R 语言输入输出读取命令函参数

输入数据

使用键盘输入数据

只能处理小样本，很少使用

在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。

下面的方法是用函数 fix() 创建了一个和data.1一样的数据框 data.2，函数 edit() 也有同样的效果。

从文本文件导入数据 read.table()

函数 read.table() 更加常用的是从带有分隔符的文本文件中国读入数据并创建数据框。类似的函数有 read.csv()，read.csv2()

例子

data.3 <- read.table(file="example.txt", header = T, quote = "\"", sep = ",") # header = T 表示第一行是变量名不做事数据一部分 header = F 表示第一行也作为数据的一部分

data.4 <- read.table(file="example.txt", header = T, skip = 7, sep = ",", quote = "\"", row.names = "Study")

从 xlsx 文件中读入数据

需要使用R包 openxlsx 或者 readxl

输出数据

输出函数：cat() print() write() sink() writeLines() write.table()

在R里，输出到屏幕不要用print() 而是用cat()。因为 print() 输出的字符都是只能显示在控制台，而控制台只能显示文本，所以回车符制表符都会员样输出

cat() 函数既能输出到屏幕也能输出到文件需要手动添加换行符

cat(..., file = " ", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL, append = FALSE)

有file时，输出到file；无file时，输出到屏幕

append 参数：布尔值。TRUE 输出内容追加到文件尾部，FALSE 输出的内容覆盖文件的原始内容。

print() 函数原封不动的输出对象比对列表

print(x, ...)

## S3 method for class 'factor'

print(x, quote = FALSE, max.levels = NULL, width = getOption("width"), ...)

## S3 method for class 'table'

print(x, digits = getOption("digits"), quote = FALSE, na.print = "", zero.print = "0", right = is.numeric(x) || is.complex(x), justify = "none", ...)

## S3 method for class 'function'

print(x, useSource = TRUE, ...)

write()用于输出到文件，也可以输出到标准输出，无需手动添加换行符

write(x, file = "data", ncolumns = if(is.character(x)) 1 else 5, append = FALSE, sep = " ")

当 file = "" 时输出到标准输出

sink() 函数将输出结果重定向到文件

sink(file = NULL, append =FALSE, type = c("output", "message"), split = FALSE)

append参数：布尔值。TRUE时输出内容追加到文件尾部，FALSE时覆盖文件的原始内容。

writeLines() 函数将字符串向量输出到文件中也可以输出到标准输出会覆盖原始内容

writeLines(text, con = stdout(), sep = "\n", useBytes = FALSE)

text：字符串向量

con：输出文件，默认输出到标准输出

write.table()函数将 data.frame 的内容输出到文件或者标准输出

write.table(x file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ", eol = "\n", na = "NA", dec = ",", row.names = TRUE, col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"), fileEncoding = "")

读取命令行参数

commandArgs() 是R自带的参数传递，属于位置参数

args = commandArgs(trailingOnly = FALSE) # R程序自带参数，从第6个开始才是命令行输入的参数

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE) # 此时输入的第一个参数就是程序的第一个参数

如果改为 args = commandArgs(trailingOnly = FALSE) 输出结果如下：

getopt 包中的 getopt() 函数也可以接受从终端传递的参数，并且功能更加丰富

getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE), command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE, debug = FALSE)

其中 spec 是一个4列或者5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列是可选的

第一列：指定参数的 longname ，多个字符

第二列：指定参数的 shortname，一个字符

第三列：指定参数是必须的还是可选的，数字，0 不接受参数 1 必须有参数 2 参数可选

第四列：指定参数的类型 logical integer double complex character numeric

第五列：注释信息可选

usage：默认为FALSE 这是参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

library(getopt)

spec = matrix(c(

  'verbose', 'v', 2, "integer",

  'help'   , 'h', 0, "logical",

  'count'  , 'c', 1, "integer",

  'mean'   , 'm', 1, "double",

), byrow=TRUE, ncol=4)

opt = getopt(spec)

print(opt$count)

print(opt$mean)

如何制作脚本的帮助

command=matrix(c("bam","b",,"character",

                 "bed","d",,"character",

                 "png","p",,"character",

                 "help","h",,"logical"),byrow=T,ncol=)

args=getopt(command)

if (!is.null(args$help) || is.null(args$bam) || is.null(args$png) || is.null(args$bed)) {

    cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))

    q()

}