1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. Spring中IOC与DI的的区别

    依赖注入的前提: 有IOC的环境,也就是将必须对象的创建权交给了Spring. DI 介绍 Dependency Injection 依赖注入.需要有IOC 的环境,Spring 创建这个类的过程中, ...

  2. typedef与前向声明

    a.h: typedef struct my_struct { }my_struct_typedef; b.h: struct my_struct; typedef my_struct my_stru ...

  3. python2.7中出现TypeError: must be type, not classobj

    class Person: def __init__(self,name,age): self._name = name self._age = age class Student(Person): ...

  4. spring boot学习(3) SpringBoot 之MVC 支持

    第一节:@RequestMapping 配置url 映射   第二节:@Controller 处理http 请求 转发到一个页面,以前是转发到jsp页面,现在使用freemarker: 在pom.xm ...

  5. SpringAOP基础 - 静态代理设计模式

    代理模式在实现过程中,要创建一个接口(社交技巧-接口),代理类(经纪人 - 类)和真实类(范冰冰 - 类)同时实现这个接口. 举个例子: 我们想要找范冰冰吃饭,但是呢,她是大明星,不可能轻易见我们,我 ...

  6. 学习笔记之Moq

    dotnet/src/MoqSample at master · haotang923/dotnet · GitHub https://github.com/htanghtang/dotnet/tre ...

  7. MongoDB CPU 利用率高,分析慢请求

    Jemeter 压测过程,发现mongodb的CPU均达到100%,需要查看mongodb的执行情况,使用mongo自带的profiling功能. profiling将请求的执行情况记录在DB下的 s ...

  8. pandas的set_index和reset_index方法

    import pandas as pd data = pd.DataFrame(np.arange(1,10).reshape(3,3),index=["a","b&qu ...

  9. Github提交Spark代码

    记录下提交过程,易忘供查询用.内容源自田总的分享. 1)在github上fork一份最新的master代码 2)用社区代码库创建本地仓库 git clone https://github.com/ap ...

  10. php表达式

    表达式是PHP中一个重要的概念,可以把表达式理解为“任何有值的东西”.在本教程中涉及到表达式的语法,我们以“expr”来表示表达式. 下面就是一个表达式: $x > $y; 在上面的例子中,当$ ...