Dnasp计算LD
Dnasp计算LD
Table of Contents
1 Dnasp 计算LD
Dnasp有很多的功能，现在主要来记录其计算LD的功能。 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式，也就是你读入的文件是什么样子的，进行一个 描述。我们这里选DNA，Haploid（单倍体），然后OK，然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大。因为这是两两对比得到的结果。 得到的结果，里面有详细的解释。我们接着File——Clos e DataFile就可以了。
Dnasp计算LD的更多相关文章
- LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)
这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. ...
- LD算法获取字符串相似度
一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- 常见算法是js实现汇总（转载）
常见算法是js实现汇总 /*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.len ...
- Js常见算法实现汇总
/*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.length; for(var ...
- plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据 ...
- iOS之计算上次日期距离现在多久, 如 xx 小时前、xx 分钟前等
/** * 计算上次日期距离现在多久 * * @param lastTime 上次日期(需要和格式对应) * @param format1 上次日期格式 * @para ...
- 利用Levenshtein Distance (编辑距离)实现文档相似度计算
1.首先将word文档解压缩为zip /** * 修改后缀名 */ public static String reName(String path){ File file=new File(path) ...
- 一个简单的代码计算行数demo编写
最近手头的项目基本上已经完结,历经了5个月的开发和迭代,各种的需求调整,想对自己的代码量进行一个客观的计算,于是抽了点时间写下了这个小demo,朋友们有需要的可以看看,很简单. 基本的思想就是:根目录 ...
随机推荐
- KestrelServer
KestrelServer 跨平台是ASP.NET Core一个显著的特性,而KestrelServer是目前微软推出了唯一一个能够真正跨平台的Server.KestrelServer利用一个名为Ke ...
- MinGW开发工具的安装
MinGW是Minimalist GNU for Windows的缩写,是把linux下的GNU开发工具包移植到windows的项目之一.和Cygwin不一样的是,MinGW不提供linux的posi ...
- ajax异步请求实例
1. 问题分析 用户管理显示页面:usermanagement.tpl(也可以说是MVC中的V,即视图) 用户管理数据发送页面:usermanagement.php(也可以说是MVC中的M,即模型) ...
- HDU2571：命运(DP)
Problem Description 穿过幽谷意味着离大魔王lemon已经无限接近了! 可谁能想到,yifenfei在斩杀了一些虾兵蟹将后,却再次面临命运大迷宫的考验,这是魔王lemon设下的又一个 ...
- PHP - 接口 - 多接口
/* * 使用多接口 */ //定义接口1 interface IPerosn_one{ public function eat(); } //定义接口2 interface IPerson_two{ ...
- 关于如何实现程序一天只启动一次的想法(C++实现)
问题描述: 我们在程序开发当中,经常会遇到某些子程序需要实现一天只启动一次的功能,该功能实现的方法有很多种,其原理都是通过记录标记为来实现的.本次要分享的也是利用程序标记为来实现的,而且只需要使用一个 ...
- Delphi XE7下如何创建一个Android模拟器调试
利用Delphi XE7我们可以进行多种设备程序的开发,尤其是移动开发应用程序得到不断地加强.在实际的Android移动程序开发中,如果我们直接用android真机直接调试是非常不错.一是速度快,二是 ...
- Hadoop学习之HBase
1. HBase有哪些基本的特征? 2. HBase相对于关系数据库能解决的问题是什么? 3. HBase的数据模型是什么?如何表述?有哪些操作形式? 4. HBase的模式Schema设计的一些概念 ...
- poj3617Best Cow Line
题意大概是这样,给你一个字符串,你能够进行的操作是这种, 每次拿走这个串的第一个字母,或者最后一个字母,然后放到 一个新串的末尾(当然啦,新串一開始是为空的),当把旧串 里的全部字母拿掉,这个时候就形 ...
- cocos2d-x游戏开发(十五)游戏加载动画loading界面
个人原创,欢迎转载:http://blog.csdn.net/dawn_moon/article/details/11478885 这个资源加载的loading界面demo是在玩客网做逆转三国的时候随 ...