HaploView is a program that is used to visualize the LD blocks of  SNPs.

What I need to do is the following:

File >> New Data >> HapMap Download >>

then type in the genomic location : chromosome, start and end --- be careful to use Hg18, NOT hg19!

Then you can export the plots like this:

How to use HaploView的更多相关文章

  1. haploview出现"invalid affected status"的解决方法

    haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0,而plink文件的缺失值一般用"-9"表示,当ped文件的缺失值为"-9"时,haplo ...

  2. haploview出现“more than two alleles”的解决方法

    弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的S ...

  3. haploview画出所有SNP的LD关系图

    有时候我们想画出所有SNP的LD关系图,则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行,如下所示: java -jar Haploview.jar -skipcheck -n -pedfile 80 ...

  4. haploview出现“results file must contain a snp column”的解决方法

    将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 /software/plink --file yourfile --recode HV --snps-only just-acgt --o ...

  5. 【数据使用】3k水稻数据库现成SNP的使用

    ---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://s ...

  6. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  7. LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!

    本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...

随机推荐

  1. php 大数据量及海量数据处理算法总结

    下面的方法是我对海量数据的处理方法进行了一个一般性的总结,当然这些方法可能并不能完全覆盖所有的问题,但是这样的一些方法也基本可以处理绝大多数遇到的问题.下面的一些问题基本直接来源于公司的面试笔试题目, ...

  2. weblogic热部署问题

    最近部署的项目在weblogic10上面.按说10已经支持热部署了,但是为什么我每次修改的jsp,不生效,必须重启服务器呢?这样太耽误时间了,后来发现我的weblogic.xml里的servlet-r ...

  3. 判断子元素(or属性)是否存在

    if(typeof($("#aid").attr("rel"))=="undefined") 即可

  4. 二模 (3) day2

    第一题: 题目大意:(难以概括,就不贴了把.) 解题过程: 1.担心被精度问题恶心,就把平均数的地方乘了N,这样只有最后计算的时候才会是小数.. 2.数组保存的时候蛋疼的 没改成double.结果全部 ...

  5. SQL中 char、varchar、text 和 nchar、nvarchar、ntext的区别

    1.char.char存储定长数据很方便,char字段上的索引效率级高,比如定义char(10),那么不论你存储的数据是否达到了10个字节,都要占去10个字节的空间.             2.va ...

  6. APP store 上架过程中碰到的那些坑&被拒的各种奇葩原因整理&审核指南中文版

    苹果官方发布的十大常见被拒原因 1.崩溃次数和Bug数量.苹果要求开发者在将应用提交给App Store之前彻查自己的应用,以尽量避免Bug的存在. 2.链或错误的链接.应用中所有的链接必须是真实且有 ...

  7. Struts2标签<s:textfield/>

    中的name="",取值顺序是,如不加#,先从root中栈顶取,没有取到(即使栈顶有这个属性但是属性为空还是向下取,这点和el表达式不同)就去actioncontext的map中取 ...

  8. Chapter 5: Container

    Chapter 5: Container A container is a module that processes the requests for a servlet and populates ...

  9. 一次蜿蜒曲折的RFID破解之路

    前言 早一段时间看到一篇看雪论坛关于逻辑嗅探破解接触式IC卡口令的文章,激起鄙人对rfid的兴趣.遂准备拿学校的卡一展身手. 0×00 前期准备 经过初步了解,学校的rfid卡片分为两种.校园卡采用M ...

  10. GeekPwn2015胸卡ESP8266 12E串口调试

    相信今年参加GeekPwn活动的很多同学都获得了一枚GeekPwn的胸牌,为方便大家对胸牌进行一些调试和破解,这里分享一些关于这枚胸牌的一些信息 :)如发现文章之中有错误之处,欢迎大家斧正! 0×00 ...