mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词,字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. NOIP200505谁拿了最多的奖学金

    NOIP200505谁拿了最多的奖学金 Description 某校的惯例是在每学期的期末考试之后发放奖学金.发放的奖学金共有五种,获取的条件各自不同: 1)      院士奖学金,每人8000元,期 ...

  2. 数据结构之,线性表去除等于x的元素

    问题看起来很简单,但是这里有个限制,就是算法的时间复杂度位O(n),空间复杂度为O(1),下面上代码 #include <iostream> #include <string.h&g ...

  3. python随机数的使用记录

    一.random模块简介 Python标准库中的random函数,可以生成随机浮点数.整数.字符串,甚至帮助你随机选择列表序列中的一个元素,打乱一组数据等. 二.random模块重要函数 1 ).ra ...

  4. h3c 交换机配置VLAN和远程管理

    一.基本设置 1. console线连接成功 2. 进入系统模式 <H3C>system-view //提示符由<H3C> 变为 [H3C] 3. 更改设备名称 [H3C]sy ...

  5. Linux系统中“动态库”和“静态库”那点事儿【转】

    转自:http://blog.chinaunix.net/uid-23069658-id-3142046.html 今天我们主要来说说Linux系统下基于动态库(.so)和静态(.a)的程序那些猫腻. ...

  6. Java中的BufferedReader 的readLine方法

    import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.FileReader; import java ...

  7. shell中读写mysql数据库

    本文介绍了如何在shell中读写mysql数据库.主要介绍了如何在shell 中连接mysql数据库,如何在shell中创建数据库,创建表,插入csv文件,读取mysql数据库,导出mysql数据库为 ...

  8. 创建sh文件

    创建sh文件 #/bin/bash v_file=$ v_type=$ v_desc=$ touch $v_file echo '#================================== ...

  9. telnet不通11211端口,防火墙

    问题描述: 按照官网步骤,虚拟机里安装并启动memcached, 虚拟机里自己telnet11211端口可以连接, 使用Xmanager22端口可以连接到虚拟机,但是始终telnet不同11211端口 ...

  10. Window驱动开发

    驱动开发 参考文章: Windbg+Vmware驱动调试 http://blog.csdn.net/xuepiaosong/article/details/8236702 驱动调试攻略(WinDbg) ...