extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- 一个3D ar打飞机的游戏iOS源码
这是国内目前第一款集合了AR实景,3D游戏和人脸识别的射击游戏,通过旋转和改变手机的角度与位置,所有的射击操作都靠手势来完成,目前所有的源码全部都在这里.appStore地址:https://itun ...
- 《javascript权威指南》读书笔记——第一篇
<javascript权威指南>读书笔记——第一篇 金刚 javascript js javascript权威指南 由于最近想系统学习下javascript,所以开始在kindle上看这本 ...
- ASP.NET MVC3 Razor 调试与预加载
目录(?)[-] 获取服务器信息 FormsAuthenticationSlidingExpiration 属性 MVC3预加载 在ASP.NET MVC3开发中,调试中怎么也是不可缺少的,那对于 ...
- iframe大小自适应
前几天,舍友去某互联网公司面前端研发工程师.回来后,他就跟我们聊了下面试官给他出的题.其中,有一道题是“如何实现iframe高度的自适应?”.好吧,我承认,我听到iframe这个词的第一反应就是:这个 ...
- DBCC SHRINKDATABASE xxxx was skipped because the file does not have enough free
假设你创建一个数据库时,指定其初始化大小(SIZE )非常大.例如,如下测试案例所示 USE [master] GO CREATE DATABASE [TEST] ON PRIMARY ( N ...
- sql 日期格式汇总
SQLserver中用convert函数转换日期格式2008-01-15 15:51SQLserver中用convert函数转换日期格式 SQL Server中文版的默认的日期字段datetime格式 ...
- SQL Server中使用PIVOT行转列
使用PIVOT行转列 1.建表及插入数据 USE [AdventureDB] GO /****** Object: Table [dbo].[Score] Script Date: 11/25/201 ...
- AD 域账号登录
域服务数据读写,有俩种模式 1.轻量级的数据读取 _domain是服务器的域名 获取连接PrincipalContext pc = new PrincipalContext(ContextType.D ...
- [WPF系列]-DataBinding(数据绑定) 自定义Binding
自定义Binding A base class for custom WPF binding markup extensions BindingDecoratorBase Code: public c ...
- Namesilo 管理域名教程
在NameSilo注册域名之后,我们要做的就是开始对域名进行日常管理应用.大家可以参照下面这个Namesilo域名管理图文教程进行相应的操作. 1. 登录域名管理列表并选择相应域名 首先,登录Name ...