出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. [T-ARA][ORGR]

    歌词来源:http://music.163.com/#/song?id=29343993 作曲 : 4번타자/에스킴 [作曲 : 4p/beon-Ta-c/ja-/e-seu-Kim] 作词 : 4번 ...

  2. Mysql优化系列(1)--Innodb重要参数优化

    1.简单介绍InnoDB给MySQL提供了具有提交,回滚和崩溃恢复能力的事务安全(ACID兼容)存储引擎.InnoDB锁定在行级并且也在SELECT语句提供一个Oracle风格一致的非锁定读.这些特色 ...

  3. 高级程序设计JavaScript

    JavaScript简介 一.因何而生: 方便 表单验证操作(输入验证器) 1995年 2月 Netscape 布兰登 艾奇 JavaScript是一种专门为与网页交互而设计的脚本语言. 二.实现组成 ...

  4. M2事后总结

    照片     设想和目标 我们的软件要解决什么问题?是否定义得很清楚?是否对典型用户和典型场景有清晰的描述? "北航"Clubs旨在于解决北航校内社团管理与学生参与社团活动的困难的 ...

  5. spring中通过JNDI、DBCP、C3P0配置数据源

    JNDI配置数据源 1.首先在tomcat的server.xml中配置数据源信息,找到Context,然后在里边加入如下代码 <Context docBase="SpringDemo& ...

  6. GCP试用到期再申请

    目标 GCP的免费试用到期了.网传可以续用,看了教程,记录下来. 法一 应该可以直接用一个新gmail账号的.这个方法的难点可能在于注册新账号有门槛.我有一个很久以前注册过的,试着找回了密码,登入GC ...

  7. MySQL服务器监控注意事项

    当开发,测试,生产的数据库环境配置不一致(比如:配置字符集不同)时而导致特殊现象时,可以从Navicat的<工具>-<服务器监控>-<变量>里查找原因.

  8. Sub-Processes and Call Activities

    https://www.activiti.org/userguide/#bpmnCallActivity http://www.flowable.org/docs/userguide/index.ht ...

  9. apply方法和call方法。函数属性与方法。

    每个函数都有length属性哥prototype属性. length属性表示的是函数接入参数的个数 在es引用类型语言中,prototype是保存它们所有实例方法的真正所在.换句话来说,类似于toSt ...

  10. U 盘安装 CentOS的方法

    1. 刻录U盘 我使用的工具是 UltralISO 2. 打开ISO 3. 使用<启动>-<写入磁盘映像> 根据U盘的性能 可能好事 5min-15min左右 4.找到想要安装 ...