Bioconductor 中的 R 包安装教程

Bioconductor 是一个基于 R 语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计、以及可视化(http://www.bioconductor.org)。

总所周知，Bioconductor 是和 R 版本绑定的，这是为了确保用户不把包安装在错误的版本上。Bioconductor 发行版每年更新两次，它在任何时候都有一个发行版本(release version)，对应于 R 的发行版本。此外，Bioconductor 还有一个开发版本(development version)，它对应于 R 的开发版本。

R 每年（通常是 4 月中旬）在 ‘x.y.z’ 中发布一个 ‘.y’ 版本，但 Bioconductor 每 6 个月（4 月中旬和 10 月中旬）发布一个 ‘.y’ 版本。

Bioconductor 与 R 各自对应的版本如下：（Bioconductor releases）

biocLite

在 R==3.5（Bioconductor-3.7 前，Bioconductor 都是通过 biocLite 安装相关的 R 包：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkg_name)

但是，从 R-3.5（Bioconductor-3.8）起，Bioconductor 更改了 R 包的安装方式：它们通过发布在 CRAN 的 BiocManager 包来对 Bioconductor 的包进行安装和管理——通过 CRAN 安装 BiocManager，再通过这个包来安装 Bioconductor 的包。

BiocManager

安装 BiocManager 包

chooseCRANmirror()
install.packages("BiocManager")

安装 Bioconductor (or CRAN) 的 R 包

BiocManager::install(c("GenomicRanges", "Organism.dplyr"))

更新所有已经安装的 R 包到最新版本

BiocManager::install()

查看 Bioconductor 的版本

BiocManager::version()
## '3.8'

旧和意外版本的 R 包

当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。使用 valid() 来查看过期（out-of-date）或意外版本（unexpected versions）的 R 包。

BiocManager::valid()

## Warning: 21 packages out-of-date; 2 packages too new
## 
## * sessionInfo()
## 
## R Under development (unstable) (2018-11-02 r75540)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=C              
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] BiocStyle_2.11.0
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_1.0.0         bookdown_0.7       digest_0.6.18     
##  [4] rprojroot_1.3-2    backports_1.1.2    magrittr_1.5      
##  [7] evaluate_0.12      stringi_1.2.4      rmarkdown_1.10    
## [10] tools_3.6.0        stringr_1.3.1      xfun_0.4          
## [13] yaml_2.2.0         compiler_3.6.0     BiocManager_1.30.4
## [16] htmltools_0.3.6    knitr_1.20        
## 
## Bioconductor version '3.9'
## 
##   * 21 packages out-of-date
##   * 2 packages too new
## 
## create a valid installation with
## 
##   BiocManager::install(c(
##     "BiocManager", "GenomicDataCommons", "GenomicRanges", "IRanges",
##     "RJSONIO", "RcppArmadillo", "S4Vectors", "TCGAbiolinks", "TCGAutils",
##     "TMB", "biocViews", "biomaRt", "bumphunter", "curatedMetagenomicData",
##     "dimRed", "dplyr", "flowCore", "ggpubr", "ggtree", "lme4", "rcmdcheck",
##     "shinyFiles", "tximportData"
##   ), update = TRUE, ask = FALSE)
## 
## more details: BiocManager::valid()$too_new, BiocManager::valid()$out_of_date

valid() 返回一个对象，可以查询该对象以获取有关无效包的详细信息：

> v <- valid()
Warning message:
6 packages out-of-date; 0 packages too new
> names(v)
[1] "out_of_date" "too_new"
> head(v$out_of_date, 2)
    Package LibPath
bit "bit"   "/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8"
ff  "ff"    "/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8"
    Installed Built   ReposVer Repository
bit "1.1-12"  "3.5.0" "1.1-13" "https://cran.rstudio.com/src/contrib"
ff  "2.2-13"  "3.5.0" "2.2-14" "https://cran.rstudio.com/src/contrib"
>

适用的 R 包

可以使用 available() 发现适用于我们的 Bioconductor 版本的软件包; 第一个参数是可用于根据正则表达式过滤包名称，例如，可用于 Homo sapiens 的 ‘BSgenome’ 包：

avail <- BiocManager::available()
length(avail)
## [1] 16261

BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens")
##  [1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5"
##  [2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"       
##  [3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17"         
##  [4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked"  
##  [5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18"         
##  [6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked"  
##  [7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"         
##  [8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked"  
##  [9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"         
## [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked"

Bioconductor 中安装旧版本的 R 包

对于 R >= 3.5，Bioconductor-3.8 可以使用 BiocManager 安装相关与版本匹配的 R 包。那么使用 3.5 以下 R 版本的用户是继续使用 biocLite，还是 BiocManager，还是其他的方法安装匹配相关版本的 R 包呢？

首先，biocLite 和 BiocManager 不适用 R < 3.5。

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
  version of R; see http://bioconductor.org/install
> biocLite("clusterProfile")
......

Warning message:
package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)

> chooseCRANmirror()
> install.packages("BiocManager")
Warning message:
package ‘BiocManager’ is not available (for R version 3.4.3) 
>

其次，对于 R < 3.5.0，Bioconductor 推荐使用以下命令安装相应的 R 包。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Bioconductor 安装旧版本 clusterProfiler

在 Aanconda2 环境 R==3.4.3 中安装 clusterProfiler，发现 package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)。

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
  version of R; see http://bioconductor.org/install
> biocLite("clusterProfile")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) ‘clusterProfile’
Old packages: 'ade4', 'ape', 'backports', 'caret', ......

Update all/some/none? [a/s/n]: n
Warning message:
package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)

使用 BiocInstaller 安装 clusterProfiler：

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
  version of R; see http://bioconductor.org/install

> BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) ‘clusterProfiler’
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/clusterProfiler_3.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4478098 bytes (4.3 MB)
==================================================
downloaded 4.3 MB

* installing *source* package ‘clusterProfiler’ ...
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (clusterProfiler)

> packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘3.6.0’

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