extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- Echarts xAxis boundaryGap
Echarts xAxis----->boundaryGap: false 坐标轴两边留白策略,类目轴和非类目轴的设置和表现不一样. 类目轴中 boundaryGap 可以配置为 true 和 ...
- 在Mac电脑上为iPhone或iPad录屏的方法
在以前的Mac和iOS版本下,录制iPhone或者iPad屏幕操作是一件稍微复杂的事情.但是随着Yosemite的出现,在Mac电脑上为iPhone或iPad录屏的方法就变得简单了.下面就介绍一下具体 ...
- 启动CLR
前面提到在SSCLI环境里运行.NET程序的时候,执行的命令类似java程序的执行过程,即通过clix程序解释执行.net程序.这个过程看起来跟在windows环境下执行.net程序表面上看起来不一样 ...
- IndexOf、IndexOfAny 、Remove
using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.T ...
- RMAN异机恢复遭遇ORA-01547、ORA-01152、ORA-01110错误案例
测试环境: 操作系统 : Red Hat Enterprise Linux ES release 4 (Nahant Update 4) VMWARE 数据库 : O ...
- SQL SERVER中什么情况会导致索引查找变成索引扫描
SQL Server 中什么情况会导致其执行计划从索引查找(Index Seek)变成索引扫描(Index Scan)呢? 下面从几个方面结合上下文具体场景做了下测试.总结.归纳. 1:隐式转换会导致 ...
- 解决问题:The context cannot be used while the model is being created
使用Entity Framework (v6.1.3)突然遇到这个问题了,之前一直好好的,怎么破? 此处省略了多次在“好”与“坏"的项目中试验的过程(苦啊),直接给出答案.答案是:没有按Db ...
- Linux iptables 防火墙
内容摘要 防火墙 防火墙定义 防火墙分类 netfilter/iptables netfilter 设计架构 iptables 简述 iptables 命令详解 命令语法 table 参数 comma ...
- 使用multi-paxos实现日志同步应用
paxos 说multi-paxos之前先简要说一下paxos paxos是在多个成员之间对某个值(提议)达成一致的一致性协议.这个值可以是任何东西.比如多个成员之间进行选主,那么这个值就是主的身份. ...
- .NET架构设计、框架设计系列文章总结
从事.NET开发到现在已经有七个年头了.慢慢的可能会很少写.NET文章了.不知不觉竟然走了这么多年,热爱.NET热爱c#.突然想对这一路的经历进行一个总结. 是时候开始下一阶段的旅途,希望这些文章可以 ...