samtools 的应用
1)sam转bam
samtools view -bS in.sam > in.bam
-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t
samtools 的应用的更多相关文章
- samtools常用命令详解
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...
- 转:linux下bwa和samtools的安装与使用
bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...
- 安装生物信息学软件-Samtools
装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...
- Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string
一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...
- samtools常用命令详解(转)
转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...
- SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法
参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...
- 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...
- samtools 使用简述
功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...
- SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...
- Samtools在Linux上非root权限的安装
第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...
随机推荐
- bzoj3668 起床困难综合症
Description 21 世纪,许多人得了一种奇怪的病:起床困难综合症,其临床表现为:起床难,起床后精神不佳.作为一名青春阳光好少年,atm 一直坚持与起床困难综合症作斗争.通过研究相关文献,他找 ...
- app定位器带xpath的 uiautomatorviewer
参考文档:http://blog.csdn.net/kaka1121/article/details/53301517 在写脚本的过程中,总是遇到标签没有ID或者name等类似的唯一识别属性,为了能识 ...
- ASP.NET Web Pages:文件
ylbtech-.Net-ASP.NET Web Pages:文件 1.返回顶部 1. ASP.NET Web Pages - 文件 本章介绍有关使用文本文件的知识. 使用文本文件 在前面的章节中,我 ...
- unbound域名解析
安装unbound服务 # yum install unbound -y 开启服务 linux系统如何查看命令属于哪一个安装包 # yum provides */netstat 安装netstat命令 ...
- Dubbo与Zookeeper、Spring整合使用
Dubbo与Zookeeper.Spring整合使用 Dubbo采用全spring配置方式,透明化接入应用,对应用没有任何API侵入,只需用Spring加载Dubbo的配置即可,Dubbo基于Spri ...
- freePBX汉化方法记录——备忘
FreePBX汉化[root@bgcc69:/var/www/html/admin/i18n/zh_CN/LC_MESSAGES]$pwd/var/www/html/admin/i18n/zh_CN/ ...
- 递归神经网络(Recursive Neural Network, RNN)
信息往往还存在着诸如树结构.图结构等更复杂的结构.这就需要用到递归神经网络 (Recursive Neural Network, RNN),巧合的是递归神经网络的缩写和循环神经网络一样,也是RNN,递 ...
- javascript创建对象之稳妥构造函数模式(七)
所谓稳妥对象,指的是没有公共属性,而且其方法也不引用this的对象.稳妥对象最适合在一些安全的环境中(禁止使用this和new)或者在防止数据被其他应用程序改动时. 稳妥构造函数模式有2个特点:1.新 ...
- Hive基础之Hive环境搭建
Hive默认元数据信息存储在Derby里,Derby内置的关系型数据库.单Session的(只支持单客户端连接,两个客户端连接过去会报错): Hive支持将元数据存储在关系型数据库中,比如:Mysql ...
- 学习MongoDB 七: MongoDB索引(索引基本操作)(一)
一.简介 在MongoDB建立索引能提高查询效率,只需要扫描索引只存储的这个集合的一小部分,并只把这小部分加载到内存中,效率大大的提高,如果没有建立索引,在查询时,MongoDB必须执行全表扫描,在数 ...