Global Alignment(全局比对)--从算法(Needleman-Wunsch)到python实现
很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。
现在由于项目需求,需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序,同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了,看了一下他的代码也才100行,于是我打算从头开始全面的弄懂算法的每一个细节,然后再用python实现一遍。
Global Alignment(全局比对)--从算法(Needleman-Wunsch)到python实现的更多相关文章
- 文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法
在"文本比较算法Ⅰ--LD算法"中介绍了基于编辑距离的文本比较算法--LD算法. 本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法--Needleman/Wunsch算法. 还是以实例说明: ...
- 文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法的C++实现【求最长公共子串(不需要连续)】
算法见:http://www.cnblogs.com/grenet/archive/2010/06/03/1750454.html 求最长公共子串(不需要连续) #include <stdio. ...
- 文本比较算法:Needleman/Wunsch算法
本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法.还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不 ...
- 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对
生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93W ...
- 字符串与模式匹配算法(六):Needleman–Wunsch算法
一.Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法.这是将动态算法应用于 ...
- 机器学习经典算法详解及Python实现--基于SMO的SVM分类器
原文:http://blog.csdn.net/suipingsp/article/details/41645779 支持向量机基本上是最好的有监督学习算法,因其英文名为support vector ...
- 机器学习经典算法具体解释及Python实现--线性回归(Linear Regression)算法
(一)认识回归 回归是统计学中最有力的工具之中的一个. 机器学习监督学习算法分为分类算法和回归算法两种,事实上就是依据类别标签分布类型为离散型.连续性而定义的. 顾名思义.分类算法用于离散型分布预測, ...
- 机器学习经典算法具体解释及Python实现--K近邻(KNN)算法
(一)KNN依旧是一种监督学习算法 KNN(K Nearest Neighbors,K近邻 )算法是机器学习全部算法中理论最简单.最好理解的.KNN是一种基于实例的学习,通过计算新数据与训练数据特征值 ...
- 模拟退火算法SA原理及python、java、php、c++语言代码实现TSP旅行商问题,智能优化算法,随机寻优算法,全局最短路径
模拟退火算法SA原理及python.java.php.c++语言代码实现TSP旅行商问题,智能优化算法,随机寻优算法,全局最短路径 模拟退火算法(Simulated Annealing,SA)最早的思 ...
随机推荐
- qbxt十一系列一
希望[题目描述]网页浏览器者有后退与前进按钮,一种实现这两个功能的方式是用两个栈,“前进栈”.“后退栈”.这里你需要实现以下几个功能:BACK: 如果“后退栈”为空则忽略此命令. 否则将当前两面压入“ ...
- Jnotify文件监控的用法以及Jar文件导入的方法
简介Jnotiy, 支持动态监控(支持级联监控)文件夹和文件的jar包.在linux中,调用linux底层的jnotify服务.在windows中,需要添加附件的dll文件. 因为通用的Maven仓库 ...
- Struts2的配置
Struts2的配置 Struts2可以通过Convention插件管理Action和结果映射,也可以通过使用XML文件进行管理,这两种方式各有好处:使用Convention插件管理减少了XML文件的 ...
- 【leetcode❤python】107. Binary Tree Level Order Traversal II
#-*- coding: UTF-8 -*- # Definition for a binary tree node.# class TreeNode(object):# def __init ...
- FragMent 初级学习
FragMent 可以用在一个Activity中也可以用在多个Activity中 我们在activity中加载FragMent的时候,首先添加一个myFragMent的类 通过onCreateView ...
- CodeForces 478C Table Decorations
Table Decorations Time Limit:1000MS Memory Limit:262144KB 64bit IO Format:%I64d & %I64u ...
- 【Unity3D游戏开发】性能优化之spine提高80~90%的效率 (三一)
Spine效率低 Unity项目加载spine动画,经常会出现卡顿的情况,如游戏中瞬间播放一个动画,打开一个带spine动画的界面.尤其是SkeletonRenderer.Awake时,会瞬间出现大量 ...
- chmod 无法修改磁盘文件的权限解释 (光盘文件就是只读的,修改不了的)
我们知道root用户是linux执行权限最高的管理者用户,他可以进行任何的权限操作:然而我们的操作系统同样也考虑过这样的弊端,就是当我们使用者并不了解文件属性和重要性时会给予我们使用者提示: 举个例子 ...
- linux 中 ll 命令如何让查询结果按时间升序或降序排序?
-t选项的功能是使输出的结果将以时间降序排列.如果希望按时间的升序排列,可以使用管道符将返回的结果传入tac命令.用法示例:查询当前目录的文件并以降序排列: ll -t查询当前目录的文件并以升序排列: ...
- [UVa1210]Sum of Consecutive Prime Numbers(前缀和,打表)
题目链接:https://uva.onlinejudge.org/index.php?option=com_onlinejudge&Itemid=8&page=show_problem ...