很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法，都是用到的动态规划的思想，知道一些罚分矩阵的概念，但一直都没有机会搞透彻，一些算法的细节也不太清楚，也没有亲手编程实现。

现在由于项目需求，需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序，同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了，看了一下他的代码也才100行，于是我打算从头开始全面的弄懂算法的每一个细节，然后再用python实现一遍。

Global Alignment（全局比对）--从算法（Needleman-Wunsch）到python实现的更多相关文章

  1. 文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法

    在"文本比较算法Ⅰ--LD算法"中介绍了基于编辑距离的文本比较算法--LD算法. 本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法--Needleman/Wunsch算法. 还是以实例说明: ...

  2. 文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法的C++实现【求最长公共子串（不需要连续）】

    算法见:http://www.cnblogs.com/grenet/archive/2010/06/03/1750454.html 求最长公共子串(不需要连续) #include <stdio. ...

  3. 文本比较算法：Needleman/Wunsch算法

    本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法.还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不 ...

  4. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

    生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93W ...

  5. 字符串与模式匹配算法（六）：Needleman–Wunsch算法

    一.Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法.这是将动态算法应用于 ...

  6. 机器学习经典算法详解及Python实现--基于SMO的SVM分类器

    原文:http://blog.csdn.net/suipingsp/article/details/41645779 支持向量机基本上是最好的有监督学习算法,因其英文名为support vector  ...

  7. 机器学习经典算法具体解释及Python实现--线性回归（Linear Regression）算法

    (一)认识回归 回归是统计学中最有力的工具之中的一个. 机器学习监督学习算法分为分类算法和回归算法两种,事实上就是依据类别标签分布类型为离散型.连续性而定义的. 顾名思义.分类算法用于离散型分布预測, ...

  8. 机器学习经典算法具体解释及Python实现--K近邻(KNN)算法

    (一)KNN依旧是一种监督学习算法 KNN(K Nearest Neighbors,K近邻 )算法是机器学习全部算法中理论最简单.最好理解的.KNN是一种基于实例的学习,通过计算新数据与训练数据特征值 ...

  9. 模拟退火算法SA原理及python、java、php、c++语言代码实现TSP旅行商问题，智能优化算法，随机寻优算法，全局最短路径

    模拟退火算法SA原理及python.java.php.c++语言代码实现TSP旅行商问题,智能优化算法,随机寻优算法,全局最短路径 模拟退火算法(Simulated Annealing,SA)最早的思 ...

随机推荐

  1. hdu 2258 优先队列

    Continuous Same Game (1) Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java ...

  2. JavaScript的条件语句

    JavaScript的条件语句 1.JavaScript的条件语句包括以下几个 (1)if - 只有当指定条件为true时,使用该语句来执行代码: (2)if...else - 当指定条件为true时 ...

  3. CodeForces 471C MUH and House of Cards

    MUH and House of Cards Time Limit:1000MS     Memory Limit:262144KB     64bit IO Format:%I64d & % ...

  4. Linux系统下如何配置SSH？如何开启SSH

    查询\安装SSH服务 1.登陆linux系统,打开终端命令.输入 rpm -qa |grep ssh 查找当前系统是否已经安装 2.如果没有安装SSH软件包,可以通过yum  或rpm安装包进行安装( ...

  5. Beaglebone Black - 准备

    首先要玩 BBB,你需要买一台 BBB,淘宝 Element14 Beaglebone Black,我购入价 RMB 310,带数据线,没电源适配器的.Seeedstudio 有台叫 Beaglebo ...

  6. ___security_cookie机制，防止栈溢出

    从研究底层和汇编以来,已经多次接触到“栈溢出”这个名词了. 这次在汇编码中看到了个不明就里的 ___security_cookie ,查了下,原来是编译器的安全检查机制.转载一篇文章: 首先,secu ...

  7. 苹果原生NSURLSession的上传和下载

    关于NSURLSession的上传和下载 在iOS7.0后,苹果公司新推出了一个NSURLSession来代替NSURLConnection.NSURLConnection默认是在 主线程执行的.而N ...

  8. FLASH CC 2015 CANVAS （七）总结

    FLASH CC 2015 CANVAS (一至七)确切来说是自己在摸索学习过程中而写.所以定为“开荒教程”. 去年年底转战H5,半年中一直非常忙也不敢用CC来做项目,担心有BUG或者无法实现需求,所 ...

  9. linux 查看是否安装perl模块

    这里介绍两种linux中查看perl模块是否安装的方法,一种是对于单体的模块,一种是对于群体的. 单体验证: [root@root ~]# perl -MShell -e "print\&q ...

  10. Java中枚举类型简单学习

    /* * enum类型不允许继承 * 除了这一点,我们基本上可以将enum看作一个常规的类 * 我们可以添加自己的方法与属性,我们也可以覆盖其中的方法. * 不过一定要在enum实例序列的最后添加分号 ...