各种平台的表达芯片跟mRNA-seq数据比较
各种平台的表达芯片跟mRNA-seq数据比较
文章见:http://journals.plos.org/plosone ... ournal.pone.0078644 芯片情况介绍:41,796 of the 54,714 probe sets were mapped to 20,741 genes, with 10,837 genes having more than one representative probe set. 比较前先把RPKM值和芯片数值归一化: In summary, RNA-Seq based transcriptome expression was measured as RPKM for 36,004 transcripts, representing 22,300 unique genes. The median RPKM in all 12 samples was 0.49, and 28.6% to 32.5% (average = 30.3%) of genes had RPKM value of 0 in each sample. In order to make the transcriptome profiling comparable between both platforms (RNA-Seq vs. Microarray), the RPKM values were floored at 0.047, followed by log2 transformation. After the transformation, the difference between the median expression and the floored (minimal) expression by RNA-Seq is equal to the difference between the median expression and the minimal expression by microarray. 文章很有趣,值的细看 RNA-seq: An assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays Another paper with a variety of comparisons between Affymetrix Exon arrays, custom NimbleGen arrays, and RNA-seq: Griffith, et al. Alternative expression analysis by RNA sequencing. Nature Methods. 2010 Oct;7(10):843-847. 文章是:https://genomebiology.biomedcent ... 6/s13059-015-0694-1 |
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