HaploView is a program that is used to visualize the LD blocks of  SNPs.

What I need to do is the following:

File >> New Data >> HapMap Download >>

then type in the genomic location : chromosome, start and end --- be careful to use Hg18, NOT hg19!

Then you can export the plots like this:

How to use HaploView的更多相关文章

  1. haploview出现"invalid affected status"的解决方法

    haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0,而plink文件的缺失值一般用"-9"表示,当ped文件的缺失值为"-9"时,haplo ...

  2. haploview出现“more than two alleles”的解决方法

    弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的S ...

  3. haploview画出所有SNP的LD关系图

    有时候我们想画出所有SNP的LD关系图,则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行,如下所示: java -jar Haploview.jar -skipcheck -n -pedfile 80 ...

  4. haploview出现“results file must contain a snp column”的解决方法

    将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 /software/plink --file yourfile --recode HV --snps-only just-acgt --o ...

  5. 【数据使用】3k水稻数据库现成SNP的使用

    ---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://s ...

  6. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  7. LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!

    本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...

随机推荐

  1. HDU 5768 中国剩余定理

    题目链接:Lucky7 题意:求在l和r范围内,满足能被7整除,而且不满足任意一组,x mod p[i] = a[i]的数的个数. 思路:容斥定理+中国剩余定理+快速乘法. (奇+ 偶-) #incl ...

  2. 二分搜索法(转载自vanezkw)

    二分查找算法java实现 今天看了一下JDK里面的二分法是实现,觉得有点小问题.二分法的实现有多种今天就给大家分享两种.一种是递归方式的,一种是非递归方式的.先来看看一些基础的东西. 1.算法概念. ...

  3. 互斥锁pthread_mutex_t的使用(转载)

    1. 互斥锁创建        有两种方法创建互斥锁,静态方式和动态方式.POSIX定义了一个宏PTHREAD_MUTEX_INITIALIZER来静态初始化互斥锁,方法如下: pthread_mut ...

  4. Achieving High Availability and Scalability - ARR and NLB

    Achieving High Availability and Scalability: Microsoft Application Request Routing (ARR) for IIS 7.0 ...

  5. vi编辑器选项

    Vi编辑器有一些选项设置可以帮助人们更好的使用. 在vi中选项分为两种: 1.  开关选项,如果要打开这类选项就使用ex命令——:set 选项:如果要关闭这类选项就是用ex命令——:set  no选项 ...

  6. SharePoint 2013 Nintex Workflow 工作流帮助(十三)

    博客地址 http://blog.csdn.net/foxdave 工作流动作 35. Delegate Workflow Task(User interaction分组) 该操作将委托未处理的工作流 ...

  7. java基础-002

    1.Java虚拟机和“平台无关语言” Java虚拟机是可以执行字节码的虚拟机进程.Java源文件被编译成被Java虚拟机执行的字节码文件. Java被设计成允许应用程序运行在任意的平台,而不需要程序员 ...

  8. 北大ACM题库习题分类与简介(转载)

    在百度文库上找到的,不知是哪位大牛整理的,真的很不错! zz题 目分类 Posted by fishhead at 2007-01-13 12:44:58.0 -------------------- ...

  9. Android布局— — —表格布局

    表格布局 以表格的形式来显示界面中的控件,表格的每一行为一个TableRow,每当一个控件添加到TableRow中,就生成一个单元格. 语法格式: <TableLayout xmlns:andr ...

  10. ubuntu  输入时弹出剪切板候选项

    fcitx很坑的把这个功能的快捷键设置成了ctrl + ;结果我在用vim的时候怎么也 没法输入command 不知道是哪次更新引入的,简直是坑人! 我找了半天系统设置都没找到这个快捷键是在哪设置的. ...