R包:基本包(自动加载)和推荐包(安装R时也会下载,但需要手动加载),拓展包(其他包,手动加载)。

安装好的包将被放在一个指定的目录下。这个目录被称为库(Library)。当需要使用到某一个包的时候,通过运行library()函数来加载软件包,其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包,并将其命名空间加载至当前运行环境下。

>(.packages()) #显示当前已加载的包

R中packages的下载安装:

1.网上下载安装:

>install.packages("包名称")#选择镜像点

  

2.本地安装:

>install.packages("包文件的完整路径“)

  

Bioconductor包的下载和安装:

Bioconductor是以R为基础的生物软件包。

>source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
#biocLite.R是Bioc包的安装脚本,每次安装bioc包之前,都需要运行该脚本。
>biocLite(包的名称) #biocLite()相当于install.package()

Bioc包的升级:

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())

 升级所有包:

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

  

参考文献:

http://blog.qiubio.com:8080/archives/3745/4

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxjz.html

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