1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. C# 正则表达式入门

    转自:http://www.cnblogs.com/KissKnife/archive/2008/03/23/1118423.html 另外推荐一篇学正则表达式的文章:http://www.unibe ...

  2. vue 感觉很好的渲染模式

    <ul v-if="todos.length"> <li v-for="todo in todos"> {{ todo }} </ ...

  3. bzoj1050 旅行

    Description 给你一个无向图,N(N<=500)个顶点, M(M<=5000)条边,每条边有一个权值Vi(Vi<30000).给你两个顶点S和T,求一条路径,使得路径上最大 ...

  4. jquery.cookie.js $.cookie()是怎么使用

    jquery.cookie() 方法的使用(读取.写入.删除) <script type="text/javascript" src="js/jquery.cook ...

  5. Air test ios类使用

    1.iOS手机的滑动 相关代码 #python class IOS(Device): ... @property #获取屏幕的尺寸 def display_info(self): if not sel ...

  6. 1109 Group Photo (25 分)

    1109 Group Photo (25 分) Formation is very important when taking a group photo. Given the rules of fo ...

  7. [UE4]UE4中的常见类

    一.Actor:可以放在世界中物体 二.Pawn:可以接受Controller输入的Actor 三.Character:是一个可以行走.跑.跳等行为的Pawn 四.Controller:没有物理表现的 ...

  8. 原创)CentOS6.4下安装xampp(一定要在linux上下载)

    一.xampp下载地址: http://sourceforge.net/projects/xampp/files/XAMPP%20Linux/1.8.3/ 二.我下载的是xampp-linux-x64 ...

  9. Eclipse修改workspace目录的几种方式

    Eclipse是一款很强的Java IDE,我们在开始的时候,往往设定了默认的workspace,当用久在之后,我们可能要去更改一下workspace的位置.下面有几种方法可以更改workspace的 ...

  10. kudu架构(转)

    特点:   High availability(高可用性).Tablet server 和 Master 使用 Raft Consensus Algorithm 来保证节点的高可用,确保只要有一半以上 ...