因为最近有一项工作是比较填充准确性的，中间有用到vcftools比较两个vcf文件。

使用命令也很简单：

  1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site

运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件：

pso1，ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息，IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件，1代表file1.snp.vcf含有此位点，2代表file2.snp.vcf含有此位点，B代表两个文件都含有此位点。根据此结果就可以做一些基本的统计了。

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