extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- android 网络请求Ⅰ
本章讲述在android开发中,常用的网络请求操作.网络请求利用android基本的HttpURLConnection连接URL和开源网络请求包AsyncHttpClient.本次网络请求以调取天气接 ...
- python之import子目录文件
问题: 在pre_tab.py文件下: print("AA") from test.te import login1 login1() from test.te import ...
- php关键词替换的类(避免重复替换,保留与还原原始链接)
转载:http://www.169it.com/blog_article/601549531.html 本节主要内容:一个关键词替换的类 主要可以用于关键词过滤,或关键词查找替换方面. 实现过程分析: ...
- 关于reids
redis 官网(英文):https://redis.io/ redis 手册(中文): http://doc.redisfans.com/ redis 中文网(中文) : http://www.re ...
- IT人经济思维之创业 - 创业与投资系列文章
前面笔者曾经写过文(IT从业者的职业规划),介绍了IT从业者的职业规划,对职业路做了规划.然后,又写了文(IT从业者的职业道路(从程序员到部门经理) - 项目管理系列文章),从技术到管理的一个笔者自己 ...
- 2、软件设计师要阅读的书籍 - IT软件人员书籍系列文章
软件设计师在项目组中的地位比软件工程师相对要高一些.但是他们所要阅读的书籍差别还是比较大的.同样的,软件设计师也要阅读比较多的书籍,以能够完成项目的任务为目的,同时还要提高自身在项目组中的竞争地位,而 ...
- mysql高可用架构之mysql-mmm配置详解
实验系统:CentOS 6.6_x86_64 实验前提:防火墙和selinux都关闭 实验说明:本实验共有5台主机,IP分配如拓扑 实验软件:mariadb-10.0.20 mysql-mmm-2.2 ...
- [django]用户认证中只允许登陆用户访问(网页安全问题)
当设计一个重要网页时,一般要求未从登陆界面访问的用户不能进入其他页面,那么需要如何设置呢? 如下 django中的url.py urlpatterns = [ url(r'^$', 'login ...
- [django]Django站点admin支持中文显示和输入设置
正文: Django站点admin支持中文输入设置,操作如下: 1 需要确定的你的数据库的client客户端和服务端的编码设置为utf-8,如果不是,请将其设置成utf-8编码,我采用mysql,详情 ...
- Neutron 理解 (4): Neutron OVS OpenFlow 流表 和 L2 Population [Netruon OVS OpenFlow tables + L2 Population]
学习 Neutron 系列文章: (1)Neutron 所实现的虚拟化网络 (2)Neutron OpenvSwitch + VLAN 虚拟网络 (3)Neutron OpenvSwitch + GR ...