HaploView is a program that is used to visualize the LD blocks of  SNPs.

What I need to do is the following:

File >> New Data >> HapMap Download >>

then type in the genomic location : chromosome, start and end --- be careful to use Hg18, NOT hg19!

Then you can export the plots like this:

How to use HaploView的更多相关文章

  1. haploview出现"invalid affected status"的解决方法

    haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0,而plink文件的缺失值一般用"-9"表示,当ped文件的缺失值为"-9"时,haplo ...

  2. haploview出现“more than two alleles”的解决方法

    弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的S ...

  3. haploview画出所有SNP的LD关系图

    有时候我们想画出所有SNP的LD关系图,则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行,如下所示: java -jar Haploview.jar -skipcheck -n -pedfile 80 ...

  4. haploview出现“results file must contain a snp column”的解决方法

    将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 /software/plink --file yourfile --recode HV --snps-only just-acgt --o ...

  5. 【数据使用】3k水稻数据库现成SNP的使用

    ---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://s ...

  6. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  7. LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!

    本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...

随机推荐

  1. 重点关注之OData with List

    OData是什么 官方解释:The Open Data Protocol (OData) is a data access protocol for the web. OData provides a ...

  2. 获取checkbox数组 里面的值

    echo '<td class="text-left"><input  name="tids[]" type="checkbox&q ...

  3. jquery 字数限制

    $("#TextArea1").keydown(function(){ 10 var curLength=$("#TextArea1").val().lengt ...

  4. ASP.NET备份还原数据库

    核心技术:using System.Data.SqlClient;using System.IO;string SqlStr1 = "Server=(local);DataBase=mast ...

  5. model.addAttribute("student",student)——渲染

    往前台视图传参数,(将在处理器传入的模型数据在视图jsp中展示出来,即为渲染) 按照spring一般的编码习惯,model 应该是contrller里面的Map结构吧.Map里面添加key=" ...

  6. 从ajax获取的数据无法通过Jquery选择器来调用事件

    如果标签是动态生成的,比如说div.tr.td等,若需通过Jquery来获取事件,那么需要用live来绑定相应的事件. 比如说绑定div的click事件 $("div").live ...

  7. RM报表预览,只有固定的1个订单页面

    明明选了多个记录,预览时,只显示最后一个. 原因: 主项数据的数据集选了报表自带的虚拟数据集了.

  8. pig

    1.Pig是基于hadoop的一个数据处理的框架. MapReduce是使用java进行开发的,Pig有一套自己的数据处理语言,Pig的数据处理过程要转化为MR来运行.2.Pig的数据处理语言是数据流 ...

  9. SharePoint 沙盒解决方案 VS 场解决方案

    博客地址 http://blog.csdn.net/foxdave 最近看书正好看到了关于沙盒解决方案的介绍,便整理记录一下. 虽然沙盒解决方案已经在最新的SharePoint开发中被否决弃用了(被A ...

  10. Java基础毕向东day05 对象与对象的区别,匿名内部类,函数的执行流程。

    1.Car c = new Car(); Car c2 = new Car(); 1> c 和 c2之间的区别? public static void main(String[] args) { ...