1、安装包

pip install bcbio-gff pprint

2、显示中蜂的序列

from Bio import SeqIO
genome_name = 'GCF_001442555.1_ACSNU-2.0_genomic.fna'
recs = SeqIO.parse(genome_name, 'fasta')
for rec in recs:
    print(rec.description)

biopython处理中蜂基因组的更多相关文章

  1. antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

    2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用2 ...

  2. 【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录

    目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有pytho ...

  3. 【GS文献】植物育种中基因组选择的方法、模型及展望

    目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Met ...

  4. 【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路

    概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作 ...

  5. quast-lg

    1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5. ...

  6. HapMap

    HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家 ...

  7. blast 数据库说明

    Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...

  8. (转)HapMap简介

    1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplo ...

  9. Resolving multicopy duplications de novo using polyploid phasing 用多倍体相位法解决多拷贝复制的新问题

    抽象.虽然单分子测序系统的兴起已经实现组装复杂地区的能力空前提高在基因组中,基因组中的长节段重复仍然是装配中具有挑战性的前沿. 分段重复同时具有丰富的基因并且倾向于大的结构重排,使得它们的序列的分辨率 ...

随机推荐

  1. a 标签 pointer-events

    a 标签渲染到也页面之后,由于某些原因需要,禁用. 有两种方法可以设置禁用效果. 1.使用 CSS 属性 pointer-events ,设置此属性为 none 之后,元素将不会成为鼠标事件的 tar ...

  2. 家用环境下部署wifidog认证服务器(java版)

    本文所讲的是基于一个java版wifidog认证服务器的开源项目,在windows环境下搭建wifidog认证服务器配合apfree固件实现用户名密码的认证. 大致步骤如下: 一,准备 1.搭建硬件及 ...

  3. [NewLife.XCode]角色权限

    NewLife.XCode是一个有10多年历史的开源数据中间件,支持nfx/netcore,由新生命团队(2002~2019)开发完成并维护至今,以下简称XCode. 整个系列教程会大量结合示例代码和 ...

  4. python在字节流中对int24的转换

    python在字节流中对int24的转换 概述 最近在写项目的过程中,需要对从串口中读取的数据进行处理,本来用C写完了,但是却一直拿不到正确的数据包,可能是因为自己太菜了.后来用了python重新写了 ...

  5. 【Zabbix】zabora监控Oracle数据库

    zabora监控Oracle数据库 它作为一个开源项目,通过shell脚本有效的监控Oracle基础指标.本文档旨在通过实战,在Zabbix 3.0版本之下,监控生产环境下的多台Oracle数据库. ...

  6. $.Ajax、$.Get、$.Post代码实例参数解析

    $.ajax 语法: $.ajax({name:value, name:value, ... }) 示例: $.ajax({ url: "/testJson", type: &qu ...

  7. Django学习笔记(16)——扩展Django自带User模型,实现用户注册与登录

    一,项目题目:扩展Django自带User模型,实现用户注册与登录 我们在开发一个网站的时候,无可避免的需要设计实现网站的用户系统.此时我们需要实现包括用户注册,登录,用户认证,注销,修改密码等功能. ...

  8. Django学习笔记(11)——开发图书管理页面

    一,项目题目: 开发图书管理页面 该项目主要练习Django对多个数据库进行增删改查的操作. 二,项目需求: 基础需求:75% 1. 列出图书列表.出版社列表.作者列表 2. 点击作者,会列出其出版的 ...

  9. kali渗透综合靶机(三)--bulldog2靶机

    kali渗透综合靶机(三)--bulldog2靶机 靶机地址:https://download.vulnhub.com/bulldog/Bulldog2.ova 一.主机发现 1.netdiscove ...

  10. 阿里Jvm必问面试题及答案

    什么是Java虚拟机?为什么Java被称作是“平台无关的编程语言”? Java虚拟机是一个可以执行Java字节码的虚拟机进程.Java源文件被编译成能被Java虚拟机执行的字节码文件. Java被设计 ...