extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- GIT命令行的使用
新手了解 有不对的地方指点下 首先, 了解下什么是GIT,GIT是一款开元的分布式版本控制工具, 在世界上的所有分布式版本控制工具中,GIT是最简单,最流行,同时也是最常用的 相比于其他版本的控制工具 ...
- UIweib的简单实用
- AFN3.0封装
总结了一下AFN3.0封装,也借鉴了其他人总结的,整理如下,希望多交流,互相进步 // // XJYSessionManager.h// // Created by XJY on 16/10/17. ...
- margin css的外边距
h2{margin:10px 0;} div{margin:20px 0;} ...... <h2>这是一个标题</h2> <div> <h2>这是又一 ...
- C语言递归,非递归实现翻转链表
翻转链表作为,链表的常用操作,也是面试常遇到的. 分析非递归分析: 非递归用的小技巧比较多,很容易出错. 递归分析比较简单,在代码里面 代码: #include<stdio.h> #inc ...
- TFS源代码管理原则
1.工作开始初次打开解决方案是应向服务器请求更新代码.2.工作结束时,应向服务器签入最新代码,并保证解决方案能够编译通过.3.不要长时间签出项目或解决方案,当向项目添加新项目后为编辑任何程序代码时,应 ...
- [MySQL Reference Manual] 10 全球化
10.全球化 本章主要介绍全球化,包含国际化和本地化,的一些问题: · MySQL在语句中支持的字符集 · 如何为服务配置不同的字符集 · 选择错误信息 ...
- web应用中使用JavaMail发送邮件 。。转载
现在很多的网站都提供有用户注册功能, 通常我们注册成功之后就会收到一封来自注册网站的邮件.邮件里面的内容可能包含了我们的注册的用户名和密码以及一个激活账户的超链接等信息.今天我们也来实现一个这样的功能 ...
- android 获取应用的当前版本号&获取当前android系统的版本号
(转自:http://www.cnblogs.com/qsl568/archive/2012/03/14/2395636.html) 获取当前应用的版本号: private String getVer ...
- Silicon Labs
Silicon Labs(美国芯科实验室)总部位于美国德克萨斯州的奥斯汀,成立于1996年,拥有全球化的运营.销售和研发团队,是一家业界领先的高性能混合信号IC供应商,为业界提供易用的高度集成化产品方 ...