1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. select选中事件

    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...

  2. Extjs下拉多选框

    //------录入时间,下拉列表框------ var inputTimeRow = new Ext.data.Record.create([ { name : 'value' },{ name : ...

  3. bzoj 4930: 棋盘

    Description 给定一个n×n的棋盘,棋盘上每个位置要么为空要么为障碍.定义棋盘上两个位置(x,y),(u,v)能互相攻击当前仅 当满足以下两个条件: 1:x=u或y=v 2:对于(x,y)与 ...

  4. Vmware 安装CentOS 6.5

    转自:http://www.centoscn.com/image-text/install/2014/1209/4281.html 其实通过VM安装虚拟机还是蛮简单的,只不过有个别选项可能导致大家安装 ...

  5. IntelliJ IDEA 创建Web项目

    1:创建Project:依次点击File–new Project: 2:选择Empty Project项目,点击Next: 3:输入项目名称,选择项目路径: 4:创建Module:点击Finish,弹 ...

  6. Web API 源码剖析之全局配置

    Web API 源码剖析之全局配置 Web API  均指Asp.net Web API .本节讲述的是基于Web API 系统在寄宿于IIS. 本节主要讲述Web API全局配置.它是如何优雅的实现 ...

  7. ECharts之饼图和柱形图demo

    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...

  8. 用javac编译servlet类出现问题

    本人写了一个关于servlet的webapp,但是在用javac编译的时候,只是单纯的将jsp-api.jar和servlet-api.jar拷贝放在了其目录下面,然后利用命令行 javac XXX. ...

  9. java 调用apache.commons.codec的包简单实现MD5加密

    转自:https://blog.csdn.net/mmd1234520/article/details/70210002/ import java.security.MessageDigest; im ...

  10. eclipse启动tomcat无法访问的解决方法

    转自:https://www.cnblogs.com/longshiyVip/p/4637680.html 问题:: tomcat在eclipse里面能正常启动,但在浏览器中访问http://loca ...