WDL学习笔记

WDL是什么？

• WDL是由Broad Institute开发的一种流程开发语言，全称workflow description language，官方链接如下:https://software.broadinstitute.org/wdl/

WDL的编写

• WDL有自己的语法规范，它是一种描述性语言，可读性很高。
• 每种语言都有自己的hello world，WDL也不例外，示例如下图

workflow helloworld{
    call hello{}
}
task hello{
    String name="brother"
    command{
        echo "hello world" ${name}
    }
}

WDL可以分为两个部分task和workflow，而task部分主要由command和定义的部分组成，command用来写你要运行的命令，定义的部分是一些你会用到的变量，变量包括不同的类型和数据结构，后面会详细的介绍；workflow部分是用来调用写好的task模块，这里可以通过定义不同的输入，设置不同的输出来建立自己需要的工作流程，写好的wdl流程文件一般以.wdl后缀结束。
程序的运行需要用到两个不同的jar包运行命令如下:

java -jar womtool-31.jar inputs xxx.wdl > xxx.wdl.json
java -jar cromwell-31.jar run xxx.wdl -i xxx.wdl.json

WDL的变量

• String: 字符串类型，例如String ABC=“test”
• Float : 浮点型数字，for example 3.1459 (can be negative too).
• Int: 整型的数字， for example 16 (can be negative too).
• Boolean : 布尔类型 for example true or false.
• File: 文件类型的对象一个文件名命名的对象
• Array : 数组 for example [A,B,C,D] is an array of strings or Array[String] where we can pick the B element by taking the second element (index position 1 since WDL arrays are 0-indexed).
• Map: 字典 for example {"color": "blue", "size": "large"} is a map of strings to strings or Map[String, String] where we can ask what is the color of our object.
• Object : 对象，这个用的比较少

WDL的元件

• basename
  basename与shell的语法一样，用来得到一个路径的文件名
• call
  call 主要用于workflow中调用写好的task模块
• command
  command 在这个模块里面写好需要运行的命令，是task的一部分
• meta
  meta 可以写一些描述信息
• output
  output 定义task的输出部分，可以是任何类型，也可以不写这个部分
• parmeter_meta
  parameter_meta 用于存放参数的一些描述信息
• runtime
  runtime 用来定义在不同的平台运行时的一些变量，在集群运行时需要编写一个配置文件用来定义一些投递任务的属性
• task
  task 任务模块，是需要调度的每一个模块
• variables
  variables 用来定义一些变量
• workflow
  workflow 用来调用写好的task模块，生成相应的工作流

WDL的工作流类型

WDL会有不同的工作流格式，这里列举一下官网的不同工作流

WDL的注意事项

1. WDL如果在集群测试时，如果是自己来控制工作流程，需要将标准输出和标准错误输出输出至文件，这样输出到屏幕的返回值才能被正常的获取到
2. WDL的local版本测试会比较快