出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. M1事后分析汇报以及总结

    一.设想和目标 1. 们的软件要解决什么问题?是否定义得很清楚?是否对典型用户和典型场景有清晰的描述? 我们的软件主要是为了提供周边美食和菜谱查询功能,为“吃货”们提供便利.对典型用户和场景有清晰的描 ...

  2. 访谈:BugPhobia’s Brief Communication

    0x01 :采访的学长简介 If you weeped for the missing sunset, you would miss all the shining stars 梁野,北京航空航天大学 ...

  3. 《linux内核设计与分析》内核模块编程

    内核模块编程 一.准备工作 虚拟机:VMware Workstation 12操作系统:ubuntu当前内核版本:linux-headers-4.4.0-22-generic 二.有关于内核模块的知识 ...

  4. Linux内核分析第八周总结

    第八章 进程的切换和系统的一般执行过程 进程调度与进程调度的时机分析 第一种分类: I/O密集型(I/O-bound):频繁的进行I/O,通常会花费很多时间等待I/O操作的完成 CPU密集型(CPU- ...

  5. 第一次Sprint

    项目刚开始做的话,离客户的需求应该,蛮远的. 用的是eclipse加安卓模拟器在弄. 目前主要弄APP的界面和一些主要的功能算法,各个功能板块的位置划分的内容. Github团队地址是:https:/ ...

  6. 【Deep Hash】NINH

    [CVPR 2015] Simultaneous Feature Learning and Hash Coding with Deep Neural Networks [paper] Hanjiang ...

  7. np.array与np.ndarray区别

    (Numpy中ndarray和array的区别是什么?我在哪儿能够找到numpy中相应的实现?) 答:Well, np.array is just a convenience function to ...

  8. JavaScript中的cookie

    cookie本身没什么可介绍的,但是cookie在JavaScript中,有很多需要注意的 首先,cookie在JavaScript中,是window.document对象的一个属性,所以访问cook ...

  9. js中如何优雅的写if判断

    我们编写js代码时经常遇到复杂逻辑判断的情况,通常大家可以用if/else或者switch来实现多个条件判断,但这样会有个问题,随着逻辑复杂度的增加,代码中的if/else/switch会变得越来越臃 ...

  10. Typecho博客迁移

    在新的机器上先搭建好一个新的Typecho博客,数据库名称和原博客相同(可以省不少事). 备份原来博客的usr目录. 备份mysql数据库,命令: mysqldump -uroot -p --all- ...