primer漏配问题解决
在对之前的ITS数据(454数据)做split时,发现有一些reads没有被匹配上,但是barcode能够完全匹配,虽然之后的primer在中间漏了一个碱基,导致后面的碱基全部误匹配,从而导致这条reads没有被匹配上的问题。
终于解决Qiime的问题后,使用 split_libraries.py 做切分,发现同样有这样的问题,Qiime并没有解决漏匹配的问题。
考虑如果用正常方法去做的话,对较小的异常数据需要花费N倍于正常数据的计算资源(包括硬件资源和运行时间),对于这个问题来说是非常不明智的。
由于primer长度在20左右,我的解决办法是,取末端6个碱基,在reads的这6个碱基相应位置左移1-2位,作为漏匹配1-2位的替代处理,这样既解决了漏匹配的问题,而且还能够使原正常的数据匹配速度进一步加快。
#!/usr/bin/perl
use strict; my $usage = "usage:\nsplit.pl\tmapfile\t.fa_file\toutprefix\n";
die $usage unless @ARGV==; my $mapfile = shift @ARGV;
my $fafile = shift @ARGV;
my $outprefix = shift @ARGV; my %barcode;my $barcode_length = ;
my %primer;my $primer_length = ;
open MAP,$mapfile or die $!;
while(<MAP>){
chomp;
next if /^#/;
my @a = split /\s+/;
$barcode{$a[]} = $a[];
$barcode_length = length($a[]) unless $barcode_length;
die "barcode length do not match!" unless ($barcode_length == length($a[]));
$primer{$a[]} = $a[];
$primer_length = length($a[]) unless $primer_length;
die "primer length do not match!" unless ($primer_length == length($a[])); print "$barcode_length\t$primer_length\n";
}
close MAP; my %fa;
open FA,$fafile or die $!;
$/ = ">";
<FA>;
while(<FA>){
chomp;
my @a = split /\n/;
my $id = shift @a;
my $seq = join ("",@a);
@a = split (/\s+/,$id);
$id = shift @a;
$fa{$id} = $seq;
}
$/ = "\n";
close FA; open OUT,">$outprefix.fna" or die $!;
foreach my $id (sort keys %fa){
foreach my $sample (sort keys %barcode){
my $seq = substr($fa{$id},,$barcode_length);# print "$seq\n";
if ($barcode{$sample} eq $seq){
# print "barcode matched\n";
my $pri0 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
my $pri1 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
my $pri2 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
my $pri = substr($primer{$sample},$primer_length-,);
if ($pri0 eq $pri){
my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length);
print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
last;
}
if($pri1 eq $pri){ my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+);
print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
last;
}
if($pri2 eq $pri){
my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+);
print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
last;
}
}
}
}
close OUT;
primer漏配问题解决的更多相关文章
- 454ITS数据按barcode和primer分类程序v1.0
不知道有什么好办法可以让primer允许漏配,现在仅仅是允许错配,还是有一些没有配上,454数据有些primer漏配了一些,下一步解决这个问题 #include <cstdio> #inc ...
- Batsing的网页编程规范(HTML/CSS/JS/PHP)
特别注意!!!我这里的前端编程规范不苟同于Bootstrap的前端规范. 因为我和它的目的不同,Bootstrap规范是极简主义,甚至有些没有考虑到兼容性的问题. 我的规范是自己从编程实践中总结出来的 ...
- CCIE-交换路由复习笔记
交换 考点: 1.trunk link(基础) 2.vtp 3.vlan 4.stp rstp mstp 5.hsrp vrrp glbp 6.ec Trunk link: 修改封装模式 802.1q ...
- 网络基础Cisco路由交换四
NAT及静态转换 概述(NAT:网络地址转化) 作用: 通过将内部网络的私有ip地址翻译成全球唯一的公网ip地址, 使内部网络可以连接到互联网等外部网络上. NATA的特性 优点: 节省公有合法ip地 ...
- 【原创】微服务为什么一定要用docker
引言 早在2013年的时候,docker就已经发行,然而那会还是很少人了解docker.一直到2014年,Martin Fowler提出了微服务的概念,两个不相干的技术终于走在了一起,创造了今天的辉煌 ...
- Unity项目中的资源管理
这是我在2017金山技术开放日分享的部分内容.从贴图资源格式配置的介绍开始,引申出资源配置工具,最后再谈谈一整套项目资源管理方案.在GitHub上可以获取到资源配置工具的代码,是基于下面理念的一份简单 ...
- CDR话单主要字段介绍
l Time of call connection RRC连接时的时间,格式:yyyy年mm月dd日hh时mm分ss秒 l Call Setup Time per sections 呼叫建立时长 ...
- 指针-AC自动机
大家都不喜欢指针,但是这个AC自动机仿佛不用不行…… 先引用我最喜欢的话:“AC自动机,不是自动AC的机器.” 如果写不好还可能一直WA AC自动机是KMP与Trie树的完美结合,适用于多字符串匹配, ...
- 单点登录之 CAS SSO 从入门到精通(第一天)
转自:http://blog.csdn.net/lifetragedy/article/details/43817903 啊......it's quite a long time. 好久没更新博客了 ...
随机推荐
- 整理下git常用命令
Git工作示意图 一.新建代码库 ::在当前目录新建一个Git代码库git init::新建一个目录,将其初始化为Git代码库git init [project-name]::下载一个项目和它的整个代 ...
- MongoDb安装--yum安装
本帖最后由 草包 于 2017-5-2 09:57 编辑 [Shell] 纯文本查看 复制代码 ? 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 ...
- 深港澳大湾区第三次.NET技术交流会圆满成功
2017年12月10日,一场以云.devops.微服务.容器是现在这个发展阶段的软件形态, 本次活动我们围绕这些话题介绍.NET生态下的发展本地社区活动,这次活动还得到如鹏网杨中科老师的大力支持开通网 ...
- UWP 判断Windows10系统版本
, ); , ); , ); , ); if(VersionsHelper.Windows10Build15063) { }
- Activit各个网关使用简单介绍
一.排他网关 Exclusive Gateway 排他网关又叫互斥网关,条件计算为true的顺序流会被选择继续流程,有且只有一条出口,如果出现多个条件为true,则会默认选择第一条true来执行,如果 ...
- python爬虫(五)_urllib2:Get请求和Post请求
本篇将介绍urllib2的Get和Post方法,更多内容请参考:python学习指南 urllib2默认只支持HTTP/HTTPS的GET和POST方法 urllib.urlencode() urll ...
- ps的快捷键
最近学习了一些ps切图,总结一些快捷键,以免自己忘记,总结的不好,也可能不全,忘大牛指点,试着坚持总结 1.工具箱 (多种工具共用一个快捷键的可同时按[Shift]加此快捷键选取) 矩形.椭圆选框工具 ...
- Chromium与CEF的多进程模型及相关參数
CEF基于Chromium,也是多进程模型.关于进程模型.參考这里:https://www.chromium.org/developers/design-documents/process-model ...
- Android之本地相冊图片选取和拍照以及图片剪辑
转载请注明出处:http://blog.csdn.net/loveyaozu/article/details/51160482 相信有非常多Android开发者在日常开发中,因为项目需求,须要我们的A ...
- 让Android Support V4中的SwipeRefreshLayout支持上拉载入很多其它
前言 原来的Android SDK中并没有下拉刷新组件,可是这个组件确实绝大多数APP必备的一个部件.好在google在v4包中出了一个SwipeRefreshLayout.可是这个组件仅仅支持下拉刷 ...