官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html

vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html

安装

第一种情况的:

tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz
export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/
cd vcftools/
./configure
make
make install

第二种情况:

cd vcftools/
./autogen.sh
./configure
make
make install

 

使用

# 用vcftools软件将vcf格式围成genotype252.map和genotype252.ped两个文件
vcftools --vcf genotype_252_填补.hmp.vcf --plink --out genotype252

  

vcftools安装与使用的更多相关文章

  1. linux 安装SAMtools,bcftools,htslib,sratoolkit,bedtools,GATK,TrimGalore,qualimap,vcftools,bwa

    --------------------安装Samtools---------------------------------------------------------------------- ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. Mac环境 安装brew

    一.brew官网主页上的方法: /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/insta ...

  4. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  5. docker——容器安装tomcat

    写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7 ...

  6. 网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法

    如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更 ...

  7. Sublime Text3安装JsHint

    介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Su ...

  8. Fabio 安装和简单使用

    Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的 ...

  9. gentoo 安装

    加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optima ...

随机推荐

  1. 当一个SQL语句同时出现了where,group by,having,order by的时候,执行顺序和编写顺序

    当一个查询语句同时出现了where,group by,having,order by的时候,执行顺序和编写顺序 1.执行where xx对全表数据做筛选,返回第1个结果集. 2.针对第1个结果集使用g ...

  2. Linux GCC编译警告:Clock skew detected. 错误解决办法

    今天在虚拟机上用GCC编译一个程序的时候,出现了下面的错误: make: warning: Clock skew detected. Your build may be incomplete 试了ma ...

  3. 扩展卡尔曼滤波EKF与多传感器融合

    参考:https://blog.csdn.net/young_gy/article/details/78468153 Extended Kalman Filter(扩展卡尔曼滤波)是卡尔曼滤波的非线性 ...

  4. mongo 修改器 $inc/$set/$unset/$pop/$push/$pull/$addToSet

    mongo $inc 可以对集合里面的某些值是数字的增减.看代码 $set  可以进行修改,并且不存在的时候默认添加. 同时还能该变数据的类型. 还可以该变内嵌元素的值 用.调用 $unset  删除 ...

  5. HTTP 协议中 URI 和 URL 有什么区别?

    HTTP 协议中 URI 和 URL 有什么区别? HTTP = Hyper Text Transfer ProtocolURI = Universal Resource IdentifierURL ...

  6. Python学习笔记_操作Excel

    Python 操作Exel,涉及下面几个库: 1.xlrd 读取Excel文件 2.xlwt 向Excel文件写入,并设置格式 3.xlutils 一组Excel高级操作工具,需要先安装xlrd和xl ...

  7. PC端QT源码编译

    转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_c2b97b1d01016x1i.html 1.下载源码(前面已经提到了) 选择合适自己的源码. 先用"uname -a& ...

  8. Apr编程

    一.简介 http://www.xuebuyuan.com/2195578.html   二.教程 http://dev.ariel-networks.com/apr/

  9. Luogu 4213 【模板】杜教筛(Sum)

    当作杜教筛的笔记吧. 杜教筛 要求一个积性函数$f(i)$的前缀和,现在这个东西并不是很好算,那么我们考虑让它卷上另外一个积性函数$g(i)$,使$(f * g)$的前缀和变得方便计算,然后再反推出这 ...

  10. YDNJS(上卷):this 的绑定对象

    函数中的 this 是在调用时被绑定的,this 指向谁完全取决于函数的调用位置. 确定 this 的绑定对象的方式有 4 种. 默认绑定 默认绑定就是将函数中的 this 绑定给了全局对象 wind ...