统计fastq文件中读段的数量
mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l`
echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat
统计fastq文件中读段的数量的更多相关文章
- 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件
二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...
- 使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数
使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014: ...
- 统计一个文件中出现字符'a'的次数
# -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/ho ...
- c语言统计一个文件中的单词,字符和行数
body, table{font-family: 微软雅黑; font-size: 10pt} table{border-collapse: collapse; border: solid gray; ...
- [linux] shell脚本编程-统计日志文件中的设备号发通知邮件
1.日志文件列表 比如:/data1/logs/2019/08/15/ 10.1.1.1.log.gz 10.1.1.2.log.gz 2.统计日志中的某关键字shell脚本 zcat *.gz|gr ...
- 利用MySQL统计一列中不同值的数量方法示例
前言 本文实现的这个需求其实十分普遍,举例来说,我们存在一个用户来源表,用来标记用户从哪个渠道注册进来.表结构如下所示… 其中 origin 是用户来源,其中的值有 iPhone .Android . ...
- 统计python文件中的代码,注释,空白对应的行数
其实代码和空白行很好统计,难点是注释行 python中的注释分为以#开头的单行注释 或者以'''开头以'''结尾 或以"""开头以"""结尾 ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- 使用FastqCount统计fastq文件基本信息?
目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/Fast ...
随机推荐
- ionic入门之AngularJS扩展基本布局
目录: 标题栏 : ion-header-bar 页脚栏 : ion-footer-bar header/footer : 样式及内容 内容区 : ion-content 滚动框 : ion-scro ...
- dbo与db_owner区别
dbo 是具有在数据库中执行所有活动的暗示性权限的用户.将固定服务器角色 sysadmin 的任何成员都映射到每个数据库内称为 dbo 的一个特殊用户上.另外,由固定服务器角色 sysadmin 的任 ...
- Junit单步调试
单步调试:主要查看变量内容的变化 1.设置断点位置,设置在可能出现问题的代码 2.点击项目右键以Debug as方式运行程序 3.F5 --> step into 进入方法内部进行调试 ...
- scala特质
package com.ming.test /** * scala 特质,类似与java接口,但是比java接口强大,可以有实现方法,定义字段之类的 */ /** * 定义一个日志的特质 */ tra ...
- ubunu下用命令设置壁纸
ubunu下用命令设置壁纸: gsettings set org.gnome.desktop.background picture-uri “file:[fileName]” eg:gsettings ...
- python sklearn环境配置
os:win10 python2.7 主要参照 1.现下载pip.exe,因为很多安装文件都变成whl格式了,这里要注意下载对应python版本的,要用管理员权限,可以参照https://pypi ...
- org.hibernate.TransientObjectException
使用JPA注解@ManyToMany做一个多对多的用例. 为了避免在删除主表数据时同时级联删除从表数据,JPA官方文档建议在主表的从表字段使用级联注解:CascadeType.PERSIST,Casc ...
- JavaScript和angularJs语法支持严格模式:”use strict”
如果给JavaScript和angularjs代码标志为“严格模式”,则其中运行的所有代码都必然是严格模式下的.其一:如果在语法检测时发现语法问题,则整个代码块失效,并导致一个语法异常.其二:如果在运 ...
- [HTML]JS添加表格
<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8&quo ...
- FIleReader无法解决编码问题
可把FileReader 用InputStreamReader(new FileInputStream(String fileptah),"utf-8")替代