Dnasp计算LD

Table of Contents

1 Dnasp 计算LD

Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能。 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述。我们这里选DNA,Haploid(单倍体),然后OK,然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大。因为这是两两对比得到的结果。 得到的结果,里面有详细的解释。我们接着File——Clos e DataFile就可以了。

Date: 2013-09-01T21:07+0800

Author: grc

Org version 7.9.3f with Emacs version 24

Validate XHTML 1.0

Dnasp计算LD的更多相关文章

  1. LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)

    这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. ...

  2. LD算法获取字符串相似度

    一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算 ...

  3. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  4. 常见算法是js实现汇总(转载)

    常见算法是js实现汇总 /*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.len ...

  5. Js常见算法实现汇总

    /*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.length; for(var ...

  6. plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值(LD)

    PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据 ...

  7. iOS之计算上次日期距离现在多久, 如 xx 小时前、xx 分钟前等

    /**  *  计算上次日期距离现在多久  *  *  @param lastTime    上次日期(需要和格式对应)  *  @param format1     上次日期格式  *  @para ...

  8. 利用Levenshtein Distance (编辑距离)实现文档相似度计算

    1.首先将word文档解压缩为zip /** * 修改后缀名 */ public static String reName(String path){ File file=new File(path) ...

  9. 一个简单的代码计算行数demo编写

    最近手头的项目基本上已经完结,历经了5个月的开发和迭代,各种的需求调整,想对自己的代码量进行一个客观的计算,于是抽了点时间写下了这个小demo,朋友们有需要的可以看看,很简单. 基本的思想就是:根目录 ...

随机推荐

  1. java设计模式之——策略模式

    1.策略模式有什么好处? 策略模式的好处在于你可以动态的改变对象的行为. 2.设计原则 设计原则是把一个类中经常改变或者将来可能改变的部分提取出来,作为一个接口(c++中可以用虚类),然后在类中包含这 ...

  2. 在大型项目上,Python 是个烂语言吗

    Robert Love, Google Software Engineer and Manager on Web Search. Upvoted by Kah Seng Tay, I was the ...

  3. MFC + CxImage 实现自绘半透明按钮

    环境:VS2008 + CxImage btn.h [cpp] view plaincopyprint? #pragma once // CBtn #include "ximage/xima ...

  4. USACO 2005 January Gold The Wedding Juicer

    题目 题目链接,我只在poj上找到了题目,usaco居然上不去. 大意就是说有一些\(1\times 1\times 1\)的小方块堆在一起,问最多能装多少水. 我们在一次测试中出了这题,由于我写水题 ...

  5. UVa 二分图匹配 Biginners

    UVa 1045 - The Great Wall Game 最小权匹配 题意:给你一个n*n的棋盘,上面有n个棋子,要求通过移动各个棋子使得棋子在同一行或者同一列或者对角线上,求最小移动次数. 思路 ...

  6. 趋势科技4月移动client病毒报告

    2014年4月移动client安全威胁概况 截至2014年4月30日,中国区移动client病毒码1.669.60,大小9,792,484字节,能够检測病毒约221万个.移动client病毒约12万个 ...

  7. JDK 安装环境配置(ubuntu)

    在Ubuntu 上安装jdk,先去官网下载相对应的tar包 网址:(这是jdk1.8) http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/ ...

  8. delphi模态窗体最小化会隐藏的问题

    在使用delphi创建模态窗体的时候最小化窗体会导致最小化的窗体不可见,再次点击主窗体才会显示. 在这个模态窗体中增加以下函数 procedure WmSysCommand(var msg: TMes ...

  9. France '98

    http://acm.hust.edu.cn/vjudge/contest/view.action?cid=30506#problem/H #include<map> #include&l ...

  10. Android触控屏幕Gesture(GestureDetector和SimpleOnGestureListener的使用教程)

    1.当用户触摸屏幕的时候,会产生许多手势,例如down,up,scroll,filing等等,我们知道View类有个View.OnTouchListener内部接口,通过重写他的onTouch(Vie ...