三、ITK的dcm图像读写
一、主要功能
1、读取单张dcm图像
2、写入单张dcm图像
3、图像调整之后以.jpg格式写入
4、调整之后重新以.dcm格式写入
二、代码
#include "itkImageFileReader.h"
#include "itkImageFileWriter.h"
#include "itkRescaleIntensityImageFilter.h"
#include "itkGDCMImageIO.h"
#include "itkJPEGImageIOFactory.h"
int main(int argc,char *argv[])
{
//设置读取图像类型
using InputPixelType=signed short;
const unsigned int InputDimension = ;
using InputImageType=itk::Image<InputPixelType, InputDimension>;
//创建reader,设置读取的文件名
using ReaderType=itk:: ImageFileReader<InputImageType>;
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
//
reader->SetFileName("D:\\Files\\ITKFiles\\ITK-4-ReadSingleDCM\\Data\\I10.dcm");
//创建读取DCM的GDCMIOImage类
using ImageIOType =itk::GDCMImageIO;
ImageIOType::Pointer gdcmImageIO = ImageIOType::New();
reader->SetImageIO(gdcmImageIO);
//调用Update()触发过程,放置在try-catch模块
try
{
reader->Update();
}
catch (itk::ExceptionObject& e)
{
std::cerr << "exception in file reader" << std::endl;
std::cerr << e << std::endl;
return EXIT_FAILURE;
}
//实例化一个writer保存图片
using WriterType=itk::ImageFileWriter<InputImageType>;
WriterType::Pointer writer1 = WriterType::New();
writer1->SetFileName("D:\\Files\\ITKFiles\\ITK-4-ReadSingleDCM\\Data\\result.dcm");
writer1->SetInput(reader->GetOutput());
//对writer设置合适的图像IO,告诉图像该如何写入
writer1->SetImageIO(gdcmImageIO);
//调用Update()触发程序
try
{
writer1->Update();
}
catch (itk::ExceptionObject& e)
{
std::cerr << "exception in file writer" << std::endl;
std::cerr << e << std::endl;
return EXIT_FAILURE;
}
//使用调节图像亮度滤波器对图像进行调节,使用无符号char类型
//类型转换
using WriterPixelType=unsigned char;
using WriteImageType=itk::Image<WriterPixelType,>;
using RescaleFilterType=itk::RescaleIntensityImageFilter<InputImageType, WriteImageType>;
RescaleFilterType::Pointer rescaler = RescaleFilterType::New();
rescaler->SetOutputMinimum();
rescaler->SetOutputMaximum();
//再次创建一个writer,写入到文件,这个时候文件以及变成了一个灰度图
using Writer2Type=itk::ImageFileWriter<WriteImageType>;
Writer2Type::Pointer writer2 = Writer2Type::New();
writer2 ->SetFileName("D:\\Files\\ITKFiles\\ITK-4-ReadSingleDCM\\Data\\1.jpg");
rescaler->SetInput(reader->GetOutput());
writer2->SetInput(rescaler->GetOutput());
itk::JPEGImageIOFactory::RegisterOneFactory();
try
{
writer2->Update();
}
catch (itk::ExceptionObject& e)
{
std::cerr << "Exception in file writer " << std::endl;
std::cerr << e << std::endl;
return EXIT_FAILURE;
}
//在此设置一个wirter,将调节之后的图像写入到文件
using Writer3Type=itk::ImageFileWriter<WriteImageType>;
Writer3Type::Pointer writer3 = Writer3Type::New();
writer3->SetFileName("D:\\Files\\ITKFiles\\ITK-4-ReadSingleDCM\\Data\\rescale.dcm");
writer3->SetInput(rescaler->GetOutput());
//设置图像IO,告诉writer通过GDCMImageIO输出, IO包含了DICOM的精确信息
writer3->UseInputMetaDataDictionaryOff();
writer3->SetImageIO(gdcmImageIO);
try
{
writer3->Update();
}
catch (itk::ExceptionObject& e)
{
std::cerr << "Exception in file writer " << std::endl;
std::cerr << e << std::endl;
return EXIT_FAILURE;
}
return EXIT_SUCCESS;
}
三、注意问题
1、我最初下载的dcm文件是没有后缀的,所以读取的时候没有.dcm后缀,但是程序也运行成功了。
2、如果希望能够读取的是dcm图片,可以直接修改后缀(我一直觉得不修改就觉得怪怪的)
3、rescale滤波器功能应该是缩放图片亮度(也就是灰度级,这个是我猜测的,还没有验证过)
四、未解决问题
第四个写入的图片rescale.dcm图片,不知道为什么,在写入之后,通过dcm浏览器查看的时候,发现是全黑的,其他的都是正常的。
这一点没有搞清楚
五、参考
医学图像分割与配准 7.12 Page224-226
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