出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. Docker容器学习梳理 - 容器硬盘热扩容

    前面已介绍了docker很多知识点的操作记录,今天这里梳理下docker容器空间扩展的操作.默认情况下,物理机下创建的docker容器的空间是10G(虚拟机下创建的docker容器空间就是虚拟机的空间 ...

  2. 牛客国庆集训派对Day6 B.Board

    链接 [https://www.nowcoder.com/acm/contest/206/B] 分析 只要在n*n范围内随便找一个斜对角的一个格子去计算就知道了 具体看代码体会吧 代码 #includ ...

  3. Scrutiny of Partner's individual project Code

    因为队友的代码并没有完整的实现个人项目的完整功能. 已实现功能: 1.对单个单词进行词频统计 2.能够按照老师的要求的格式对制定的有效字符串进行匹配,并且输出至指定文件. 未实现: 1.对连续多个单词 ...

  4. <<梦断代码>>阅读笔记二

    这是第二篇读书笔记,这本书我已经读了有一大半了,感觉书中所描述的人都是疯子,一群有创造力,却又耐得住寂寞的疯子. 我从书中发现几点我比较感兴趣的内容. 第一个,乐高之梦.将程序用乐高积木一样拼接起来. ...

  5. 第一次Sprint

    项目刚开始做的话,离客户的需求应该,蛮远的. 用的是eclipse加安卓模拟器在弄. 目前主要弄APP的界面和一些主要的功能算法,各个功能板块的位置划分的内容. Github团队地址是:https:/ ...

  6. SpringMVC视图解析器概述

    不论控制器返回一个String,ModelAndView,View都会转换为ModelAndView对象,由视图解析器解析视图,然后,进行页面的跳转. 控制器处理方法---->ModelAndV ...

  7. Golang 入门~~基础知识

    变量声明 //通用形式,指定变量名,变量类型,变量值 var name int = 99 fmt.Println(name) //指定变量名,以及变量类型,未指定值的时候默认是类型零值 var age ...

  8. asp.net core 2.0中的配置(1)---Configuration

    配置就是一个装配数据字典的过程,一个字典也就是一个键值对,所以从配置就是键值对. 在asp.net core中关于配置是由四个基本的类型来支撑的,是①IConfigurationSource②ICon ...

  9. Oracle 控制文件管理

    控制文件是一个很小的二进制文件(10MB左右),含有数据库结构信息,包括数据文件和日志文件信息.控制文件在数据库创建时被自动创建,并在数据库发生物理变数时更新.控制文件被不断更新,在任何时候都要保证控 ...

  10. “一战通offer”互联网实习季编程挑战

    1.字符串变形 对于一个给定的字符串,我们需要在线性(也就是O(n))的时间里对它做一些变形.首先这个字符串中包含着一些空格,就像"Hello World"一样,然后我们要做的是把 ...