1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. ALGO-3_蓝桥杯_算法训练_K好数(DP)

    问题描述 如果一个自然数N的K进制表示中任意的相邻的两位都不是相邻的数字,那么我们就说这个数是K好数.求L位K进制数中K好数的数目.例如K = ,L = 2的时候,所有K好数为11...... 共7个 ...

  2. 子网掩码 解释 ---判断各部机器ip 是不是同一个网段

    主要作用是地址判断 编辑 子网掩码是用来判断任意两台计算机的IP地址是否属于同一子网络的根据. 最为简单的理解就是两台计算机各自的  IP地址与子网掩码进行AND运算后,如果得出的结果是相同的,  则 ...

  3. EL中拼接字符串的方法

    近期在项目中碰到一个需要在JSP页面中比较两String类型的值的问题,于是想当然的写了如下代码: <c:if test="${'p'+longValue=='p1'}"&g ...

  4. 6.12-PrepareStatement,JdbcUtil 读取数据库配置文件properties,dao模式

    一.PrepareStatement 防止sql注入 PrepareStatement 是预编译sql语句 更加灵活,更有效率 executeUpdate() 做增删改 executeQuery() ...

  5. Python 实现双向链表(图解)

    原文:https://blog.csdn.net/qq490691606/article/details/49948263 git 路径 https://github.com/wangpanjun/d ...

  6. 序列化 ,hashlib ,configparser ,logging ,collections模块

    # 实例化 归一化 初始化 序列化 # 列表 元组 字符串# 字符串# .......得到一个字符串的结果 过程就叫序列化# 字典 / 列表 / 数字 /对象 -序列化->字符串# 为什么要序列 ...

  7. python写个御剑

    前言: 今天师傅叫我,写个python版的御剑.然后我之前也写过 不过不怎么样,这次有新想法. 思路: 御剑:读取御剑配置文件里的所有路径,加上用户要扫描的url.进行批量检测,如果状态码为200并且 ...

  8. 关于VS+ImageWatch在线调试问题

    1.使用VS肯定离不开在线调试 2.使用Opencv在VS下进行图像处理,那肯定少不了Image Watch 这两个软件在线调试都存在大坑,弄得精疲力尽才找到解决办法!!! 以下问题都可以通过这个设置 ...

  9. 动态html处理和及其图像识别

    爬虫(Spider),反爬虫(Anti-Spider),反反爬虫(Anti-Anti-Spider) 之间恢宏壮阔的斗争... Day 1 小莫想要某站上所有的电影,写了标准的爬虫(基于HttpCli ...

  10. [Dart] Flutter开发中的几个常用函数

    几个Flutter开发中的常用函数 /** 返回当前时间戳 */ static int currentTimeMillis() { return new DateTime.now().millisec ...