primer漏配问题解决

在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。

终于解决Qiime的问题后，使用 split_libraries.py 做切分，发现同样有这样的问题，Qiime并没有解决漏匹配的问题。

考虑如果用正常方法去做的话，对较小的异常数据需要花费N倍于正常数据的计算资源(包括硬件资源和运行时间)，对于这个问题来说是非常不明智的。

由于primer长度在20左右，我的解决办法是，取末端6个碱基，在reads的这6个碱基相应位置左移1-2位，作为漏匹配1-2位的替代处理，这样既解决了漏匹配的问题，而且还能够使原正常的数据匹配速度进一步加快。

 #!/usr/bin/perl
 use strict;

 my $usage = "usage:\nsplit.pl\tmapfile\t.fa_file\toutprefix\n";
 die $usage unless @ARGV==;

 my $mapfile = shift @ARGV;
 my $fafile = shift @ARGV;
 my $outprefix = shift @ARGV;

 my %barcode;my $barcode_length = ;
 my %primer;my $primer_length = ;
 open MAP,$mapfile or die $!;
 while(<MAP>){
     chomp;
     next if /^#/;
     my @a = split /\s+/;
     $barcode{$a[]} = $a[];
     $barcode_length = length($a[]) unless $barcode_length;
     die "barcode length do not match!" unless ($barcode_length == length($a[]));
     $primer{$a[]} = $a[];
     $primer_length = length($a[]) unless $primer_length;
     die "primer length do not match!" unless ($primer_length == length($a[]));

     print "$barcode_length\t$primer_length\n";
 }
 close MAP;

 my %fa;
 open FA,$fafile or die $!;
 $/ = ">";
 <FA>;
 while(<FA>){
     chomp;
     my @a = split /\n/;
     my $id = shift @a;
     my $seq = join ("",@a);
     @a = split (/\s+/,$id);
     $id = shift @a;
     $fa{$id} = $seq;
 }
 $/ = "\n";
 close FA;

 open OUT,">$outprefix.fna" or die $!;
 foreach my $id (sort keys %fa){
     foreach my $sample (sort keys %barcode){
         my $seq = substr($fa{$id},,$barcode_length);# print "$seq\n";
         if ($barcode{$sample} eq $seq){
     #        print "barcode matched\n";
             my $pri0 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
             my $pri1 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
             my $pri2 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,);
             my $pri = substr($primer{$sample},$primer_length-,);
             if ($pri0 eq $pri){
                 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length);
                 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
                 last;
             }
             if($pri1 eq $pri){

                 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+);
                 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
                 last;
             }
             if($pri2 eq $pri){
                 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+);
                 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";
                 last;
             }
         }
     }
 }
 close OUT;