mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词,字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. uml定义的使用的关系

    uml定义的关系主要有六种:依赖.类属.关联.实现.聚合和组合.下面对其定义和表示方法逐一说明. 依赖 (Dependency):元素A的变化会影响元素B,但反之不成立,那么B和A的关系是依赖关系,B ...

  2. IO细述

    Java IO1:IO和File IO 大多数的应用程序都要与外部设备进行数据交换,最常见的外部设备包含磁盘和网络.IO就是指应用程序对这些设备的数据输入与输出,Java语言定义了许多类专门负责各种方 ...

  3. PL/SQL编程基础

    范例:编写不做任何工作的PL/SQL块 BEGIN NULL ; END ; /   范例:编写一个简单的PL/SQL程序 DECLARE v_num NUMBER ; -- 定义一个变量v_num ...

  4. JNI 回调小记

    javah在eclipse中设置参数:location(javah.exe的位置)working dir(${project_loc}/src) -classpath .;./classes -d $ ...

  5. sql 循环语句几种方式

    --第一   declare @orderNum varchar(255) create table #ttableName(id int identity(1,1),Orders varchar(2 ...

  6. django migrate10060 Duplicate column name错误

    这个错误意思是有重复的列名,其实大部分原因是因为某些列被执行了多次,可以打开migration里面的django生成的文件去排查错误,然后自己手动修改数据库还原,实在不行可以把除了0001和init文 ...

  7. jQuery 遍历函数(w3school)

    jQuery 遍历函数包括了用于筛选.查找和串联元素的方法.   函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集合中. .childr ...

  8. (转载)PERL 处理CSV

    #!/usr/bin/perl#use strict;open(FILE1,"C:/Perl/BX/BX-Users.csv");open(FILE2,"C:/Perl/ ...

  9. php curl应该怎么使用呢

    原php默认并不进行此项功能的扩展,但还是有的,只是没有让它生效罢了.打开PHP安装目录,搜索以下三个文件 ssleay32.dll.libeay32.dll和 php_ curl .dll,一一拷贝 ...

  10. vs 常见问题汇总

    vs添加对dll的引用 我们在使用vs进行开发调试的时候经常会遇到一个问题,就是当我们的主工程引用到其他工程更新的dll(我们经常采用copy到工程目录的方法).亦或者当我们的多个工程引用到同一个dl ...