fMRI数据分析学习笔记——常用工具

背景

在学习fMRI数据处理的过程中，通过其他的资料看到了别人推荐的有用的fMRI数据处理软件和小插件，在此记录一下，以便后期慢慢学习使用。

1、NeuroImaging Analysis Kit (NIAK)

fMRI数据预处理及质量控制pipeline。

2、FieldTrip

处理EEG、MEG数据的非GUI工具，实现一些高级功能如coherence analysis。

3、GLM Flex

做二次统计用，除了SPM包括的那些，还允许更多功能如三因素分析和缺失数据兼容。

4、Medical Image Processing, Analysis, and Visualization (MIPAV)

实现各种模态医学图像的读取、分析、可视化，做出非常漂亮的图（如三视图）。

5、mni2orFROMxyz

实现xyz和ijk坐标之间的互转。

6、Connectome Viewer

实现脑网络分析画图，功能据说笔BrainNet Viewer强大。

7、BrainNet Viewer

实现脑网络分析结果图绘制。

8、Cluster_ROI

根据fMRI数据进行constrained normalized cut clustering，分不同的ROI，有分好的模板。

9、slice_overlay[链接1][链接2]

使用简单指令，利用SPM进行马赛克图制作，功能多；可叠加各种overlay换各种颜色。

10、tsdiffana

可以对功能像数据进行时间序列检查。

11、ExploreDTI

可以做格式转换、数据质量评估、ROI、tractography等。

12、Spectrum, histogram, intensity normalization and equalization tool (SHINE，pdf)

做图像相关实验时，调整图像灰度对比度。

13、GingerALE2.0

Meta-analysis软件，可以在Tal或者MNI坐标下进行分析。

14、GIPC

一种数据驱动的方法，可找出group内大家活动一直的voxel，也可以组间比较。

15、fMRI Simulation Toolbox (SimTB)

可以模拟task fMRI数据。

16、WaveIDioT toolbox

可以对fMRI数据进行3D平滑，可以避免平滑造成的局部信息严重丢失的情况。