附录1：arrayanalysis的本地使用（质量控制）

访问：https://github.com/BiGCAT-UM/affyQC_Module，点击“Download ZIP”，下载得到affyQC_Module-master.zip，解压得到一个affyQC_Module-master文件夹，打开affyAnalysisQC.R：

修改：

DATA.DIR：CEL文件的路径

SCRIPT.DIR：脚本的路径，一般设为当前路径即可

WORK.DIR：输出结果的路径

arrayGroup ：CEL分组信息的文件路径

layoutPlot~PMAcalls：要做分析设为TRUE，不分析设为FALSE

比如，这个affyQC_Module-master文件夹在F盘，affyQC_Module-master新建一个DATA放入CEL文件，WORK放分析结果

设置：

DATA.DIR <- "F:/affyQC_Module-master/DATA"

SCRIPT.DIR <- getwd()

WORK.DIR <- "F:/affyQC_Module-master/WORK"

arrayGroup <- "F:/affyQC_Module-master/Target.txt"

其中Target文件示例（用tab隔开，第一列是CEL名称，第二列是自定义CEL名，第三列是分组名）：

ArrayDataFile    SourceName    FactorValue
GSM286765.CEL    t_24h_rep1    treated_24h
GSM286759.CEL    t_12h_rep1    treated_12h
GSM286763.CEL    c_24h_rep2    control_24h
GSM286760.CEL    t_12h_rep2    treated_12h
GSM286757.CEL    c_12h_rep2    control_12h
GSM286766.CEL    t_24h_rep2    treated_24h
GSM286756.CEL    c_12h_rep1    control_12h
GSM286762.CEL    c_24h_rep1    control_24h

在Rgui中输入：

setwd("F:/affyQC_Module-master")

source("affyAnalysisQC.R")