zcat|subprocess.check_all|subprocess.Popen|gzip|readline()
#!/usr/bin/python from subprocess import check_call
import subprocess
import gzip
'''
$ zcat 160121_I133_FCH5LL5BBXX_L8_RSZADPI007179-107_2.fq.gz |head -4 >o3
$ cat o3
@K00133:143:H5LL5BBXX:8:1101:1194:1103 2:N:0:NCGCCGTG
NAAGGAGAAGTTCCCATAGCAACAGCACCATTTTTTCCAGGGAAAAGGAGGAAAGAATCAAGGATGCGAAAGAGGGAATCAAAGCAGCTTAAGGGATATAAAAAAAACAGGGATTGTTCATGAATTATGGACAAGGCAGCTGAGAATTCC
+
#AAFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJA-<7-77A<7AJJF<AJJJJJF7JFAJF7AJJFJJJJJJJFF-AFJFJJJJJ--FFJJJJJJAAJFF<AJJJJJF777-----<-7F7-<--<<<<<7F<--7)--A7FF--<7 '''
p1=subprocess.Popen('cat o3',shell=True,stdout=subprocess.PIPE)
p2=subprocess.Popen('head -4',shell=True,stdin=p1.stdout,stdout=subprocess.PIPE)
print 'oneline:',p2.stdout.readline()
print 'oneline:',p2.stdout.readline()
print 'onefile:',p2.stdout.read() '''
oneline: @K00133:143:H5LL5BBXX:8:1101:1194:1103 2:N:0:NCGCCGTG oneline: NAAGGAGAAGTTCCCATAGCAACAGCACCATTTTTTCCAGGGAAAAGGAGGAAAGAATCAAGGATGCGAAAGAGGGAATCAAAGCAGCTTAAGGGATATAAAAAAAACAGGGATTGTTCATGAATTATGGACAAGGCAGCTGAGAATTCC onefile: +
#AAFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJA-<7-77A<7AJJF<AJJJJJF7JFAJF7AJJFJJJJJJJFF-AFJFJJJJJ--FFJJJJJJAAJFF<AJJJJJF777-----<-7F7-<--<<<<<7F<--7)--A7FF--<7 ''' '''
$ zcat 1.txt.gz
111111111111111
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
jjjjjjjjjjjjjjjjjj
nnnnnnnnnnnn
111111111111111111
'''
check_call('zcat 1.txt.gz |head -4',shell=True) '''
111111111111111
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
jjjjjjjjjjjjjjjjjj
nnnnnnnnnnnn
'''
f= gzip.open('1.txt.gz','rb')
line = f.readline()
print line '''
111111111111111 '''
zcat|subprocess.check_all|subprocess.Popen|gzip|readline()的更多相关文章
- Python第十一天 异常处理 glob模块和shlex模块 打开外部程序和subprocess模块 subprocess类 Pipe管道 operator模块 sorted函数 os模块 hashlib模块 platform模块 csv模块
Python第十一天 异常处理 glob模块和shlex模块 打开外部程序和subprocess模块 subprocess类 Pipe管道 operator模块 sorted函 ...
- python 标准库 -- subprocess
subprocess 主要功能室执行外部的命令和程序 一个进程可 fork 一个子进程, 并让这个子进程 exec 另外一个程序. 在 python 中, 可以通过标准库中的 subprocess 包 ...
- python中的subprocess.Popen()使用
python中的subprocess.Popen()使用 从python2.4版本开始,可以用subprocess这个模块来产生子进程,并连接到子进程的标准输入/输出/错误中去,还可以得到子进程的返回 ...
- python subprocess.Popen 控制台输出 实时监控百度网ping值
import subprocess file_out = subprocess.Popen('ping www.baidu.com', shell=True, stdout=subprocess.PI ...
- python中的subprocess.Popen()使用详解---以及注意的问题(死锁)
从python2.4版本开始,可以用subprocess这个模块来产生子进程,并连接到子进程的标准输入/输出/错误中去,还可以得到子进程的返回值. subprocess意在替代其他几个老的模块或者函数 ...
- Python subprocess.Popen communicate() 和wait()使用上的区别
之所以会纠结到这个问题上是因为发现在调用Popen的wait方法之后程序一直没有返回.google发现wait是有可能产生死锁的.为了把这个问题彻底弄清楚,搜索一些资料过来看看: 原文链接:http: ...
- python中subprocess.Popen.poll
import subprocess proc = subprocess.Popen(['python', 'test.py'], stdout=subprocess.PIPE) while 1: pr ...
- Python多进程(1)——subprocess与Popen()
Python多进程方面涉及的模块主要包括: subprocess:可以在当前程序中执行其他程序或命令: mmap:提供一种基于内存的进程间通信机制: multiprocessing:提供支持多处理器技 ...
- Python用subprocess的Popen来调用系统命令
当我们须要调用系统的命令的时候,最先考虑的os模块.用os.system()和os.popen()来进行操作.可是这两个命令过于简单,不能完毕一些复杂的操作,如给执行的命令提供输入或者读取命令的输出, ...
随机推荐
- scala def方法时等号和括号使用说明笔记
scala定义方法时会指定入参和返回类型(无返回类型时对应Unit,即java和C中的void模式). 1.有入参,有返回类型时,scala具有类型推导功能,以下两种表达方式效果一样.但根据scala ...
- 线上环境 分析java问题 常见命令
在生产上进程需要分析jvm运行情况,今天分享几个自己常用的命令,持续更新,欢迎补充 1.jps jstack -l {pid} > jstack.log #查看线程快照信息 2.jps jmap ...
- xv6的启动过程
bootloader 1. bootasm.S : start32 2. bootmain.c : bootmain kernel 3. main.c : main 4. proc.c : useri ...
- 十一、GUI设计-记事本程序
"""记事本程序""" from tkinter import *from tkinter.filedialog import *from ...
- Thread--synchronized&volatile
- Kali桥接模式下配置动态ip
以管理员身份运行虚拟机 打开 控制面板-->网络和Internet-->更改适配器 在虚拟机处桥接到这个WLAN2 点击 编辑-->编辑虚拟网卡 没有网卡就点上图的添加网络作为桥接网 ...
- php速成_day3
一.MySQL关系型数据库 1.什么是数据库 数据库 数据存储的仓库,在网站开发应用当中,需要有一些数据存储起来. 注册的用户信息,使用PHP变量只是一个临时的存储,如果需要永久的存储起来,就把数据存 ...
- javascript中的location的用法
javascript中的location.href有很多种用法,主要如下. self.location.href="/url" 当前页面打开URL页面 location.href= ...
- Fib数列问题(项数很大)
用fib(n)表示斐波那契数列的第n项,现在要求你求fib(n) mod m.fib(1)= 1, fib(2)= 1. 输入格式 输入2个整数n(1≤n≤1018), m(2≤m≤10000000) ...
- 吴裕雄--天生自然ShellX学习笔记:Shell 变量
定义变量时,变量名不加美元符号($,PHP语言中变量需要),如: your_name="runoob.com" 注意,变量名和等号之间不能有空格,这可能和你熟悉的所有编程语言都不一 ...