R/Bioconductor包的下载和安装，升级

R包：基本包（自动加载）和推荐包（安装R时也会下载，但需要手动加载），拓展包（其他包，手动加载）。

安装好的包将被放在一个指定的目录下。这个目录被称为库(Library)。当需要使用到某一个包的时候，通过运行library()函数来加载软件包，其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包，并将其命名空间加载至当前运行环境下。

>(.packages()) #显示当前已加载的包

R中packages的下载安装：

1.网上下载安装：

>install.packages("包名称")#选择镜像点

　　

2.本地安装：

>install.packages("包文件的完整路径“）

　　

Bioconductor包的下载和安装：

Bioconductor是以R为基础的生物软件包。

>source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
#biocLite.R是Bioc包的安装脚本，每次安装bioc包之前，都需要运行该脚本。
>biocLite(包的名称) #biocLite()相当于install.package()

Bioc包的升级：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())

　升级所有包：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

　　

参考文献：

http://blog.qiubio.com:8080/archives/3745/4

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxjz.html