出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. Js把Json序列化为Java接受的对象。

    服务器端 Java定义 data class role(var name: String = "", var remark: String = "") data ...

  2. Linux下对文件进行加密备份的操作记录

    由于公司之前在阿里云上购买了一些机器,后续IDC建设好后,又将线上业务从阿里云上迁移到IDC机器上了,为了不浪费阿里云上的这几台机器资源,打算将这些机器做成IP SAN共享存储,然后作为IDC数据的一 ...

  3. Redis常用操作--------SortedSet(有序集合)

    1.ZADD key score member [[score member] [score member] ...] 将一个或多个 member 元素及其 score 值加入到有序集 key 当中. ...

  4. Sprint 冲刺第三阶段第3-5天 数据库代码

    数据库代码: package com.example.brdemo; import android.app.Activity; import android.content.Intent; impor ...

  5. 第三个sprint冲刺第二阶段

    内测版:

  6. socket.io框架

    socket.io框架 一.问题背景 目前公司在互联网产品上需要程序与前端部分要进行一个实时交互,在进行一定程度上的选型后,决定使用socket.io框架进行一个实践,算是公司的一个新的 尝试,也算是 ...

  7. 关于EA和ED的区别

    在申请美国大学本科的过程中,申请的截止时间往往分为两轮:提前申请(Early Decision/Action) 和常规申请 (Regular Decision).提前申请,顾名思义,截止时间会相对早一 ...

  8. PAT 1019 数字黑洞

    https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805302786899968 给定任一个各位数字不完全相同的4位正整数,如 ...

  9. Git—学习笔记1

    Git是一种分布式版本控制工具,现阶段比较流行的版本控制工具主要分为:集中式版本控制工具盒分布式版本控制工具. 集中式版本控制工具:SVN和CVS为代表 集中式版本控制系统(每次都得从SVN服务器数据 ...

  10. ThreadPoolExecutor使用详解

    ThreadPoolExecutor机制  一.概述 1.ThreadPoolExecutor作为java.util.concurrent包对外提供基础实现,以内部线程池的形式对外提供管理任务执行,线 ...