centos7 下安装生物信息软件的问题小总结

1、安装samtools与bwa时：

　　缺少zlib库

　　下载zlib库

cd zlib/
CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure
make
make install

然后在进入samtools 进行make

2、安装rpm包是 依赖而不能安装！

　　rpm -ivh xxx.rpm --nodeps --force

　　先强制安装！

　　再用rpm -qa |grep xx 查找已经安装

　　ldd查找需要的

　　注：1.加上 --nodeps,意思不考虑依赖
　　　　2.更狠的--force，强制安装
　　　　可以在这两个之前试试--aid自己解决依赖

3、安装soapsnp是遇到缺少boost

　　先配置boost

　　下载boost 解压

　　

 ./booststria.sh
 ./bjam -s HAVE_ICU=
 ./bjam install --prefix=/usr

　　第一步完后生成bjam脚本

　　其中第二步大约需要半个小时！

　　将当前目录下编译好的头文件安装到相应位置：在/usr/include下有头文件夹boost，在/usr/lib下有boost的库

4、强力推荐各种tools

　　如 cctools bedtools，samtools

 未完待续。。。