外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.
Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:
/path/to/your/samtools index file.bam
外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章
- 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...
- 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...
- python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法
locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...
- Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it
在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...
- Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决
之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...
- IAR Build from the command line 环境变量设置
http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...
- Cookies with curl the command line tool
w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...
- How to deploy a Delphi OSX project from the command line
Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...
- 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma
方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA Error running 'Test': Com ...
随机推荐
- Js把Json序列化为Java接受的对象。
服务器端 Java定义 data class role(var name: String = "", var remark: String = "") data ...
- Linux下对文件进行加密备份的操作记录
由于公司之前在阿里云上购买了一些机器,后续IDC建设好后,又将线上业务从阿里云上迁移到IDC机器上了,为了不浪费阿里云上的这几台机器资源,打算将这些机器做成IP SAN共享存储,然后作为IDC数据的一 ...
- Redis常用操作--------SortedSet(有序集合)
1.ZADD key score member [[score member] [score member] ...] 将一个或多个 member 元素及其 score 值加入到有序集 key 当中. ...
- Sprint 冲刺第三阶段第3-5天 数据库代码
数据库代码: package com.example.brdemo; import android.app.Activity; import android.content.Intent; impor ...
- 第三个sprint冲刺第二阶段
内测版:
- socket.io框架
socket.io框架 一.问题背景 目前公司在互联网产品上需要程序与前端部分要进行一个实时交互,在进行一定程度上的选型后,决定使用socket.io框架进行一个实践,算是公司的一个新的 尝试,也算是 ...
- 关于EA和ED的区别
在申请美国大学本科的过程中,申请的截止时间往往分为两轮:提前申请(Early Decision/Action) 和常规申请 (Regular Decision).提前申请,顾名思义,截止时间会相对早一 ...
- PAT 1019 数字黑洞
https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805302786899968 给定任一个各位数字不完全相同的4位正整数,如 ...
- Git—学习笔记1
Git是一种分布式版本控制工具,现阶段比较流行的版本控制工具主要分为:集中式版本控制工具盒分布式版本控制工具. 集中式版本控制工具:SVN和CVS为代表 集中式版本控制系统(每次都得从SVN服务器数据 ...
- ThreadPoolExecutor使用详解
ThreadPoolExecutor机制 一.概述 1.ThreadPoolExecutor作为java.util.concurrent包对外提供基础实现,以内部线程池的形式对外提供管理任务执行,线 ...