windows下安装Python-Whl文件

原文链接：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1181151&do=blog&id=865515

Note1. 整个安装过程主要参考下述网页：http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

Note2. 需要首先安装Python2.7和vcpython2.7(即Microsoft VC++ Compiler for Python, 浏览器中打开http://aka.ms/vcpython27下载安装), 然后在Python2.7的环境下安装Pip, numpy, setuptools等模块，最后从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol页面下载PyMOL的安装文件whl，利用pip进行安装。

详细步骤如下（Suppose vcpython27已安装）：

1. 安装Python2.7 官方下载地址：
https://www.python.org/download/releases/2.7.5/ 我安装在C盘根目录下，生成安装目录为C:\Python27

2. 从 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pip 下载pip安装文件pip‑6.0.7‑py2.py3‑none‑any.whl，放在Python根目录中。打开cmd窗口，执行

python.exe pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl/pip install pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl

安装pip到C:\Python27\Scripts

3. 命令行一次执行

#安装SetupTools
pip search setuptools
pip install setuptools

#安装Matplotlib
pip search matplotlib
pip install matplotlib

或者在下载的文件夹里面：

执行 pip install  matplotlib-1.4.3-cp27-none-win_amd64.whl

安装预先下载的whl包

对于出现的 error: Microsoft Visual C++ 9.0 is required (Unable to find vcvarsall.bat). Get it from http://aka.ms/vcpython27

参考：windows下使用pip安装包的时候需要机器装有vs2008，VS2012还不行，如果不想装VS2008的话，可以安装一个Micorsoft Visual C++ Compiler for Python 2.7的包

4.运行....................

3. 命令行进入C:\Python27\Scripts目录，依次执行

pip install pmw

pip install numpy

pip install setuptools

安装pmw，numpy和setuptools模块。

4. 从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol下载相应的Pymol安装文件，放入C:\Python27\Scripts目录。因为是64位windows和python27，所以下载的是pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl和pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl。

5. cmd窗口执行

pip install pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol，安装时间比较长，安装完之后在scripts文件夹下生成pymol.cmd文件，双击运行即可打开pymol运行窗口。

执行

pip install pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol launcher，安装时间很短，安装完后在Python27目录下生成PyMOL.exe文件，双击打开PyMOL的运行主窗口。

6. 双击scripts文件夹下的pymol.cmd即可打开pymol运行窗口。

另外，锦上添花的步骤（在运行PyMOL时安装/加载plugins）：

7. 从https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/zipball/master下载Pymol-script-repo（zip file）

8. 解压到: C:\Python27\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\Pymol-script-repo 确认文件名和路径完全正确。

9. 打开记事本程序把下面的代码粘贴进去：

# Add paths to sys.path so PyMOL can find modules and scripts

import sys, os

pymol_git = os.path.abspath(os.path.join(os.environ['PYMOL_PATH'], 'Pymol-script-repo'))

os.environ['PYMOL_GIT_MOD'] = os.path.join(pymol_git,'modules')

sys.path.append(pymol_git)

sys.path.append(os.environ['PYMOL_GIT_MOD'])

# Make setting changes to Plugin Manager

import pymol.plugins

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': False, 'verbose': False}

pymol.plugins.autoload = {'apbs_tools': False}

pymol.plugins.set_startup_path([os.path.join(pymol_git, 'plugins'), os.path.join(sys.prefix, 'Lib', 'site-packages', 'pmg_tk', 'startup')])

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': True, 'verbose': False}

然后将文件存为：File->Save as->All files-> C:\Python27\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\run_on_startup.py 

10. 再次打开PyMOL，从主菜单的Plugins选项就可以安装和运行plugins了。

DIY的哦，不收费～