出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题，以bam文件为例，输入以下命令行即可解决问题：

/path/to/your/samtools index file.bam

　　

外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错：Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. Nginx支持WebSocket反向代理-学习小结

    WebSocket是目前比较成熟的技术了,WebSocket协议为创建客户端和服务器端需要实时双向通讯的webapp提供了一个选择.其为HTML5的一部分,WebSocket相较于原来开发这类app的 ...

  2. 项目开发之package.json

    Name 必须字段. 提示: 不要在name中包含js, node字样: 这个名字不能以点号或下划线开头: 这个名字不能包含有大写字母: 这个名字可能在require()方法中被调用,所以应该尽可能短 ...

  3. B. Vasya and Isolated Vertices

    链接 [http://codeforces.com/contest/1065/problem/B] 题意 给你n个点,m条边,让你找最多孤立点和最少孤立点,不能有自环路 分析 对于最少max(0,n- ...

  4. SCRUM 12.18

    明天就是编译课设的第二次中期考核了,大家都感到有一些压力. 所以我们决定今天减少一些工作量. 工作任务分配依旧如往常 成员 任务 彭林江 落实API 郝倩 研究遍历美团数据方法 牛强 落实意见反馈功能 ...

  5. WIN10 评估版 查看过期时间

    命令行运行winver,弹出的窗口显示过期时间,如 下图: 又可以再用一段时间教育版了,本机预装的的家庭版序列号,还没法从教育版降级到家庭版,可悲吧(win7时代就不允许从高级降低到低级用啊)

  6. 开发一个微信小程序实例教程

    一.注册小程序账号 1.进入微信公众平台(https://mp.weixin.qq.com/),注册小程序账号,根据提示填写对应的信息即可.2.注册成功后进入首页,在 小程序发布流程->小程序开 ...

  7. React 多组件传值props和this

    <!DOCTYPE html><html><head lang="en"> <meta charset="UTF-8" ...

  8. 关于WrapPanel和RadioButton相互配合使用实WrapPanel现动态添加或删除项

    最近在做一个项目的时候,有一个需求就是,通过RadioButton来控制一行内容的显示与不显示,当不显示的时候,下面的项能够占住相应的位置,当增加的时候,又会在原来的位置重新显示,如果使用一般的Gri ...

  9. python自动化运维笔记1 —— 系统性能信息模块psutil

    一.系统基础信息模块 1.1 系统性能信息模块psutil psutil是一个跨平台库(http://code.google.com/p/psutil/),能够轻松实现获取系统运行的进程和系统利用率( ...

  10. mysql学习笔记一 —— 数据的增删改查

    1.连接mysql mysql 直接回车(是以root身份,密码空,登陆的是本机localhost) [root@www mysql]# mysql -uroot -p123 -S /var/lib/ ...