mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词，字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息？

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. 如何把一个java工程打成一个jar包(转载)

    1.jar包有入口(即有main()函数) 选中要打包的工程--->右键选择Export---->java----->Runnable java file----->next- ...

  2. NOIP200503采药

                          NOIP200503采药 [问题描述] 辰辰是个天资聪颖的孩子,他的梦想是成为世界上最伟大的医师.为此,他想拜附近最有威望的医师为师.医师为了判断他的资质, ...

  3. Java常用快捷键

    Ctrl+M 最大化当前的Edit或View (再按则反之) Crl+k:查找下一处 Ctrl+Shift+O 导包 Ctrl+W 关闭当前EditerCtrl+shift+W 关闭所有当前页 Ctr ...

  4. python any()和all()用法

    #any(x)判断x对象是否为空对象,如果都为空.0.false,则返回false,如果不都为空.0.false,则返回true #all(x)如果all(x)参数x对象的所有元素不为0.''.Fal ...

  5. 图解 交集（join）和 合并（union）

    假设我们有两张表. Table A 是左边的表. Table B 是右边的表. 其各有四条记录,其中有两条记录是相同的,如下所示: id name       id  name 1  Pirate   ...

  6. MyBatis关联查询分页

    背景:单表好说,假如是MySQL的话,直接limit就行了. 对于多对多或者一对多的情况,假如分页的对象不是所有结果集,而是对一边分页,那么可以采用子查询分页,再与另外一张表关联查询,比如: sele ...

  7. [转]如何：在设备上安装 SQL Server Compact 3.5

    将设备连接到计算机,或者将仿真程序插入底座. 有关更多信息,请参见如何:将设备仿真程序插入底座和移除底座. 说明: 计算机上必须已安装了 Windows Mobile Device Center 或 ...

  8. 为什么你要拒绝我 ——苹果AppStore被拒理由大全

    简而言之 截图中出现了Android 截图中出现了hack苹果的内容 评论中出现了"屌丝"等不雅词汇 App中包含谈论Android系统的内容 你修改了状态栏,不行 只有第三方登录 ...

  9. 用excel2010 制作复合图表

    用excel2010制作双轴柱线复合图表就是要用excel2010做一个这样的图表:

  10. 《深度探索C++对象模型》1

    C++对象模型: 多重继承模型示意: 第二章:构造函数 语意学 基类和派生类: Bear yogi; ZooAnimal franny=yogi; 在这里,很容易理解合成的copy构造函数将vptr指 ...