出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. keepalived概述

    一.HA集群中的相关术语 1.节点(node) 运行HA进程的一个独立主机,称为节点,节点是HA的核心组成部分,每个节点上运行着操作系统和高可用软件服务,在高可用集群中,节点有主次之分,分别称之为主节 ...

  2. 个人阅读作业LAST

    其实从最刚开始到最后,我们团队的任务一直都比较紧,前期主要是因为我们是从零开始的自选题目,一开始大家都有许多不曾用过的技术需要学习,PM安排任务时也不好分配,不过大家也都坚持下来尽量按时完成任务,第一 ...

  3. Linux内核总结博客 20135332武西垚

    http://www.cnblogs.com/wuxiyao/p/5220677.htmlhttp://www.cnblogs.com/wuxiyao/p/5247571.htmlhttp://www ...

  4. sql 语句的先后执行顺序

    例:查询语句中select from where group by having order by的执行顺序 一般以为会按照逻辑思维执行,为: 查询中用到的关键词主要包含六个,并且他们的顺序依次为  ...

  5. ajax多级菜单栏

    1.jsp 首先ajax查询数据 <script type="text/javascript"> function targetlist() { $.ajax({ ur ...

  6. 伪静态与重定向--RewriteRule

    环境:windows 10,phpstudy,sublime text.服务器使用Apache,网站根目录为E:\phpstudy\www\,所以.htaccess放在www目录下. RewriteR ...

  7. ASP.NET MVC随记汇总

    1.学习教程: 1.ASP.NET MVC4入门教程:Asp.Net MVC4入门指南 2.ASP.NET MVC4系类教程 3.ASP.NET MVC学习系列 4.从零开始学习ASP.NET MVC ...

  8. MiniDP与HDMI的关系

    高清输出革命先行者:HDMI接口 HDMI高清晰度多媒体接口(英文:High Definition Multimedia Interface,HDMI)是一种数字化视频/音频接口技术,是适合影像传输的 ...

  9. delphi7调用数据库连接属性

    背景:连接数据库用ADOQuery控件,但是程序一旦编译完成,如果想更改数据库连接设置还得重新修改ADOQuery的属性重新编译 如果可以在程序中可以随时设置ADOQuery的属性则会方便很多. 实现 ...

  10. python之pygal:掷一个骰子统计次数并以直方图形式显示

    源码如下: # pygal包:生成可缩放的矢量图形文件,可自适应不同尺寸的屏幕显示 # 安装:python -m pip intall pygal-2.4.0-py2.py3-none-any.whl ...