for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done

extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章

  1. check fasta format

    reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...

  2. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  3. Linux文件排序和FASTA文件操作

    文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...

  4. 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position

    #!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...

  5. fasta文件拆分与合并

    Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...

  6. fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

    格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...

  7. php 统计fasta 序列长度和GC含量

    最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...

  8. 将fasta fastq文件线性化处理

    将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...

  9. sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕

    生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 ​ 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...

随机推荐

  1. 一个3D ar打飞机的游戏iOS源码

    这是国内目前第一款集合了AR实景,3D游戏和人脸识别的射击游戏,通过旋转和改变手机的角度与位置,所有的射击操作都靠手势来完成,目前所有的源码全部都在这里.appStore地址:https://itun ...

  2. 《javascript权威指南》读书笔记——第一篇

    <javascript权威指南>读书笔记——第一篇 金刚 javascript js javascript权威指南 由于最近想系统学习下javascript,所以开始在kindle上看这本 ...

  3. ASP.NET MVC3 Razor 调试与预加载

    目录(?)[-] 获取服务器信息 FormsAuthenticationSlidingExpiration 属性 MVC3预加载   在ASP.NET MVC3开发中,调试中怎么也是不可缺少的,那对于 ...

  4. iframe大小自适应

    前几天,舍友去某互联网公司面前端研发工程师.回来后,他就跟我们聊了下面试官给他出的题.其中,有一道题是“如何实现iframe高度的自适应?”.好吧,我承认,我听到iframe这个词的第一反应就是:这个 ...

  5. DBCC SHRINKDATABASE xxxx was skipped because the file does not have enough free

    假设你创建一个数据库时,指定其初始化大小(SIZE )非常大.例如,如下测试案例所示 USE [master] GO   CREATE DATABASE [TEST] ON  PRIMARY  ( N ...

  6. sql 日期格式汇总

    SQLserver中用convert函数转换日期格式2008-01-15 15:51SQLserver中用convert函数转换日期格式 SQL Server中文版的默认的日期字段datetime格式 ...

  7. SQL Server中使用PIVOT行转列

    使用PIVOT行转列 1.建表及插入数据 USE [AdventureDB] GO /****** Object: Table [dbo].[Score] Script Date: 11/25/201 ...

  8. AD 域账号登录

    域服务数据读写,有俩种模式 1.轻量级的数据读取 _domain是服务器的域名 获取连接PrincipalContext pc = new PrincipalContext(ContextType.D ...

  9. [WPF系列]-DataBinding(数据绑定) 自定义Binding

    自定义Binding A base class for custom WPF binding markup extensions BindingDecoratorBase Code: public c ...

  10. Namesilo 管理域名教程

    在NameSilo注册域名之后,我们要做的就是开始对域名进行日常管理应用.大家可以参照下面这个Namesilo域名管理图文教程进行相应的操作. 1. 登录域名管理列表并选择相应域名 首先,登录Name ...