转载：http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html

一、序列文本的准备

构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

二、序列导入到Mega 5软件

（1）打开Mega 5软件，界面如下

（2）导入需要构建系统发育树的目的序列

OK

选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein）

出现新的对话框，创建新的数据文件

选择序列类型

导入序列

导入序列成功。

（3）序列比对分析

点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基

（4）系统发育分析

关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称

三、系统发育树构建

根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例

Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算

计算完毕后，生成系统发育树。

根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存

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