1、安装包

pip install bcbio-gff pprint

2、显示中蜂的序列

from Bio import SeqIO
genome_name = 'GCF_001442555.1_ACSNU-2.0_genomic.fna'
recs = SeqIO.parse(genome_name, 'fasta')
for rec in recs:
    print(rec.description)

biopython处理中蜂基因组的更多相关文章

  1. antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

    2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用2 ...

  2. 【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录

    目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有pytho ...

  3. 【GS文献】植物育种中基因组选择的方法、模型及展望

    目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Met ...

  4. 【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路

    概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作 ...

  5. quast-lg

    1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5. ...

  6. HapMap

    HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家 ...

  7. blast 数据库说明

    Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...

  8. (转)HapMap简介

    1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplo ...

  9. Resolving multicopy duplications de novo using polyploid phasing 用多倍体相位法解决多拷贝复制的新问题

    抽象.虽然单分子测序系统的兴起已经实现组装复杂地区的能力空前提高在基因组中,基因组中的长节段重复仍然是装配中具有挑战性的前沿. 分段重复同时具有丰富的基因并且倾向于大的结构重排,使得它们的序列的分辨率 ...

随机推荐

  1. C# 位运算基本大全

    1.原码 反码 补码 只用补码进行计算,且没有减法.只有用补码进行加法运算,具体原因,详见:http://www.cnblogs.com/zhangziqiu/archive/2011/03/30/C ...

  2. 小玩意儿之Gitlab 代码提交日志同步到禅道项目管理系统

    以前都是使用禅道官方推荐的服务器本地扫描的方式,但其实不太方便,需要跟着项目的变化,不断的在配置文件维护项目相应仓库的配置. 然后现在Web Hooks越来越普遍的情况下,想尝试一种新的方式.看了禅道 ...

  3. 【Java并发专题之三】Java线程互斥、协作原理

    (I)Java线程互斥原理之synchronized原理 从JDK5引入CAS原子操作,但没有对synchronized关键字做优化,而是增加了J.U.C.concurrent,concurrent包 ...

  4. 七、Spring之深入理解AOP源码

    Spring之深入理解AOP源码 ​ 在上一篇博文中,我们对AOP有了初步的了解,那么接下来我们就对AOP的实现原理进行深入的分析. ​ 在之前写的那个AOP示例代码当中有这样一个注解:@Enable ...

  5. 奥展项目笔记05--域名、端口、Nginx相关知识笔记

    1.我国的电信运营商是默认封闭80端口的. 中国电信屏蔽ADSL用户80端口 只是做应用服务器的话你可以使用别的端口. 80端口电脑上同时有各种各样的程序在运行,他们都需要借助网络来进行通信.例如,你 ...

  6. ASP.NET MVC EF 连接数据库(三)-----Code First

    Code first (VS2015 ,Sql Server2014) 新建MVC项目 实例: 在数据库中会有个新建的数据库和表 源码地址:https://note.youdao.com/ynotes ...

  7. C#下的时间测试(用于计算方法执行时间)

    public class Timing { private TimeSpan m_StartTime; private TimeSpan duringTime; public Timing() //构 ...

  8. Python基础17

    写出来的代码,若有部分不想运行,可注释掉. 看跑出来的结果,再加进来调试.

  9. ASP.NET Core系列:JWT身份认证

    1. JWT概述 JSON Web Token(JWT)是目前流行的跨域身份验证解决方案. JWT的官网地址:https://jwt.io JWT的实现方式是将用户信息存储在客户端,服务端不进行保存. ...

  10. asp.net core 系列 2 启动类 Startup.CS

    学无止境,精益求精 十年河东,十年河西,莫欺少年穷 学历代表你的过去,能力代表你的现在,学习代表你的将来 在探讨Startup启动类之前,我们先来了解下Asp.NET CORE 配置应用程序的执行顺序 ...