Two points:

  1. change backend of matplotlib:

import matplotlib.pyplot as plt
plt.switch_backend('agg')

  2. save figure via PdfPages:

from matplot.backends.backend_pdf import PdfPages
pdf = PdfPages('cut_figure.pdf') #先创建一个pdf文件
plt.figure()
...
...
pdf.savefig() #将图片保存在pdf文件中
plt.close()
pdf.close() #这句必须有,否则程序结束pdf文件无法打开

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