mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat

统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数

    使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...

  3. 统计一个文件中出现字符'a'的次数

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...

  4. c语言统计一个文件中的单词，字符和行数

    body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...

  5. [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件

    1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...

  6. 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例

    前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...

  7. 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数

    其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...

  8. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  9. 使用FastqCount统计fastq文件基本信息？

    目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...

随机推荐

  1. opencv载入，显示及保存图像

    1.声明一个表示图像的变量,在OpenCV2中,这个变量是cv::Mat类型,该类是用于保存图像以及其他矩阵数据的数据结构.默认情况下它们的尺寸为0. cv::Mat  image;       // ...

  2. vsftpd基本配置(原)

    前提:iptables关闭或放行,selinux关闭或放行. 目标:创建虚拟ftpuser到指定的www.ftpuser.com目录,且只能在本目录下. 创建帐号 useradd -d /var/ww ...

  3. JS调用Java函数--DWR框架

    (1)dwr与ssh框架整合教程dwr框架介绍. DWR(Direct Web Remoting)是一个用于改善web页面与Java类交互的远程服务器端Ajax开源框架,可以帮助开发人员开发包含AJA ...

  4. javaWeb 使用jsp标签进行防盗链

    /** * 1.新建类继承SimpleTagSupport * 新建2个属性, 添加对应的set方法 * 覆盖doTag()方法 */ import java.io.IOException; impo ...

  5. c# 定时执行python脚本

    using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.T ...

  6. session 加入redis的实现代码方式

    session,中文经常翻译为会话,其本来的含义是 指有始有终的一系列动作/消息,比如打电话时从拿起电话拨号到挂断电话这中间的一系列过程可以称之为一个session.有时候我们可以看到这样的话&quo ...

  7. 如何修改ECSHOP后台管理中心的Title信息

    下图中红色圈定的部分就是本次修改要改的地方 修改方法其实很简单的:打开语言包文件  /languages/zh_cn/admin/common.php 将 $_LANG['app_name'] = ' ...

  8. File和URL的getPath()方法区别

    java.io.File对象的getPath()方法返回文件的全路径名.如果是目录返回目录路径且结尾没有"\".如果是文件包含文件名. java.io.File对象的getName ...

  9. TreeView 节点的显示，读取，操作

    using System;using System.Collections;using System.Configuration;using System.Data;using System.Linq ...

  10. LA 4998 Simple Encryption

    题意:输入正整数$K_1(K_1 \leq 50000)$, 找一个$12$位正整数$K_2$(不能含有前导零)使得${K_1}^{K_2}\equiv K_2(mod10^{12})$. 例如,$K ...