mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词,字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. zw版【转发·台湾nvp系列例程】halcon与delphi系列例程

    zw版[转发·台湾nvp系列例程]halcon与delphi系列例程 台湾nvp技术论坛,是目前halcon与delphi例程最多的网站,也是唯一成系列的, http://zip.nvp.com.tw ...

  2. 【ubuntu】install openbox+tint2+bmenu on ubuntu12.04.4

    原文地址: http://ndever.net/articles/linux/install-openbox-ubuntu-1304-1310 openbox是我用过的轻量窗口中最好用的了. Step ...

  3. DB2 Unload 的时候遇到B37-04

    B37-04的问题是每个Mainframer首先会遇到的问题,在Unload的时候最大的可能性是Extend次数到16次了,这时候只要加大primary或secondary就可以了,我最常用的是pri ...

  4. python 三元运算符

    print (1==2) and 12 or 4 b=12 if 1==2 else 4print(b)

  5. svn权限控制

    http://blog.csdn.net/clever101/article/details/8159105 [groups] #核心层开发组成员 core_dev = lg,zjc #扩展层开发组成 ...

  6. Table Groups [AX 2012]

    Table Groups [AX 2012] 0 out of 1 rated this helpful - Rate this topic Updated: February 21, 2012 Ap ...

  7. Oracle 11gR2新建空表不分配Segment

    一.引言: 在看<收获,不止Oracle>的神奇,走进逻辑体系世界一章时,需要新建一张表查看Extents的情况,由于该书的环境是ORACLE10G的,因此新建空表以后立刻就分配Segme ...

  8. codeigniter db操作方法

    链接数据库 ——- $this->load->database();//手动连接数据库 //连接多数据库 $DB1 = $this->load->database(‘group ...

  9. 上传文件时,Request报文头不同浏览器会产生不同的content-type

    选择一个zip文件上传,用IE看的报文头是image/jpeg,用chrom看是application/octet-stream. 第一次遇到这个类型的content-type,百度了一下, octe ...

  10. 关于IllegalMonitorStateException异常

    关于IllegalMonitorStateException异常: api中的解释  另请参见: Object.notify(), Object.notifyAll(), Object.wait(), ...