RNAcentral 数据库简介

RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库。

网址如下：

http://rnacentral.org/

RNAcentral 整合了包括 Ensembl， GENCODE，Greengenes， HGNC， LNCipedia， lncRNAdb， miRbase， NONCODE，RDP， RefSeq， Rfam， SILVA 在内的多个数据库，完整的数据库列表见如下链接：http://rnacentral.org/expert-databases。对于每一条非编码RNA的序列，RNAcentral 会给每一条RNA 序列1个唯一的编号Unique RNA Sequence identifier，前缀为URS ，后面是10个数字和字母的组合，比如URS0000000001, URS00000478B7； URS 编号符合 /URS[0-9A-F]{10}/ 正则表达式。

这个数据库每3个月更新1次，目前的最新版本为V8

RNAcentral 提供了3种检索方式：

1) 通过 text search 这种检索方式，我们可以选择下列 几种过滤方式，对数据进行筛选，

筛选好之后，可以点击右上角进行下载：

2) 通过 sequence search 检索方式，我们可以对一条序列进行注释，

输入一条fasta 序列，RANcentral 会使用 nhmmer 进行比对，将比对上的数据库中的序列输出，这样我们就可以对序列进行注释了，判断它是哪种非编码RNA;

3)  Genome broswer 提供了基因组浏览器，可以选择物种，染色体位置，查看某一段区间上的基因和序列分布

该网站的序列是可以免费下载的，提供了FTP 下载和RESTful API, 方便写代码抓取网站的数据。