HaploView is a program that is used to visualize the LD blocks of  SNPs.

What I need to do is the following:

File >> New Data >> HapMap Download >>

then type in the genomic location : chromosome, start and end --- be careful to use Hg18, NOT hg19!

Then you can export the plots like this:

How to use HaploView的更多相关文章

  1. haploview出现"invalid affected status"的解决方法

    haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0,而plink文件的缺失值一般用"-9"表示,当ped文件的缺失值为"-9"时,haplo ...

  2. haploview出现“more than two alleles”的解决方法

    弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的S ...

  3. haploview画出所有SNP的LD关系图

    有时候我们想画出所有SNP的LD关系图,则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行,如下所示: java -jar Haploview.jar -skipcheck -n -pedfile 80 ...

  4. haploview出现“results file must contain a snp column”的解决方法

    将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 /software/plink --file yourfile --recode HV --snps-only just-acgt --o ...

  5. 【数据使用】3k水稻数据库现成SNP的使用

    ---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://s ...

  6. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  7. LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!

    本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...

随机推荐

  1. 搭建SSH框架所需Jar包及其解释

    SSH2 ----struts2.1.8---- struts2-core-2.1.8.1.jar struts2核心包 struts2-json-plugin-2.1.8.1.jar struts2 ...

  2. C#学习7.31判断体重是否超标

    using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.T ...

  3. 有关C#中使用if else和try catch的问题及效率问题

    本来if esle 是流程控制 try catch是异常处理,本身其实是没有可比性的,但是开发过程中有的人很容易混用,而且两者有的时候效果似乎一样,所以我还是用了个简单的测试来简单的比较下. 不多说, ...

  4. JAVA传智 DAY1复习

    Java平台: Java API JVM 特点:可跨平台 Java运行机制: 编译(javac.exe)                                  运行(java.exe) J ...

  5. Java中的深拷贝和浅拷贝

    1.浅拷贝与深拷贝概念 (1)浅拷贝(浅克隆) 浅拷贝又叫浅复制,将对象中的所有字段复制到新的对象(副本)中.其中,值类型字段(java中8中原始类型)的值被复制到副本中后,在副本中的修改不会影响到源 ...

  6. C++-不要在构造和析构函数中调用虚函数

    在实习的单位搞CxImage库时不知为什么在Debug时没有问题,但是Release版里竟然跳出个Pure virtual function call error! 啥东西呀,竟然遇上了,就探个究竟吧 ...

  7. 进制转换器(十进制转n进制)

    #include<stdio.h> #include<stdlib.h> #define MAXSIZE 100 /*链栈类型定义*/ typedef struct node ...

  8. jQuery对表单元素的取值和赋值操作代码

    使用常规的思路:$(“#keyword”).value 取值是取不到的,因为此时$(‘#keydord’)已经不是个element,而是个jquery对象,所以应该使用:$(“#keyword”).v ...

  9. 蓝桥杯 algo——6 安慰奶牛 (最小生成树)

    问题描述 Farmer John变得非常懒,他不想再继续维护供奶牛之间供通行的道路.道路被用来连接N个牧场,牧场被连续地编号为1到N.每一个牧场都是一个奶牛的家.FJ计 划除去P条道路中尽可能多的道路 ...

  10. 看项目得到info_freeCsdn-01闪屏页面

    /** * 渐变展示启动屏 */ private void startAnimation() { Animation aa = new Animation() { }; aa.setDuration( ...