1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. android 关于 webview 控制其它view的显示 以及更改view数据失败的问题总结

    总结: 1.webview 无法直接更改view的属性,可以通过 handler实现,因为跨线程 2.webview可以通过js api读取 view的属性值 代码: private Handler ...

  2. 关于buffer,cache,wb,wt,clean,inv,flush,以及其他

    1. 有时候需要区分buffer和cache:buffer解决CPU写的问题,比如将多次写操作buffer起来一次性更新:cache解决CPU读的问题,将数据cache起来在下次读的时候快速取用. 2 ...

  3. Neo4j在Centos7下的安装笔记

    首先,要在官网找到tar的安装包路径,然后使用wget来安装.下载之后解压. 然后运行 bin/neo4j start 就可以启动了. 启动之后防火墙开放7474,发现仍然访问不了. 因为这里和win ...

  4. Oracle学习操作(6)函数与存储过程

    一.oracle自定义函数 1.不带参数的函数: 返回t_book表的总条数: SQL> create function getBookCount return number as begin ...

  5. java实验四——找鞍点

    package hello; public class 实验四 { public static void main(String[] args) { // TODO Auto-generated me ...

  6. 学习笔记之Moq

    dotnet/src/MoqSample at master · haotang923/dotnet · GitHub https://github.com/htanghtang/dotnet/tre ...

  7. 使用shell/bat脚本调试java程序示例

    一.linux下shell启动java #!/bin/sh JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0.x86_64/jre # JVM_OPT ...

  8. VS自动编译脚本

    rem ************************************************rem * Script to compile the solutions of IdealOE ...

  9. 解决php7.1的中遇到的问题

    在php7.1中部署微擎遇到问题 1.mysql_xxx函数不支持,修改install.php为mysqli的写法 2.session读取失败,不是php.ini设置的问题,应该是php7.1的bug ...

  10. hive的安装,一般不容易察觉的hdfs的配置问题导致hive安装的失败

    在安装hive的过程中,一般需要的准备环境就是hadoop集群的正常启动,要装有mysql,zookeeper. 具体怎么安装配置我在这里不多说,安装教程网上有挺多的. 我这里说下我遇到的问题,首先从 ...