MRCA|Wright–Fisher population genetic model|SNP rate

（Panda has a high heterozygosity rate）

通过对mtDNA（为了预测SNP的密度）的分析，可知panda的多样性，当前全基因组数据才能完全建立模型。

mitochondrial control region DNA:卫星DNA：微衛星（英语：Microsatellite，亦称为简单重复序列（英语：Simple Sequence Repeats，SSRs

在二倍体基因组上重排可用序列（占85%），占90%的序列用来检查突变（因为他们都有特异性位点）。

我们发现了panda genome的杂合SNP，计算了杂合率（常染色体和编码区），比人高（因为测序取材地的杂交背景）。常染色体比性染色体速度快，转换(transitions)比颠换(transversions)快(因为在构树时，要考虑碱基替换关系)。所以我们认为，熊猫可能虽然种群数目小但是有挽救潜力。

转换：嘌呤和嘌呤之间的替换，或嘧啶和嘧啶之间的替换，比较容易。

颠换：嘌呤和嘧啶之间的替换，比较困难。

杂合SNP密度呈现双峰分布，前一个峰比后一个峰高，TMRCA与有效群体大小成反比（但是MRCA与有效种群大小成正比，同时MRCA正比于SNP数目？？？？？，所以按照理想发展情况，该图应该仅有一个峰，但是此图有两个峰，说明有一定的改变和瓶颈）反映出熊猫种群历史上的有效种群数目改变和瓶颈。

TMRCA:是“最近共同祖先年代”（Time to most recent common ancestor），可以决定SNP

Wright–Fisher population genetic model可以得到方差有效群体大小和近交有效群体大小

单核苷酸多态性（SNP）的密度可以通过微卫星DNA进行预测

 

鉴定了small indels，发现indel杂合率比SNP杂合率低一个数量级。同时发现了大于100bp的插入、删除、倒位片段，大部分片段与转座原件重叠所以overlap（因为这些片段正来自有功能的转座元件）（因为结构多样性被低估（因为组装过于碎片化不能识别长结构多样性））