kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。

为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

Jellyfish mer counter  （原来和MaSuRCA是一个开发单位，我说怎么这么眼熟呢）

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA的更多相关文章

  1. [Agc005D]K Perm Counting

    [Agc005D] K Perm Counting Description 糟糕爷特别喜爱排列.他正在构造一个长度为N的排列.但是他特别讨厌正整数K.因此他认为一个排列很糟糕,当且仅当存在至少一个i( ...

  2. AGC 005 D - ~K Perm Counting

    D - ~K Perm Counting 链接 题意: 求有多少排列对于每个位置i都满足$|ai−i|!=k$.n<=2000 分析: 容斥+dp. $answer = \sum\limits_ ...

  3. 题解-Atcoder_agc005D ~K Perm Counting

    Problem AtCoder-agc005D 题意概要:给出\(n,k\),求合法的排列个数,其中合法定义为任何数字所在位置与自身值差的绝对值不为\(k\)(即求排列\(\{A_i\}\),使得\( ...

  4. AGC 005D.~K Perm Counting(容斥 DP 二分图)

    题目链接 \(Description\) 给定\(n,k\),求 满足对于所有\(i\),\(|a_i-i|\neq k\)的排列的个数. \(2\leq n\leq 2000,\quad 1\leq ...

  5. [AGC005D] ~K Perm Counting [dp]

    题面 传送门 思路 首先可以明确的一点是,本题中出现不满足条件的所有的数,都是分组的 只有模$K$意义下相同的数之间才会出现不满足条件的情况,而且仅出现在相邻的情况 那么我们考虑把这个性质利用起来 我 ...

  6. [AT2062] ~K Perm Counting

    AT2602 , Luogu 求对于 \(n\) 个数的排列 , 有多少种方案满足对于所有的 \(i\) , \(|P_i - i| != K\) , 答案对 \(924844033\) 取模 . \ ...

  7. 【agc005d】~K Perm Counting

    题目大意 求有多少中1~n的排列,使得\(abs(第i个位置的值-i)!=k\) 解题思路 考虑容斥,\(ans=\sum_{i=0}^{n}(-1)^ig[i](n-i)!(g[i]表示至少有i个位 ...

  8. GNU Parallel Tutorial

    GNU Parallel Tutorial Prerequisites Input sources A single input source Multiple input sources Linki ...

  9. Fast Paxos 和 Paxos的区别

    详见:http://blog.yemou.net/article/query/info/tytfjhfascvhzxcyt373 自从Lamport在1998年发表Paxos算法后,对Paxos的各种 ...

随机推荐

  1. sift 与 surf 算法

    http://blog.csdn.net/cy513/article/details/4414352 SURF算法是SIFT算法的加速版,OpenCV的SURF算法在适中的条件下完成两幅图像中物体的匹 ...

  2. Python2 简明教程

    Python 由 Guido Van Rossum 在90年代初创建. 它现在是最流行的语言之一 我喜爱python是因为它有极为清晰的语法,甚至可以说,它就是可以执行的伪代码. 注意: 这篇文章针对 ...

  3. Azkaban学习笔记（一）

    1. 任务调度概述 一个完整的数据分析系统通常都是由大量任务单元组成: shell脚本程序,java程序,mapreduce程序.hive脚本等 各任务单元之间存在时间先后及前后依赖关系 现成的开源调 ...

  4. HTTP 协议入门

    本文转载自:http://www.ruanyifeng.com/blog/2016/08/http.html HTTP 协议是互联网的基础协议,也是网页开发的必备知识,最新版本 HTTP/2 更是让它 ...

  5. javashop技术培训总结，架构介绍，Eop核心机制

    javashop技术培训一.架构介绍1.Eop核心机制,基于spring的模板引擎.组件机制.上下文管理.数据库操作模板引擎负责站点页面的解析与展示组件机制使得可以在不改变核心代码的情况下实现对应用核 ...

  6. linux不常用但很有用的命令（持续完善）

    Linux登录后设置提示信息: /etc/issue 本地端登录前显示信息文件 /etc/issue.net 网络端登录前显示信息文件 /etc/motd 登陆后显示信息文件 可以添加以下几个常用选项 ...

  7. 20145321《网络对抗技术》逆向与Bof基础

    20145321<网络对抗技术>逆向与Bof基础 实践目标 本次实践的对象是一个名为pwn1的linux可执行文件. 该程序正常执行流程是:main调用foo函数,foo函数会简单回显任何 ...

  8. [codeWars] - 8kyu的简单复习

    https://www.codewars.com/kata/5aa736a455f906981800360d public class Kata { public static boolean fea ...

  9. Mybatis配置映射文件中parameterType的用法小结

    原创: 在mybatis映射接口的配置中,有select,insert,update,delete等元素都提到了parameterType的用法,parameterType为输入参数,在配置的时候,配 ...

  10. 《C语言程序设计》指针篇<二>

    通过指针引用多维数组 如何理解二维数组元素的地址? 要知道,这本书用了整整两页的内容来讲解这方面的知识,从这里足以看出来理解通过指针来引用二维数组是一件比较麻烦的事情,但是我认为理解并不难. 什么是二 ...