extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB，只替换一行中第一次出现的AA，替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB，替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- java设计模式 策略模式Strategy
本章讲述java设计模式中,策略模式相关的知识点. 1.策略模式定义 策略模式,又叫算法簇模式,就是定义了不同的算法族,并且之间可以互相替换,此模式让算法的变化独立于使用算法的客户.策略模式属于对象的 ...
- ASP.NET获取真正的客户端IP地址的6种方法
Request.ServerVariables("REMOTE_ADDR") 来取得客户端的IP地址,但如果客户端是使用代理服务器来访问,那取到的就是代理服务器的IP地址,而不是真 ...
- 版本管理工具SVN
此文件根据慕课网 源生活老师的教学视频总结 视频地址 http://www.imooc.com/learn/109 一．SVN下载和安装配置 服务端下载地址 https://www.visualsvn ...
- PyCharm创建virtualenv方法
Python的版本众多,在加上适用不同版本的Python Package.这导致在同时进行几个项目时,对库的依赖存在很大的问题.这个时候就牵涉到对Python以及依赖库的版本管理,方便进行开发,vir ...
- Redis学习笔记3-Redis5个可执行程序命令的使用
在redis安装文章中,说到安装好redis后,在/usr/local/bin下有5个关于redis的可执行程序.下面关于这5个可执行程序命令的详细说明. redis-server Redis服务器的 ...
- 尽量不要用ad,adv···,advertisement 这些关键词命名
html dom,文件夹名称,文件名称·······,都尽量不用ad,adv···,advertisement 这些关键词! 为嘛呢? 因为会被浏览器的广告插件自动给屏蔽掉. 我的网站中有一个广告管 ...
- pyqt5-为QListWidget添加右键菜单
如何在pyqt5下为QListWidget添加右键菜单? 能百度到的均是pyqt4下的,有些貌似并不好用. 在尝试了很多方法后,下面贴出可用的方法: from PyQt4 import QtCore, ...
- 全面剖析 <input> 标签 ------ HTML\HTML5
<input>标签因其形式多样.功能强大,当之无愧成为了WEB前端开发人员最钟爱的元素之一.下面就来对<input>做一个全面的剖析: 标签定义: <input> ...
- QuickHit游戏
一 项目需求 根据输入速率和正确率将玩家分为不同级别,级别越高,一次显示的字符数越多,玩家正确输入一次的得分也越高.如果玩家在规定时间内完成规定次数的输入,正确率达到规定要求,则玩家升级(为了简单起见 ...
- Python list
序列是Python中最基本的数据结构.序列中的每个元素都分配一个数字 - 它的位置,或索引,第一个索引是0,第二个索引是1,依此类推. Python有6个序列的内置类型,但最常见的是列表和元组. 序列 ...