mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词,字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. [转载]Emmet使用手册

    转载地址:  http://www.w3cplus.com/tools/emmet-cheat-sheet.html 介绍 Emmet (前身为 Zen Coding) 是一个能大幅度提高前端开发效率 ...

  2. fedora环境安装webkit支持作爬虫下载解析JS

    环境: 我使用的fedora19.1-xfce版本,属于redhat系的桌面环境. 1.安装 webkit源码安装webkit失败,这里提供的是yum安装方式. a.查看当前yum库中的webkit资 ...

  3. JVM总结

    1. 内存分布: 1). 程序计数器(Program Counter Register)是一块较小的内存空间,它的作用可以看做是当前线程所执行的字节码的行号指示器.线程私有.如果线程正在执行的是一个J ...

  4. linux 程序或服务开机自启动

    chkconfig --level 35 服务名 on或写启动脚本到/etc/rc.local/下

  5. TI CC2541的GPIO引脚设置.

    P1SEL寄存器, 0xF4, 功能选择用的, 0表示GPIO口, 1表示外设.

  6. grads 绘制仿matlab色标效果

    http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=38391&page=1#pid530730

  7. oracle 日期格式

    oracle 日期格式 to_date("要转换的字符串","转换的格式")   两个参数的格式必须匹配,否则会报错. 即按照第二个参数的格式解释第一个参数. ...

  8. 自定义Exception

    本文改编自http://blog.csdn.net/stellaah/article/details/6738424 [总结] 1.自定义异常: class 异常类名 extends Exceptio ...

  9. xtjh

    <div onkeydown="javascript:if(event.keyCode==13) search()"> <br > ISBN<span ...

  10. 限制Input输入类型的常见代码集合

    搜集整理常见的限制INPUT输入类型的实现方式: 1.只能输入和粘贴汉字 <input onkeyup="value=value.replace(/[^\u4E00-\u9FA5]/g ...