kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。

为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

Jellyfish mer counter  （原来和MaSuRCA是一个开发单位，我说怎么这么眼熟呢）

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA的更多相关文章

  1. [Agc005D]K Perm Counting

    [Agc005D] K Perm Counting Description 糟糕爷特别喜爱排列.他正在构造一个长度为N的排列.但是他特别讨厌正整数K.因此他认为一个排列很糟糕,当且仅当存在至少一个i( ...

  2. AGC 005 D - ~K Perm Counting

    D - ~K Perm Counting 链接 题意: 求有多少排列对于每个位置i都满足$|ai−i|!=k$.n<=2000 分析: 容斥+dp. $answer = \sum\limits_ ...

  3. 题解-Atcoder_agc005D ~K Perm Counting

    Problem AtCoder-agc005D 题意概要:给出\(n,k\),求合法的排列个数,其中合法定义为任何数字所在位置与自身值差的绝对值不为\(k\)(即求排列\(\{A_i\}\),使得\( ...

  4. AGC 005D.~K Perm Counting(容斥 DP 二分图)

    题目链接 \(Description\) 给定\(n,k\),求 满足对于所有\(i\),\(|a_i-i|\neq k\)的排列的个数. \(2\leq n\leq 2000,\quad 1\leq ...

  5. [AGC005D] ~K Perm Counting [dp]

    题面 传送门 思路 首先可以明确的一点是,本题中出现不满足条件的所有的数,都是分组的 只有模$K$意义下相同的数之间才会出现不满足条件的情况,而且仅出现在相邻的情况 那么我们考虑把这个性质利用起来 我 ...

  6. [AT2062] ~K Perm Counting

    AT2602 , Luogu 求对于 \(n\) 个数的排列 , 有多少种方案满足对于所有的 \(i\) , \(|P_i - i| != K\) , 答案对 \(924844033\) 取模 . \ ...

  7. 【agc005d】~K Perm Counting

    题目大意 求有多少中1~n的排列,使得\(abs(第i个位置的值-i)!=k\) 解题思路 考虑容斥,\(ans=\sum_{i=0}^{n}(-1)^ig[i](n-i)!(g[i]表示至少有i个位 ...

  8. GNU Parallel Tutorial

    GNU Parallel Tutorial Prerequisites Input sources A single input source Multiple input sources Linki ...

  9. Fast Paxos 和 Paxos的区别

    详见:http://blog.yemou.net/article/query/info/tytfjhfascvhzxcyt373 自从Lamport在1998年发表Paxos算法后,对Paxos的各种 ...

随机推荐

  1. python 读写压缩文件

    gzip 和bz2 模块可以很容易的处理这些文件.两个模块都为open() 函数提供了另外的实现来解决这个问题.比如,为了以文本形式读取压缩文件,可以这样做: # gzip compression i ...

  2. 使用echo命令清空tomcat日志文件

    使用echo命令清空日志文件echo -n "" > /server/tomcat/logs/catalina.out ==>要加上"-n"参数,默 ...

  3. 2016NOI冬令营day5

    考试 坑坑坑 无法调试 两个小时写的第一题爆零了 O(n)(n<=200)都能被卡T???数据乱搞吧WOC 10分胸牌滚粗

  4. MockWebServer--环境

    MockWebServer是一个可脚本化的用于测试HTTP客户端的Web服务器.主要用于测试你的应用在进行HTTP.HTTPS请求时是否按照预期的行为动作.使用该工具,你可以验证应用的请求是否符合预期 ...

  5. kafka-python的API简单介绍

    在上一篇文章中说明了kafka-python的API使用的理论概念,这篇文章来说明API的实际使用. 在官方文档详细列出了kafka-python的API接口https://kafka-python. ...

  6. VM三种网络连接方式

    bridge:这种方式最简单,直接将虚拟网卡桥接到一个物理网卡上面,和Linux下一个网卡 绑定两个不同地址类似,实际上是将网卡设置为混杂模式,从而达到侦听多个IP的能力. 在此种模式下,虚拟机内部的 ...

  7. MS08_067漏洞测试——20145301

    MS08_067漏洞测试 实验步骤 search MS08_067查看相关信息 show payloads命令查找需要的攻击载荷 选择generic/shell_reverse_tcp来获取漏洞主机的 ...

  8. 20145302张薇 《网络对抗技术》 web基础

    20145302张薇 <网络对抗> web基础 实验问题回答 1.什么是表单 表单在网页中主要负责数据采集功能:一般网页上需要用户输入.选择的地方都会用到表单 表单标签:即,用于确定表单所 ...

  9. mpvue小程序开发入门级指南

    报错指南 "Error: ERR_GET_SESSION_KEY {"code":5100,"message":"(-1)服务内部错误,请稍 ...

  10. map按value值查找——find_if的使用(转载)

    转载:http://www.cnblogs.com/xufeiyang/archive/2012/05/09/2491871.html CValueFind #ifndef _CVALUEFIND_H ...