外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.
Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:
/path/to/your/samtools index file.bam
外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章
- 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...
- 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...
- python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法
locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...
- Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it
在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...
- Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决
之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...
- IAR Build from the command line 环境变量设置
http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...
- Cookies with curl the command line tool
w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...
- How to deploy a Delphi OSX project from the command line
Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...
- 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma
方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA Error running 'Test': Com ...
随机推荐
- Docker容器学习梳理 - 容器硬盘热扩容
前面已介绍了docker很多知识点的操作记录,今天这里梳理下docker容器空间扩展的操作.默认情况下,物理机下创建的docker容器的空间是10G(虚拟机下创建的docker容器空间就是虚拟机的空间 ...
- 牛客国庆集训派对Day6 B.Board
链接 [https://www.nowcoder.com/acm/contest/206/B] 分析 只要在n*n范围内随便找一个斜对角的一个格子去计算就知道了 具体看代码体会吧 代码 #includ ...
- Scrutiny of Partner's individual project Code
因为队友的代码并没有完整的实现个人项目的完整功能. 已实现功能: 1.对单个单词进行词频统计 2.能够按照老师的要求的格式对制定的有效字符串进行匹配,并且输出至指定文件. 未实现: 1.对连续多个单词 ...
- <<梦断代码>>阅读笔记二
这是第二篇读书笔记,这本书我已经读了有一大半了,感觉书中所描述的人都是疯子,一群有创造力,却又耐得住寂寞的疯子. 我从书中发现几点我比较感兴趣的内容. 第一个,乐高之梦.将程序用乐高积木一样拼接起来. ...
- 第一次Sprint
项目刚开始做的话,离客户的需求应该,蛮远的. 用的是eclipse加安卓模拟器在弄. 目前主要弄APP的界面和一些主要的功能算法,各个功能板块的位置划分的内容. Github团队地址是:https:/ ...
- SpringMVC视图解析器概述
不论控制器返回一个String,ModelAndView,View都会转换为ModelAndView对象,由视图解析器解析视图,然后,进行页面的跳转. 控制器处理方法---->ModelAndV ...
- Golang 入门~~基础知识
变量声明 //通用形式,指定变量名,变量类型,变量值 var name int = 99 fmt.Println(name) //指定变量名,以及变量类型,未指定值的时候默认是类型零值 var age ...
- asp.net core 2.0中的配置(1)---Configuration
配置就是一个装配数据字典的过程,一个字典也就是一个键值对,所以从配置就是键值对. 在asp.net core中关于配置是由四个基本的类型来支撑的,是①IConfigurationSource②ICon ...
- Oracle 控制文件管理
控制文件是一个很小的二进制文件(10MB左右),含有数据库结构信息,包括数据文件和日志文件信息.控制文件在数据库创建时被自动创建,并在数据库发生物理变数时更新.控制文件被不断更新,在任何时候都要保证控 ...
- “一战通offer”互联网实习季编程挑战
1.字符串变形 对于一个给定的字符串,我们需要在线性(也就是O(n))的时间里对它做一些变形.首先这个字符串中包含着一些空格,就像"Hello World"一样,然后我们要做的是把 ...