1 Mega画树的简单应用

 

2 fas格式文件的准备

首先我们要准备的就是fas的需要进行画树的序列。这个自己根据需要生成。 我们用mega打开fas的文件，然后用mega进行格式转换。Data->Export Al ignmetn->MEGA Format.

3 用生成的.meg画树

双击打开.meg文件。然后找到Phylogeny->Construct/Test Neighbor-Joi ning Tree->yes(use current data)->修改参数->Test of Phylogeny( Bootstrap method)->Na of Bootstrap Replication(1000)->Model/Me thod(p-distance)->Substitutions to Include(d:Transitions+Trans versions)->Gaps/Missing Data Treatment(Pairwise deletion).然后 Compute。很快就画好了。

4 生出树的处理

在画树完成以后，我们可以看到两个图，第一个叫做Original Tree 还有一 个是Bootstrap consensus tree。

4.1 修改内容，添加标注

这里所有的修改都在view->Tree options中。

4.2 导出

在Image中中我们可以导出PDF或者PNG格式的图片。

4.3 后面随着学习的进行继续修改，增加。

 

Date: 2013-08-30T16:23+0800

Author: grc

Org version 7.9.3f with Emacs version 24

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