hmmer 使用(转载)
hmmer 使用
从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及,这里是一篇入门级的介绍文章。
hmmer下载与安装
对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装:
% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz
% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz
% cd hmmer-3.0
% ./configure
% make
% make check
windows系统,直接下载二进制压缩包,解压就可以使用,下载地址:
http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip
hmmer包含的程序
- phmmer: 与Blastp类似,使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库;
> phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa - jackhmmer: 与psiBlast类似,蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库;
> jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa - hmmbuild: 用多重比对序列构建HMM模型;
- hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库;
- hmmscan: 使用序列搜索HMM库;
- hmmalign: 使用HMM为线索,构建多重比对序列;
> hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa - hmmconvert: 转换HMM格式
- hmmemit: 从HMM模型中,得到一个模式序列;
- hmmfetch: 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型;
- hmmpress:格式化HMM数据库,以便于hmmscan搜索使用;
- hmmstat: 显示HMM数据库的统计信息;
使用HMM模型搜索序列数据库
- 使用hmmbuild构建HMM模型,输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件(如:tutorial/globins4.sto),命令如下:
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm为输出的HMM模型 - 使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库,蛋白质序列数据库为FASTA格式,命令如下:
> hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
globins4.out为输出的结果文件,如下:
*示例使用官方教程中的示例
使用蛋白质序列搜索HMM数据库
- 构建HMM数据库,HMM数据库是包含多个HMM模型的文件,可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载,也可以自己由多重比对序列集中构建,如:
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
> hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
> hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto
> cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam - 使用hmmpress格式化数据库,包括压缩以及创建索引,命令如下:
> hmmpress minifam
这个步骤可以很快的执行完成,输出的内容如下:
Working… done.
Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
Models pressed into binary file: minifam.h3m
SSI index for binary model file: minifam.h3i
Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p - 使用hmmscan搜索HMM数据库,命令如下:
> hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
输出如下:
后记
这里主要是一个入门式的教程,介绍了hmmer的安装,以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用,以及每个程序的详细参数说明,请参看官方手册,
官方文档手册(pdf):ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf
使用中,遇到的问题,或者疑难,可以留言讨论。
hmmer 使用(转载)的更多相关文章
- HMMPfam的安装使用手记(转载)
转载至:http://blog.sina.com.cn/s/blog_3f6403290100rb61.html(感谢原文作者) HMMPfam的安装使用手记前言 简要介绍一下 HMMPfam吧.这还 ...
- 【转载】]基于RedHatEnterpriseLinux V7(RHEL7)下SPEC CPU 2006环境搭建以及测试流程 介绍、安装准备、安装、config文件以及运行脚本介绍
https://www.codetd.com/article/1137423 <版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载> 本次利用SPECCPU2006测试工具来进行Intel ...
- 【转载】基于RedHatEnterpriseLinux V7(RHEL7)下SPEC CPU 2006环境搭建以及测试流程(之一)——介绍、安装准备、安装、config文件以及运行脚本介绍
基于RedHatEnterpriseLinux V7(RHEL7)下SPEC CPU 2006环境搭建以及测试流程(之一)--介绍.安装准备.安装.config文件以及运行脚本介绍 其他 2018-0 ...
- Crystal Clear Applied: The Seven Properties of Running an Agile Project (转载)
作者Alistair Cockburn, Crystal Clear的7个成功要素,写得挺好. 敏捷方法的关注点,大家可以参考,太激动所以转载了. 原文:http://www.informit.com ...
- RTP与RTCP协议介绍(转载)
RTSP发起/终结流媒体.RTP传输流媒体数据 .RTCP对RTP进行控制,同步.RTP中没有连接的概念,本身并不能为按序传输数据包提供可靠的保证,也不提供流量控制和拥塞控制,这些都由RTCP来负责完 ...
- 《Walking the callstack(转载)》
本文转载自:https://www.codeproject.com/articles/11132/walking-the-callstack Download demo project with so ...
- [转载]MVVM模式原理分析及实践
没有找到很好的MVVM模式介绍文章,简单找了一篇,分享一下.MVVM实现了UI\UE设计师(Expression Blend 4设计界面)和软件工程师的合理分工,在SilverLight.WPF.Wi ...
- [转载]:STM32为什么必须先配置时钟再配置GPIO
转载来源 :http://blog.csdn.net/fushiqianxun/article/details/7926442 [原创]:我来添两句,就是很多同学(包括我)之前搞低端单片机,到了stm ...
- [转载]从MyEclipse到IntelliJ IDEA-让你摆脱鼠标,全键盘操作
从MyEclipse转战到IntelliJ IDEA的经历 注转载址:http://blog.csdn.net/luoweifu/article/details/13985835 我一个朋友写了一篇“ ...
随机推荐
- IBM Tivoli NetView网管软件实战
广大网络管理者需要一款包括网络监控故障处理的一个集成网络管理平台,本文根据作者多年实践提出的基于IBM Tivoli Netview的综合网络管理平台,IBM Tivoli与Cisco一直保持着良好的 ...
- MFC中release版本和debug版本区别
最近MFC写了个程序,生成release版,原来正常,后来删掉了些控件再编译运行,结果竟然报内存读写错误,debug却是正常的.后来将“Project Settings” 中 “C++/C ...
- python3.5在print和input上的几个变化
1. 在python3.5中使用print,打印内容必须用括号()括起来.python2.7中可以不用括号,如果你加了括号,代码在python2.7中也是可以正常运行的. python3.5 exam ...
- php 导出csv
public function doworks(){ //输出Excel文件头,可把user.csv换成你要的文件名 header('Content-Type: appli ...
- 文件服务器迁移—FSMT
www.canway.net/Lists/CanwayOriginalArticels/DispForm.aspx?ID=282
- iOS播放动态GIF图片
<转> 图片分为静态和动态两种,图片的格式有很多种,在开发中比较常见的是.png和.jpg的静态图片,但有的时候在App中需要播放动态图片,比如.gif格式的小表情头像,在IOS中并没有提 ...
- Linux中与环境变量相关的函数
1.在终端可以通过env.set命令查看当前的环境变量 2.通过main函数中的第三个参数可以得到当前进程的环境变量列表 int main(int argc , char *argv[] , char ...
- pm2 开机自启动如何弄?
1.使用pm2启动node :# pm2 start /home/wwwroot/web.js --watch 2.dump这些进程列表:# pm2 save 3.生成自启动脚本:# pm2 star ...
- [.ashx檔?泛型处理程序?]基础入门#5....ADO.NET 与 将DB里面的二进制图片还原 (范例下载 & 大型控件的ImageField)
[.ashx檔?泛型处理程序?]基础入门#5....ADO.NET 与 将DB里面的二进制图片还原 (范例下载 & 大型控件的ImageField) http://www.dotblogs.c ...
- shell脚本调用spark-sql
为了更方便的查询并产生报表, 需要使用shell脚本调用spark-sql spark/bin/spark-sql --master spark://host:7077 -f ${SQL_FILE} ...