首先都是MySql存储引擎。数据库的考虑点一般就是事务(ACID)，然后牵扯出的锁机制。如果你需要事务，那就只能选InnoDB了。如果你还需要外键约束，你也只能选择InnoDB。这个是两者最大的区别。

其他的都是细枝末节的区别：

MyISAM：
支持表级别锁
设计目标是速度
不支持外键
不支持事务
支持全文搜索

InnoDB：
行级锁
设计目标是最大化的性能
支持外键
支持事务

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