extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB,替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- 【代码笔记】iOS-水波效果
一,效果图. 二,工程图. 三,代码. ViewController.h #import <UIKit/UIKit.h> @interface ViewController : UIVie ...
- windows server2012 R2 本地策略编辑
进入本地策略编辑器: 1.win + R 2.输入命令行:gpedit.msc 密码期限设置: 1.windows设置 2.安全设置 3.账户策略 4.密码策略 5.密码最长使用期限 赋值 0 交互登 ...
- 原生js实现Ajax
一般来说,大家可能都会习惯用JQuery提供的Ajax方法,但是用原生的js怎么去实现Ajax方法呢? JQuery提供的Ajax方法: $.ajax({ url: , type: '', dataT ...
- T-SQL查看数据库恢复(RESTORE)时间
WITH LastRestores AS ( SELECT DatabaseName = [d].[name] , [d].[create_date] , [d].[compatibility_lev ...
- WEB开发中的字符集和编码
html,body,div,span,applet,object,iframe,h1,h2,h3,h4,h5,h6,p,blockquote,pre,a,abbr,acronym,address,bi ...
- qt5.4.0编译错误
error1: 进程"C:\Qt\Qt5.4.0\Tools\QtCreator\bin\jom.exe"退出,退出代码 2 solution:去工具->选项->构建和 ...
- UEFI+GPT模式下的Windows系统中分区结构和默认分区大小及硬盘整数分区研究
内容摘要:本文主要讨论和分析在UEFI+GPT模式下的Windows系统(主要是最新的Win10X64)中默认的分区结构和默认的分区大小,硬盘整数分区.4K对齐.起始扇区.恢复分区.ESP分区.MSR ...
- 原生js事件的添加和删除
在IE浏览器中添加或删除事件用attachEvent.detachEvent.在其他标准浏览器中则用addEventListener.removeEventListener.下面的对事件的添加和删除做 ...
- [原创]纯CSS3打造的3D翻页翻转特效
刚接触CSS3动画,心血来潮实现了一个心目中自己设计的翻页效果的3D动画,页面纯CSS3,目前只能在Chrome中玩,理论上可以支持Safari. 1. 新建HTML,代码如下(数据和翻页后的数据都是 ...
- Nginx服务状态监控
在Nginx的插件模块中有一个模块stub_status可以监控Nginx的一些状态信息,默认安装可能没有这个模块,手动编译的时候加一下即可. 1. 模块安装 先使用命令查看是否已经安装这个模块: [ ...