for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done

extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章

  1. check fasta format

    reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...

  2. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  3. Linux文件排序和FASTA文件操作

    文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...

  4. 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position

    #!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...

  5. fasta文件拆分与合并

    Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...

  6. fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

    格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...

  7. php 统计fasta 序列长度和GC含量

    最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...

  8. 将fasta fastq文件线性化处理

    将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...

  9. sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕

    生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 ​ 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...

随机推荐

  1. python之(re)正则表达式下

    知识储备: \w 匹配任何字母/数字,下划线 正则表达式进阶: re.match('com', 'comwww.runcomoob') re.search('\dcom', 'www.4comruno ...

  2. linux 学习随笔-shell基础知识

    1:用户的shell历史命令保存在home/username/.bash_history中 #!!  执行用户的上一条命令 #!pw  执行命令历史中最近一次以pw开头的命令 2:'*'来匹配零或多个 ...

  3. vim插件管理vundle备忘

    转自:http://blog.csdn.net/jiaolongdy/article/details/17889787/ http://www.cnblogs.com/xia520pi/archive ...

  4. Linux平台卸载MySQL总结

    如何在Linux下卸载MySQL数据库呢? 下面总结.整理了一下Linux平台下卸载MySQL的方法. MySQL的安装主要有三种方式:二进制包安装(Using Generic Binaries).R ...

  5. ORACLE告警日志文件

    告警日志介绍 告警日志文件是一类特殊的跟踪文件(trace file).告警日志文件命名一般为alert_<SID>.log,其中SID为ORACLE数据库实例名称.数据库告警日志是按时间 ...

  6. [解决]Mercurial HTTP Error 500: Access is denied on 00changelog.i

    总之,用户对仓库目录要有写权限 00changelog, access is denied, hg, http error 500, mercurial, permissions, push Merc ...

  7. [已解决]从微软合作伙伴资源和MSDN下载系统和软件Microsoft download Manager无效

    有个itellyou,更新了所有MSDN的软件包.如果自己有微软的注册账户,还是从微软官网下载比较好.而且对自己账户里的系统和itellyou里的做了对比.发现SHA1码不相同,估计官方分配的序列号也 ...

  8. 云计算与 OpenStack - 每天5分钟玩转 OpenStack(14)

    “云计算” 算是近年来最热的词了.现在 IT 行业见面不说这三个字您都不好意思跟人家打招呼. 对于云计算,学术界有各种定义,大家有兴趣可以百度一下. CloudMan 这里主要想从技术的角度谈谈对云计 ...

  9. spring的路径通配符

    Spring提供了强大的Ant模式通配符匹配,从同一个路径能匹配一批资源. Ant路径通配符支持"?"."*"."**",注意通配符匹配不包 ...

  10. [转]如何在ASP.NET Core中实现一个基础的身份认证

    本文转自:http://www.cnblogs.com/onecodeonescript/p/6015512.html 注:本文提到的代码示例下载地址> How to achieve a bas ...