JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA
kmer分析其实是非常耗费计算资源的,如果我们自己写脚本来分析kmer的话,首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer,然后将所有的kmer存储起来,最后统计每个kmer出现的频率,或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。
为了节省资源,我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。
JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA
Jellyfish mer counter (原来和MaSuRCA是一个开发单位,我说怎么这么眼熟呢)
JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA的更多相关文章
- [Agc005D]K Perm Counting
[Agc005D] K Perm Counting Description 糟糕爷特别喜爱排列.他正在构造一个长度为N的排列.但是他特别讨厌正整数K.因此他认为一个排列很糟糕,当且仅当存在至少一个i( ...
- AGC 005 D - ~K Perm Counting
D - ~K Perm Counting 链接 题意: 求有多少排列对于每个位置i都满足$|ai−i|!=k$.n<=2000 分析: 容斥+dp. $answer = \sum\limits_ ...
- 题解-Atcoder_agc005D ~K Perm Counting
Problem AtCoder-agc005D 题意概要:给出\(n,k\),求合法的排列个数,其中合法定义为任何数字所在位置与自身值差的绝对值不为\(k\)(即求排列\(\{A_i\}\),使得\( ...
- AGC 005D.~K Perm Counting(容斥 DP 二分图)
题目链接 \(Description\) 给定\(n,k\),求 满足对于所有\(i\),\(|a_i-i|\neq k\)的排列的个数. \(2\leq n\leq 2000,\quad 1\leq ...
- [AGC005D] ~K Perm Counting [dp]
题面 传送门 思路 首先可以明确的一点是,本题中出现不满足条件的所有的数,都是分组的 只有模$K$意义下相同的数之间才会出现不满足条件的情况,而且仅出现在相邻的情况 那么我们考虑把这个性质利用起来 我 ...
- [AT2062] ~K Perm Counting
AT2602 , Luogu 求对于 \(n\) 个数的排列 , 有多少种方案满足对于所有的 \(i\) , \(|P_i - i| != K\) , 答案对 \(924844033\) 取模 . \ ...
- 【agc005d】~K Perm Counting
题目大意 求有多少中1~n的排列,使得\(abs(第i个位置的值-i)!=k\) 解题思路 考虑容斥,\(ans=\sum_{i=0}^{n}(-1)^ig[i](n-i)!(g[i]表示至少有i个位 ...
- GNU Parallel Tutorial
GNU Parallel Tutorial Prerequisites Input sources A single input source Multiple input sources Linki ...
- Fast Paxos 和 Paxos的区别
详见:http://blog.yemou.net/article/query/info/tytfjhfascvhzxcyt373 自从Lamport在1998年发表Paxos算法后,对Paxos的各种 ...
随机推荐
- Shell脚本实现检测某ip网络畅通情况,实战用例
Shell脚本实现检测某ip网络畅通情况,实战用例 环境准备,linux shell 发送email 邮件:1.安装sendmailyum -y install sendmail安装好sendmail ...
- 教你如何用Nginx搭建一个安全的、快速的微服务架构
今天我们要谈论微服务以及如何使用Nginx构建一个快速的.安全的网络系统.最后,我们将向您展示一个使用Fabric模式如何非常快速和轻松地构建一个微服务的demo. 在我们探讨Fabric模式之前,我 ...
- Centos下安装git高版本2.1.2
安装依赖软件 # yum install curl-devel expat-devel gettext-devel openssl-devel zlib-devel asciidoc # yum in ...
- P2571 [SCOI2010]传送带
P2571 [SCOI2010]传送带 三分套三分. 前提条件:P3382 [模板]三分法 三分,求区间内单峰函数的最大/最小值. 我们把两条线段都跑三分,先ab后cd,求出最小值. 可以直接将二维坐 ...
- yum配合rpm查看软件包安装位置
今天安装apache,新版本要求除了apache的安装包以外,还要求先安装apr.apr-util和pcre. 开始并没有急着去下载apr的安装包,而是想看看我的操作系统中有没有安装过了这个软件,结果 ...
- leetcode 136 Single Number, 260 Single Number III
leetcode 136. Single Number Given an array of integers, every element appears twice except for one. ...
- elasticsearch分词器ik
1. 下载和es配套的版本 git clone https://github.com/medcl/elasticsearch-analysis-ik 2. 编译 cd elasticsearch-an ...
- 03: zabbix API接口 对 主机、主机组、模板、应用集、监控项、触发器等增删改查
目录:Django其他篇 01: 安装zabbix server 02:zabbix-agent安装配置 及 web界面管理 03: zabbix API接口 对 主机.主机组.模板.应用集.监控项. ...
- "/var/lib/mysql/mysql.sock"不存在解决办法
今天再次遇到mysql.sock问题, 下面是我的三种解决方案. 解决办法: 1./etc/my.cnf,至少增加/修改一行(前提是您find到了这个mysql.sock是在tmp下) [mysql] ...
- 20145227鄢曼君《网络对抗》Web安全基础实践
20145227鄢曼君<网络对抗>Web安全基础实践 实验后回答问题 1.SQL注入攻击原理,如何防御? SQL注入攻击指的是通过构建特殊的输入作为参数传入Web应用程序,而这些输入大都是 ...