soapdenovo
配置文件中的=号两边不能有空格,否则会报错
SOAPdenovo-63mer_v2.0 all -s TongJiN2.config -p 25 -K 63 -d 1 -R -F -o Lily_2 1>ass.log 2>ass.err
-s config file
-o prefix of output file name
-K kmer size
-p number of cpu to use
-d no larger than this value will be deleted
-R resolve repeats by reads
-F fill gaps in scaffold
-M <int> mergeLevel(min 0, max 3): the strength of merging similar sequences during contiging, [1]
-L <int> minContigLen: shortest contig for scaffolding, [K+2]
asm_flags
This indicator decides in which part(s) the reads are used. It takes value
1(only contig assembly), 2 (only scaffold assembly), 3(both contig and scaffold
assembly), or 4 (only gap closure).
rank
It takes integer values and decides in which order the reads are used for
scaffold assembly. Libraries with the same "rank" are used at the
same time during scaffold assembly.
soapdenovo的更多相关文章
- 基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图 ...
- 生信分析常用脚本(二)--SOAPdenovo
1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg #maximal read lengt ...
- SOAPdenovo组装软件使用记录
背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究 ...
- 纠错工具之 - Proovread
BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了 ...
- 生物信息 perl 脚本实战
索引 1.统计fasta.fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度:统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度. ...
- SOAPdenove 使用
0. 该软件原理 它以kerm为节点单位,利用de Bruijn图的方法实现全基因组的组装.何为de Bruijn............... contig 的构建过程: (1)选取初始Kmer, ...
- assembly|reads to contig|contig to scaffold|coverage|depth| tandem repeats
(组装方面):SOAPdenovo ,因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ,所以排错能力高,所以我们获得高质量数据. de Bruijn ...
- 第三代PacBio测序技术的测序原理和读长
针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长 DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制 ...
- 【豆科基因组】小豆(红豆)adzuki bean, Vigna angularis基因组2015
目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki be ...
随机推荐
- SQL 插入日期时间 变量值
--看看吧^^ CREATE TABLE #temp ( test datetime ) go --SQL: INSERT #temp SELECT 1.1 UNION ALL GO --SQL: I ...
- C# WinForm程序向datagridview里添加数据
在C#开发的winform程序中,datagridview是一个经常使用到的控件.它可以以类似excel表格的形式规范的展示或操作数据,我也经常使用这个控件.使用这个控件首先要掌握的就是如何向其中插入 ...
- shell变量的使用
转载请标明http://www.cnblogs.com/winifred-tang94/ shell环境中变量有三种类型: a. 环境变量:可以在shell脚本中直接利用“$环境变量名称”的形式引用 ...
- HDFS权限问题
HDFS权限问题 Win下Eclipse提交hadoop程序出错:org.apache.hadoop.security.AccessControlException: Permission denie ...
- 【PyQt5】学习笔记(1)
# -*- coding: utf-8 -*- from PyQt5 import QtWidgets,QtCore #从pyqt库导入QtWindget通用窗口类 from formnew impo ...
- IOS 用keychain(钥匙串)保存用户名和密码
IOS系统中,获取设备唯一标识的方法有很多: 一.UDID(Unique Device Identifier) UDID的全称是Unique Device Identifier,顾名思义,它就是苹果I ...
- UIKit框架之UIlabel
1.继承链:UIview:UIresponder:NSObject 2.如果你想要使UIlabel能够和用户进行互动,需要把它实例变量的属性 userInteractionEnabled改为yes 3 ...
- How many instances created in the WebContainer
When the Servlet container starts, it: reads web.xml; finds the declared Servlets in the classpath; ...
- flex css 布局
http://www.w3cplus.com/css3/flexbox-basics.html
- 我与python3擦肩而过(一)—— Dict与collections.OrderredDict邂逅
最近一直在撸Python Data Analysis上的代码(书是基于Python2的,小白我用的python3),所以我下的时候多少有些改动. 这是9.4中的nltk词频分析关于Dict_key的问 ...