mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词,字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. Arm环境搭建-基于博创科技(CentOS7.0系统安装篇1)

    CentOs 7.0安装和基本命令篇        目的:学习基本的linux命令,熟悉linux操作系统,安装linux.(安装过5.5,6.3并不是安装一帆风顺的,多次安装,有个10次多吧,基本会 ...

  2. Ceph的状态错误

    使用命令检查ceph集群的监控状态,得到 [root@node1 ~]# ceph -s cluster c4898b1c-7ac1-406d-bb5d-d3c7980de438 health HEA ...

  3. linux设备驱动归纳总结(三):3.设备驱动面向对象思想和lseek的实现【转】

    本文转自自:http://blog.chinaunix.net/uid-25014876-id-59418.html linux设备驱动归纳总结(三):3.设备驱动面向对象思想和lseek的实现 一. ...

  4. python实现文章或博客的自动摘要(附java版开源项目)

    python实现文章或博客的自动摘要(附java版开源项目) 写博客的时候,都习惯给文章加入一个简介.现在可以自动完成了!TF-IDF与余弦相似性的应用(三):自动摘要 - 阮一峰的网络日志http: ...

  5. SELECT INTO和INSERT INTO SELECT

    --自动创建了target_table表,并复制source_table表的数据到target_table select name,age into target_table from source_ ...

  6. halcon学习笔记——机器视觉工程应用的开发思路【转】

    转自:http://www.cnblogs.com/hanzhaoxin/archive/2013/02/15/2912879.html 机器视觉工程应用主要可划分为硬件和软件两大部分. 硬件:工程应 ...

  7. Makefile,如何传递宏定义DEBUG【转】

    转自:http://blog.csdn.net/linuxheik/article/details/8051598 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. Makefile,如何传递宏定 ...

  8. Linux设备驱动之semaphore机制【转】

    转自:http://blog.csdn.net/xiao229404041/article/details/7031776 Linux设备驱动之semaphore机制在Linux系统中,信号号是一种重 ...

  9. Codeforces Gym 101142C:CodeCoder vs TopForces(搜索)

    http://codeforces.com/gym/101142/attachments 题意:每个人在TC和CF上分别有两个排名,如果有一个人在任意一个网站上大于另一个人的排名,那么这个人可以打败另 ...

  10. 使用ResourceBundle访问资源文件(properties)帮助类

    import java.util.ResourceBundle; /** * 读取properties文件的帮助类 * @author */ public class PropertiesUtil { ...