1 Mega画树的简单应用

 

2 fas格式文件的准备

首先我们要准备的就是fas的需要进行画树的序列。这个自己根据需要生成。 我们用mega打开fas的文件，然后用mega进行格式转换。Data->Export Al ignmetn->MEGA Format.

3 用生成的.meg画树

双击打开.meg文件。然后找到Phylogeny->Construct/Test Neighbor-Joi ning Tree->yes(use current data)->修改参数->Test of Phylogeny( Bootstrap method)->Na of Bootstrap Replication(1000)->Model/Me thod(p-distance)->Substitutions to Include(d:Transitions+Trans versions)->Gaps/Missing Data Treatment(Pairwise deletion).然后 Compute。很快就画好了。

4 生出树的处理

在画树完成以后，我们可以看到两个图，第一个叫做Original Tree 还有一 个是Bootstrap consensus tree。

4.1 修改内容，添加标注

这里所有的修改都在view->Tree options中。

4.2 导出

在Image中中我们可以导出PDF或者PNG格式的图片。

4.3 后面随着学习的进行继续修改，增加。

 

Date: 2013-08-30T16:23+0800

Author: grc

Org version 7.9.3f with Emacs version 24

Validate XHTML 1.0

Mega的简单使用的更多相关文章

  1. Mega Dropdown - 带子分类的响应式下拉菜单

    当你在开发一个内容很多的 Web 项目的时候,最具挑战性的部分之一是为了如果更方便用户浏览这些内容.我们都能想到的一个例子是 Amazon,无限的类别以及它们的子类别.Mega Dropdown 是带 ...

  2. MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解） 转载

    转载:http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html 一.序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中 ...

  3. 【造轮子】打造一个简单的万能Excel读写工具

    大家工作或者平时是不是经常遇到要读写一些简单格式的Excel? shit!~很蛋疼,因为之前吹牛,就搞了个这东西,还算是挺实用,和大家分享下. 厌烦了每次搞简单类型的Excel读写?不怕~来,喜欢流式 ...

  4. Fabio 安装和简单使用

    Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的 ...

  5. node.js学习（三）简单的node程序&&模块简单使用&&commonJS规范&&深入理解模块原理

    一.一个简单的node程序 1.新建一个txt文件 2.修改后缀 修改之后会弹出这个,点击"是" 3.运行test.js 源文件 使用node.js运行之后的. 如果该路径下没有该 ...

  6. 哪种缓存效果高？开源一个简单的缓存组件j2cache

    背景 现在的web系统已经越来越多的应用缓存技术,而且缓存技术确实是能实足的增强系统性能的.我在项目中也开始接触一些缓存的需求. 开始简单的就用jvm(java托管内存)来做缓存,这样对于单个应用服务 ...

  7. 在Openfire上弄一个简单的推送系统

    推送系统 说是推送系统有点大,其实就是一个消息广播功能吧.作用其实也就是由服务端接收到消息然后推送到订阅的客户端. 思路 对于推送最关键的是服务端向客户端发送数据,客户端向服务端订阅自己想要的消息.这 ...

  8. 我的MYSQL学习心得（一） 简单语法

    我的MYSQL学习心得(一) 简单语法 我的MYSQL学习心得(二) 数据类型宽度 我的MYSQL学习心得(三) 查看字段长度 我的MYSQL学习心得(四) 数据类型 我的MYSQL学习心得(五) 运 ...

  9. 使用 Nodejs 搭建简单的Web服务器

    使用Nodejs搭建Web服务器是学习Node.js比较全面的入门教程,因为要完成一个简单的Web服务器,你需要学习Nodejs中几个比较重要的模块,比如:http协议模块.文件系统.url解析模块. ...

随机推荐

  1. Swift - 启动时的向导页（新手引导）的制作

    在很多iOS产品或者一些应用版本的升级中,新手指导都是一个常用的功能,通过说明页的左右滑动,可以很清晰的展示系统的一些功能特性.制作思路如下: 1,如何检测应用是第一次登陆启动 我们可以使用NSUse ...

  2. 四个机器学习一步一步入门约束波尔兹曼机RBM

  3. 设置程序版本等信息（可直接修改pro文件设置，但是更推荐使用rc文件设置）

    Qt版本:5.2.0 在.pro文件中设置版本等信息 VERSION = 1.2.3 QMAKE_TARGET_PRODUCT = 产品名称QMAKE_TARGET_COMPANY = 公司QMAKE ...

  4. Android开发之下载Tomcat服务器的文件到模拟器的SD卡

    Tomcat服务器可以到Apache的官网去下载http://tomcat.apache.org/,如何配置和使用百度下也有很多介绍,只要把Java的SDK配下java_home环境变量就行了,因为T ...

  5. Struts2 学习笔记18 拦截器原理分析

    我们来进行一下拦截器的原理分析,从Struts2的源代码开始,然后我们手动创建一个项目进行模拟.(源代码需要下载然后添加好才能看到)我们可以用Debug来读源码. 从doFilter开始执行,流程如图 ...

  6. Codeforces Round #257 (Div. 2) B Jzzhu and Sequences

    Jzzhu has invented a kind of sequences, they meet the following property: You are given x and y, ple ...

  7. Windbg 32位版本和64位版本的选择

    习惯了Vsiual Studio的兄弟们可能会因为先入为主的原因以为所有的调试器都应该像它那样,其实不然,当你安装Debugging Tools for Windows的时候,你将发现有两个系列的工具 ...

  8. 利用jquery+iframe做一个ajax上传效果

    以下是自学it网--中级班上课笔记 网址:www.zixue.it html页面 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict ...

  9. THashMD5,THashSHA1,THashBobJenkins,TIdHashMessageDigest5的用法

    [delphi] view plain copy unit Unit1; interface uses Winapi.Windows, Winapi.Messages, System.SysUtils ...

  10. Java 5种字符串拼接方式性能比较。

    最近写一个东东,可能会考虑到字符串拼接,想了几种方法,但对性能未知,于是用Junit写了个单元测试. 代码如下: import java.util.ArrayList; import java.uti ...