Matlab

Q:workspace没有显示变量的值

A:这是因为子程序里的变量是局部变量，他们的作用域就是子函数内部，会在流程控制回到主调函数前被系统自动释放掉，所以，一旦子程序运行完，你是不可能再查看子程序里的变量的，因为这些变量已经不存在了。如果只是出于调试的目的想查看子程序里的变量，可以在子程序结束前（最后一句）设置 断点，让流程控制暂时停留在子程序里，这样，你是可以在workspace里查看变量的。如果需要在主程序里调用子程序里的变量，可以将这些变量用函数返回值返回给主调程序。如果需要在多个子程序里查看某个子程序的变量，那也可以将该变量定义为全局变量

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for循环的局限性：

　　矩阵的长宽上百上千，我调用了三层循环，运行了半个小时还是算不出来，速度非常慢，代码如下

gTP = zeros(size(drug_protein, ), size(complex_protein, ));  %drug和complex的交集数矩阵
for i = :size(drug_protein, )for j = :size(complex_protein, )for z = :size(index_of_drug)
            if drug_protein(i, index_of_drug(z)) ==  && complex_protein(j, index_of_protein_to_drug(z)) ==
                gTP(i,j) = gTP(i,j) + ;
            end;
        end;
    end;
end;

　　利用matlab处理向量的速度快得多的特性，修改了代码

list_of_drug = drug_protein(:, index_of_drug);  %只选取含共有蛋白质的部分矩阵，这一步关键
list_of_complex = complex_protein(:, index_of_protein_to_drug);
gTP = zeros(size(list_of_drug, ), size(list_of_complex, ));
for i = :size(list_of_drug, )
    for j = :size(list_of_complex, )
        list_var = list_of_drug(i,:) + list_of_complex(j,:);
        gTP(i, j) = sum(list_var(:) == );  %即只有两个值都为1时才统计
    end
end

　　几分钟就能得到结果，速度提高了许多。

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　　n维向量到一维向量 subscripts (r,c)->mat(idx)

idx = r + (c-1)*size(M,1)

A矩阵的一维索引B转化为二维索引
[m,n]=ind2sub(size(A),B)

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　　将excel中的关系型数据转换为邻接矩阵

[data,text] = xlsread('old_db.xls');
chemical = unique(text(:,));
disease = unique(text(:,));
chemical_disease_interaction_matrix = zeros(size(chemical,),size(disease,));

for i=:size(chemical,)
    for j=:size(disease,)
        if(intersect(strmatch(chemical(i),text(:,)), strmatch(disease(j),text(:,))))
            chemical_disease_interaction_matrix(i,j) = ;
        end
    end
end