出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. 小程序encryptedData

    准备知识: Base64编解码 AES算法.填充模式.偏移向量 session_key会话密钥,以及怎么存储和获取 以上3点对于理解解密流程非常重要. 根据官方文档,我梳理了大致的解密流程,如下: 小 ...

  2. GCD实现同步方法

    在iOS多线程中我们知道NSOperationQueue操作队列可以直接使用addDependency函数设置操作之间的依赖关系实现线程同步,还可以使用setMaxConcurrentOperatio ...

  3. D. Boxes Packing

    链接 [http://codeforces.com/contest/1066/problem/D] 题意 题目大意 n个物品m个篮子每个篮子容量为k 每个物品重量为a[i] 问能装多少物品 这个人是强 ...

  4. 【实践报告】Linux基础实践一

    [chmod 命令] chmod命令是非常重要的,用于改变文件或目录的访问权限.用户用它控制文件或目录的访问权限. 该命令有两种用法.一种是包含字母和操作符表达式的文字设定法:另一种是包含数字的数字设 ...

  5. 第三个Sprint ------第七天

    APP.java代码 package com.app.senior_calculator; import java.io.Serializable; import java.util.ArrayLis ...

  6. RBAC权限管理及使用原生PHP实现

    关于RBAC的原理讲解在网上可以找到很多,推荐:编程浪子的RBAC讲解,本篇博客就不再累述RBAC的原理到底是什么样的. 传统的权限控制有ACL和RBAC方式,ACL的耦合度很高,扩展性不佳,RBAC ...

  7. Glace:generator-jhipster, adding User entity enhancement management

    https://github.com/jhipster/generator-jhipster/issues/2538 jhipster,很好用的开发工具.国外知名度高,国内未普及,国外大公司在用. j ...

  8. back to top 回到顶部按钮 css+js

    效果 html <p id="back-to-top"><a href="#top"><span></span> ...

  9. Oracle 通过触发器实现ID自增

    Oracle不像Mysql,SQLServer能够直接设置ID自增,但是可以通过触发器实现ID自增. 1 创建测试表 create table t_goods(id number primary ke ...

  10. [日常工作]Oracle新增数据文件的小知识点

    1. 表空间是small file tablespace的 然后数据文件长到了32g左右之后无法再次扩充, 应用报错了 为了性能和最快的处理 使用语句 alter tablespace user ad ...