出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. hdu 1263 水果 结构的排序+sort自定义排序

    水果 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others)Total Submissi ...

  2. 对wordcount单词字母部分的修改

    原始代码: int s; s = ch; switch (s) { case 'a':letter[0]++; break; case 'b':letter[1]++; break; case 'c' ...

  3. SqlDataAdapter简单介绍 (转)

    From:  http://blog.sobnb.com/u/92/5532.html 一.特点介绍 1.表示用于填充 DataSet 和更新 SQL Server 数据库的一组数据命令和一个数据库连 ...

  4. nginx gzip 以及 tcp 反向代理的 model

    同事为了提高性能发给我一model 简单改了一下. 记录一下 #user nobody; worker_processes ; events { worker_connections ; } http ...

  5. Angular service定义服务

    <!DOCTYPE html><html ng-app="myApp"><head lang="en"> <meta ...

  6. 关于ListBox在Grid中无法充满的问题

    WPF布局的时候发现一个问题,ListBox放在Grid中的时候,老是无法充满整个Grid,但是查看代码也没有设置相关的属性,原来在设置ListBox之前首先要让ListBox的容器充满,然后List ...

  7. JavaScript从入门到精通

    第一(基本语法) if(condition1){ expression1; }else if(condition2){ expression2; }else{ expression3; } switc ...

  8. Delphi学习技巧

    我感觉学习最大的诀窍是, 尽快捕捉到设计者(Delphi VCL 的设计者.进而是 Windows 操作系统的设计者)的某些思路, 和大师的思路吻合了, 才能够融汇贯通, 同时从容使用它们的成果. 碰 ...

  9. MySQL在Read Uncommitted级别下写操作加X锁

    很多文章认为MySQL在读未提交(Read Uncommitted)的隔离级别下,写操作是不加锁的,然而实际上并不是,在RU级别下,写操作加有X锁. 实践出真知 以前,我也认为RU隔离级别下,写操作不 ...

  10. Bootstrap排版——HTML元素的样式重定义

    前面的话 Bootstrap对默认的HTML元素进行了CSS样式定义,使得各种基本结构套用出来的HTML页面更加美观.本文将详细介绍Bootstrap中排版相关的内容 标题 [h] HTML 中的所有 ...