个功能板块的位置划分的内容. Github团队地址是:https:/ ...
- 【Deep Hash】NINH
[CVPR 2015] Simultaneous Feature Learning and Hash Coding with Deep Neural Networks [paper] Hanjiang ...
- np.array与np.ndarray区别
(Numpy中ndarray和array的区别是什么?我在哪儿能够找到numpy中相应的实现?) 答:Well, np.array is just a convenience function to ...
- JavaScript中的cookie
cookie本身没什么可介绍的,但是cookie在JavaScript中,有很多需要注意的 首先,cookie在JavaScript中,是window.document对象的一个属性,所以访问cook ...
- js中如何优雅的写if判断
我们编写js代码时经常遇到复杂逻辑判断的情况,通常大家可以用if/else或者switch来实现多个条件判断,但这样会有个问题,随着逻辑复杂度的增加,代码中的if/else/switch会变得越来越臃 ...
- Typecho博客迁移
在新的机器上先搭建好一个新的Typecho博客,数据库名称和原博客相同(可以省不少事). 备份原来博客的usr目录. 备份mysql数据库,命令: mysqldump -uroot -p --all- ...