今天在使用muscle 软件进行多序列比对时，发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息

找了很久之后，终于发现了问题

muscle 为了追求速度，对输入序列的个数和长度进行了限制

下面是官方说明文档中的原话：

我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap

经过测试，我发现序列数大于50 的时候，只要长度没有太长，结果也是正常的

所以，muscle 的缺陷就是对于太长的输入序列，没办法正常比对，这个时候推荐使用mafft 这个多序列比对工具

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