今天在使用muscle 软件进行多序列比对时，发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息

找了很久之后，终于发现了问题

muscle 为了追求速度，对输入序列的个数和长度进行了限制

下面是官方说明文档中的原话：

我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap

经过测试，我发现序列数大于50 的时候，只要长度没有太长，结果也是正常的

所以，muscle 的缺陷就是对于太长的输入序列，没办法正常比对，这个时候推荐使用mafft 这个多序列比对工具

muscle 软件进行多序列比对的更多相关文章

  1. MAFFT 进行多序列比对

    简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw . 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比 ...

  2. 从零开始学生信-orthofinder的安装和使用-基因家族分析

    [环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给o ...

  3. 抗性基因数据库CARD介绍

    随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生.而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要.目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机 ...

  4. Python模块：Random（未完待续）

    本文基于Python 3.6.5的官文random编写. random模块简介 random为各种数学分布算法(distributions)实现了伪随机数生成器. 对于整数,是从一个范围中均匀选择(u ...

  5. DC-9 靶机渗透测试

    DC-9 渗透测试 冲冲冲,好好学习 DC系列的9个靶机做完了,对渗透流程基本掌握,但是实战中出现的情况千千万万,需要用到的知识面太广了,学不可以已. 靶机IP: 172.66.66.139 kali ...

  6. python模块 | 随机数模块—random模块

    python随机数模块 random - 生成伪随机数,该模块实现了各种分布的伪随机数生成器. 对于整数,从范围中有统一的选择. 对于序列,存在随机元素的统一选择.用于生成列表的随机排列的函数.以及用 ...

  7. interproscan 软件对序列进行GO 注释

    interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯 ...

  8. MSA:多重比对序列的格式及其应用

    多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比 ...

  9. 软件工程里的UML序列图的概念和总结

    俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习! 软件工程的一般开发过程:愿景分析.业务建模,需求分析,健壮性设计,关键设计,最终设计,实现…… 时序图也叫序列图(交互图),属于软件 ...

随机推荐

  1. Java的数组和list升序，降序，逆序函数Collections.sort和Arrays.sort的使用

    list升序,降序,逆序List<Integer>list =new ArrayList<Integer>();//如果list是 5 7 2 6 8 1 41.升序:Coll ...

  2. visio直线交叉相交跨线修改

    在使用visio画流程图时,经常会遇到两条直线相交.下面讲如何修改使得相交点变成我们想要的方式. 可以设置如下: (1)  全局直线相交,设置跨线标志. (2)  对每条线进行相交跨线设置. (一) ...

  3. java多线程16：join()的使用

    讲解join()方法之前请确保对于即wait()/notify()/notifyAll()机制已熟练掌握.可以参考前面的笔记 join()方法的作用是等待线程销毁.join()方法反应的是一个很现实的 ...

  4. SQL Server 数据库自建表

    sysobjects是系统自建的表,里面存储了在数据库内创建的每个对象(约束.默认值.日志.规则.存储过程等). 列名 数据类型 描述 name sysname 对象名 id int 对象标识号 xt ...

  5. SVD分解及线性最小二乘问题

    这部分矩阵运算的知识是三维重建的数据基础. 矩阵分解 求解线性方程组:,其解可以表示为. 为了提高运算速度,节约存储空间,通常会采用矩阵分解的方案,常见的矩阵分解有LU分解.QR分解.Cholesky ...

  6. js生成验证码并且验证

    <html> <head> <title>验证码</title> <style type="text/css"> #co ...

  7. python parse xml using DOM

    demo: import xml.dom.minidom dom=xml.dom.minidom.parse('sample.xml')root = dom.documentElementcc=dom ...

  8. [转]Extjs中的迭代方法

    原文地址:http://www.veryhuo.com/a/view/36701.html EXTJS 有很多的迭代方法,例如,你也许已知道的Ext.each,但还有另外一些不为人知且很有用的方法.首 ...

  9. spark streaming从指定offset处消费Kafka数据

    spark streaming从指定offset处消费Kafka数据 -- : 770人阅读 评论() 收藏 举报 分类: spark() 原文地址:http://blog.csdn.net/high ...

  10. mysql中文进行全文索引支持问题

    先来看看对一个字段做全文索引,作为一个数据库系统需要做哪些工作? 假设一个文章表里面包含几个字段:文章id.文章作者.文章标题.文章内容 比如,我们对文章内容这个字段artilce_content建立 ...