1、安装包

pip install bcbio-gff pprint

2、显示中蜂的序列

from Bio import SeqIO
genome_name = 'GCF_001442555.1_ACSNU-2.0_genomic.fna'
recs = SeqIO.parse(genome_name, 'fasta')
for rec in recs:
    print(rec.description)

biopython处理中蜂基因组的更多相关文章

  1. antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

    2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用2 ...

  2. 【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录

    目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有pytho ...

  3. 【GS文献】植物育种中基因组选择的方法、模型及展望

    目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Met ...

  4. 【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路

    概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作 ...

  5. quast-lg

    1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5. ...

  6. HapMap

    HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家 ...

  7. blast 数据库说明

    Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...

  8. (转)HapMap简介

    1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplo ...

  9. Resolving multicopy duplications de novo using polyploid phasing 用多倍体相位法解决多拷贝复制的新问题

    抽象.虽然单分子测序系统的兴起已经实现组装复杂地区的能力空前提高在基因组中,基因组中的长节段重复仍然是装配中具有挑战性的前沿. 分段重复同时具有丰富的基因并且倾向于大的结构重排,使得它们的序列的分辨率 ...

随机推荐

  1. QSS QPushButton:hover :pressed ...为状态下变更字体颜色(color)无效,变成字体粗细(font-weight)有效???

    //字体颜色变更无效 QPushButton:hover{ font-weight:bold; color:rgba(, , , ); } //字体颜色变更有效 QPushButton#pushBut ...

  2. vue v-html 富文本解析 空格,换行,图片大小问题

    1.保留空格,换行属性 //保留换行空格问题 white-space: pre-wrap; 2.超出部分,强制换行,一般用于数字 //富文本换行 word-wrap: break-word; tabl ...

  3. python中pkl用法

    原文连接:https://www.jianshu.com/p/2ecadebe6d13 python中pkl用法 经常遇到在Python程序运行得到了一些字符串.列表.字典等数据,想要长久的保存下来, ...

  4. 解决 “version `GLIBCXX_3.4.21' not found ”问题

    https://blog.csdn.net/Heldrecom/article/details/85040411

  5. Vue.js安装及环境搭建

    Vue.js环境搭建-Windows版 步骤一:安装node.js 在搭建vue的开发环境之前,需要先下载node.js,vue的运行是要依赖于node的npm的管理工具来实现,node可以在官网或者 ...

  6. 一个简单的 WPF 程序,用于显示实时时间

    直接贴代码了: TimeShowerWindow.xaml <Window x:Class="HelloWorld.TimeShowerWindow" xmlns=" ...

  7. 【UOJ#76】【UR #6】懒癌(动态规划)

    [UOJ#76][UR #6]懒癌(动态规划) 题面 UOJ 题解 神....神仙题. 先考虑如果是完全图怎么做... 因为是完全图,所以是对称的,所以我们只考虑一个有懒癌的人的心路历程. 如果只有一 ...

  8. How-important-is-deep-learning-in-autonomous-driving

    Deep learning (DL) is a very interesting technology indeed and yes it does solve perception really w ...

  9. mysql 开启慢查询及其用mysqldumpslow做日志分析

    mysql慢查询日志是mysql提供的一种日志记录,它是用来记录在mysql中相应时间超过阈值的语句,就是指运行时间超过long_query_time值的sql,会被记录在慢查询日志中.long_qu ...

  10. Docker安装redis的使用

    1.Docker安装redis的使用. docker search redis检索redis的服务.先检索再拉取. 2.这里我们拉取官方的镜像,标签为5.0.5.[root@slaver4 ~]# d ...